Однако в Петербурге Особый комитет, который находился под сильным влиянием министра иностранных дел К.В. Нессельроде, осудил поступок Невельского и постановил «разжаловать его в матросы с лишением всех прав состояния, а поставленные им на Амуре посты снять, упразднить». Нессельроде требовал немедленно снять посты на Амуре, генерал-губернатор Муравьев защищал Невельского, доказывая, что он действовал согласно с его, генерал-губернатора, мнением, что нерешительная и робкая политика России на Дальнем Востоке приведет страну к большим потерям и скомпрометирует в глазах Китая и европейских держав.
Аргументы Муравьева не подействовали, и тогда он обратился лично к царю. Выслушав рассказ генерал-губернатора, Николай I резко сказал: «Поступок Невельского молодецкий, благородный и патриотичный». А на докладе Особого комитета император наложил свою знаменитую резолюцию: «Где раз поднят русский флаг, там он спускаться не должен».
Еще раньше, 2 декабря 1849 г., Николай I подписал указ о преобразовании Петропавловска-Камчатского в главный русский порт на Тихом океане (вместо Охотска) и об организации Камчатской области.
В апреле 1853 г. Николай I утвердил разработанное главным управлением Российско-американской компании положение об организации Сахалинской экспедиции. В задачу экспедиции входило исследование ресурсов южной части Сахалина, основание портов и русских селений, что способствовало бы утверждению прав России на южную часть острова и предотвратило бы захват Сахалина иностранцами. Компания получала право колонизовать остров на одинаковых основаниях с другими землями (Курильские и Алеутские острова, Аляска, Калифорния и др.), упомянутыми в ее привилегиях, утвержденных в 1801 г.
Летом 1853 г. компания должна была занять на Сахалине те пункты, которые будут указаны генерал-губернатором Восточной Сибири, а в 1854 г. назначить на острове своего правителя. Компания обязалась не допускать на Сахалине никаких иностранных поселений и содержать достаточное число судов для ограждения побережья и гаваней Сахалина от вторжения иностранцев. В случае военного нападения компании предоставлялось право требовать от правительства войска. Ей также выделялась безвозвратная ссуда — 50 тыс. руб. серебром.
15 апреля 1853 г. генерал-губернатор Н.Н. Муравьев приказал Г.И. Невельскому занять летом того же года два-три пункта на восточном или западном побережье южной части Сахалина и построить там укрепления, поставить орудия и поднять флаг Российско-американской компании.
30 августа 1853 г. посланный Невельским прапорщик Д.И. Орлов на транспорте «Байкал» прибыл к западному побережью Сахалина и у устья реки Кусунай (49°59′52I с. ш.) основал Ильинский пост.
Сам Невельский на корабле «Николай», на котором содержался годовой запас продовольствия, одежды и вооружения, 20 сентября 1853 г. бросил якорь против селения Тамари-Анива. Местные жители — айны — встретили русских дружелюбно, помогли выгрузить с судна пушки и провиант. 21 сентября на 46°39′20I с. ш. был торжественно заложен Муравьевский пост и поднят русский флаг.
На территории Муравьевского поста Невельский оставил 61 человека при девяти орудиях под началом майора Н.В. Буссе и его помощника лейтенанта Н.В. Рудановского. Остальных членов Сахалинской экспедиции (около 40 человек) он оставил в Императорской (ныне Советской) Гавани.
Весной 1854 г: Н.В. Буссе был утвержден временным правителем Сахалина. Получив письмо от адмирала Евфимия Васильевича Путятина от 25 мая 1854 г. о начавшейся войне с Англией и Францией, Буссе, посоветовавшись с другими офицерами, решил снять Муравьевский пост во избежание захвата его англофранцузской эскадрой и эвакуировать имущество в Императорскую Гавань. Он предупредил местное население и японцев, что русские вернутся и что следует сохранить все постройки поста. Муравьевский пост был восстановлен в 1867 г.
18 мая 1852 г. Николай I утвердил план экспедиции в Китай и Японию вице-адмирала Е.В. Путятина. Из состава Балтийского флота в эскадру Путятина был выделен фрегат «Паллада». В Англии Путятин должен был купить паровое судно, а на Тихом океане присоединить к эскадре корвет «Оливуца» и транспорт Российско-американской компании «Князь Меншиков».
7 октября 1852 года Е.В. Путятин на фрегате «Паллада» покинул Кронштадт. Во время стоянки в Англии была приобретена паровая шхуна, получившая название «Восток». Шхуна была невелика: водоизмещение 210 т, мощность машины 40 номинальных л. с.[6]
«Восток» имел на вооружении один 8-фунтовый единорог.Вся эскадра собралась лишь летом 1853 г. в гавани Ллойд на острове Пиль в архипелаге Бонин. В начале августа эскадра взяла курс на Нагасаки.
10 августа 1853 г. в Нагасаки прибыла русская эскадра в составе «Паллады», «Оливуца», «Князя Меншикова» и «Востока». Визит американской эскадры Перри ничему не научил японскую администрацию. Русские суда были окружены караульными лодками. Высадку на берег русским запретили.