2. Россия обязуется совершенно покинуть Маньчжурию в течение определенного срока и отказаться от всех территориальных выгод и преимущественных исключительных концессий и прав в этой местности, нарушающих китайский суверенитет и несовместимых с принципом одинакового благоприятствования.
3. Япония обязуется возвратить Китаю под условием проведения им реформ и улучшения управления все те части Маньчжурии, кои находятся в ее оккупации, исключая те, на кои распространяется аренда Ляодунского полуострова.
4. Япония и Россия взаимно обязуются не препятствовать общим мерам, кои Китай признает нужным принять для развития торговли и промышленности в Маньчжурии.
5. Сахалин и все прилегающие острова и все общественные сооружения и имущества уступаются Японии.
6. Аренда Порт-Артура, Талиена (Дальнего) и прилегающие местности и территориальные воды, а равно все права, привилегии, концессии и преимущества, приобретенные Россией у Китая в связи или как часть этой аренды, и все общественные сооружения и имущества передаются и закрепляются за Японией.
7. Россия предоставляет и передает Японии свободную от всех претензий и обязательств железную дорогу между Харбином и Порт-Артуром и все ее разветвления вместе с правами, привилегиями, преимуществами и всеми угольными копями, принадлежащими или разрабатываемыми в пользу железной дороги.
8. Россия удерживает и эксплуатирует Трансманьчжурскую железную дорогу на условиях и в зависимости от концессии на ее сооружение, а также под условием, что дорога будет эксплуатироваться исключительно для коммерческих и промышленных целей.
9. Россия возмещает Японии действительные издержки за войну. Размер, а равно время и способ этого возмещения будут определены впоследствии.
10. Все русские военные суда, получившие повреждения и интернированные в нейтральные порты, будут выданы Японии как законные призы.
11. Россия обязуется ограничить свои морские силы в дальневосточных водах.
12. Русское правительство предоставит японским подданным полные права рыбной ловли вдоль побережья, в заливах, гаванях, бухтах и реках своих владений и Японском, Охотском и Беринговом морях.
В качестве контрибуции японское правительство потребовало от России огромную по тем временам сумму в 1,2 млрд. иен (в то время иена равнялась приблизительно русскому золотому рублю). Для царского правительства выплата контрибуции была оскорбительной, тем более что Россия не считала себя побежденной. Понимали это и японцы, которые знали, что в случае срыва переговоров русские возобновят активные боевые действия, имея в Маньчжурии полмиллиона солдат и две тысячи орудий. В ответ на японские требования Витте резонно заявлял: «Если бы Россия была окончательно разбита, что было бы лишь в том случае, если бы японские войска пришли в Москву, тогда только мы сочли бы естественным возбуждение вопроса о контрибуции». Официальная русская позиция по вопросу о контрибуции состояла в следующем: «Военные издержки уплачиваются только странами побежденными, а Россия не побеждена. Не может считать себя побежденною страна, территория которой почти не подвергалась нападению со стороны неприятеля… Только в том случае, если бы японские войска победоносно заняли внутренние области России, страна могла бы понять возбуждение вопроса о возмещении военных издержек…» Единственное, на что соглашалась русская делегация по финансовым вопросам, была компенсация затрат на содержание в Японии русских военнопленных, да и то на основе взаимности.
Как беспрецедентное и нарушающее достоинство державы было расценено и требование передать Японии все русские военные корабли, получившие повреждения и интернированные в нейтральные порты. Не вписывалось в нормы международного права и внесение в текст мирного договора нарушавшее суверенитет России требование ограничить ее военно-морские силы. Довольно скоро японцы осознали несуразность подобных условий и отказались настаивать на их выполнении.
Центральным же вопросом мирных переговоров была судьба Сахалина. Как отмечалось выше, в июле 1905 г. весь остров был захвачен японскими войсками. Требование Токио уступить Сахалин не могло быть мотивировано какими-либо разумными основаниями и воспринималось русским правительством как агрессивное покушение на целостность Российской империи. Позиция Петербурга по поводу японских домогательств была жесткой. В инструкции в адрес Витте указывалось: «Ни пяди земли, ни копейки вознаграждения». Столкнувшись со столь твердой позицией, японцы предложили «компромисс» — Россия уступает Японии не весь, а южную половину Сахалина с уплатой 1,2 млрд. иен за сохранение в своем составе северной части острова. Нуждавшееся в деньгах японское правительство выдвинуло это предложение, стремясь получить намеченную сумму контрибуции под видом «выкупа» Россией своей же территории. Несуразность такой постановки вопроса была очевидна, поэтому Витте решительно отверг предложенный вариант.