Е.В. Путятин просил японских чиновников передать губернатору Нагасаки, что посольство привезло от своего правительства два письма — одно ему лично, другое Верховному совету. Губернатор Нагасаки Осава Ситэцу Бунгоноками отказался принять письмо Верховному совету и вступить в переговоры без разрешения правительства, но обещал срочно доложить в столицу о русской миссии.
Затем японцы по традиции стали тянуть время. 6 ноября 1853 г. Путятин направил новое письмо Верховному совету. Он писал о необходимости разграничения владений Японии и России во избежание конфликтов между странами. Вице-адмирал еще раз указывал на то, что гряда Курильских островов, лежащая к северу от Японии, издавна принадлежит России и «находится в полном ее заведывании», в том числе и остров Итуруп. Русские промышленники имели поселения на острове с давних пор, задолго до появления на нем японцев.
Путятин также настаивал на признании принадлежности Сахалина России еще до появления там японцев. Поэтому он предлагал провести границу по проливу Лаперуза, то есть между Сахалином и Хоккайдо. Он подчеркивал временный характер японских поселений на Сахалине в заливе Анива, где японцы появляются лишь на время рыболовного сезона. Путятин просил также открыть для русских порт Хакодате и какой-либо «другой порт недалеко от Эдо», чтобы поддерживать прямые контакты с японским правительством.
11 ноября Путятин покинул Нагасаки, предупредив губернатора, что скоро вернется и если не застанет уполномоченных японского правительства для ведения переговоров, то будет вынужден отправиться в Эдо.
Пополнив припасы и произведя ремонт судов в Шанхае, 22 декабря эскадра вернулась в Нагасаки. Не застав уполномоченных, Путятин заявил, что отплывает в Эдо. Напуганный таким заявлением губернатор известил о прибытии в Нагасаки двух правительственных уполномоченных — Цуцуи и Кавадзи.
С 4 по 23 января 1854 г. шли переговоры Е.В. Путятина с японскими сановниками. Все, что удалось достичь вице-адмиралу, так это получить письменное обещание предоставить России права торговли и «другие преимущества», если таковые будут даны другим державам.
24 января 1854 г. русская эскадра покинула Нагасаки и 1 февраля приблизилась к островам Рюкю.
Между тем в начале октября в Японию прибыла английская эскадра Дж. Стирлинга, ранее базировавшаяся в портах Южного Китая. Стирлинг использовал встречи с японцами для того, чтобы посеять недоверие Японии к России. Он заявил о ее «агрессивных намерениях» в отношении Сахалина и даже Хонсю и предупредил, что его эскадра вступит в бой с русскими кораблями, если он их обнаружит в японских водах. Дело в том, что в Европе уже началась война между Россией — с одной стороны и Англией и Францией — с другой.
Путятин получил известие о разрыве Францией и Англией отношений с Россией в начале апреля 1854 г. в порту Гамильтон на острове Комундо. Эскадра снялась с якоря и 8 апреля прибыла в Нагасаки за ответом японского правительства. Но губернатор сообщил, что ответ из Эдо не получен, однако переводчики неофициально уведомили посла о назначении правительством двух представителей для переговоров с ним о границах в Анива.
Путятин сообщил Цуцуи и Кавадзи, что прибудет в Анива для переговоров в конце июня, а для переговоров о торговле прибудет в какой-нибудь порт недалеко от Эдо. 14 апреля он покинул Нагасаки и на фрегате «Паллада» обследовал юго-восточное и восточное побережье Кореи и Южно-Уссурийского края, а затем взял курс на Императорскую Гавань.
13 (25) августа 1854 г. из Сан-Франциско вышла англо-французская эскадра под командованием английского адмирала Прайса. Эскадра должна была уничтожить русские корабли на Тихом океане и захватить их главную базу Петропавловск.
В составе эскадры были английские 50-пушечный фрегат «President», 40-пушечный корвет «Pique», 24-пушечный корвет «Amphitrite», 6-пушечный пароход «Virago» под флагом адмирала Прайса; французские 50-пушечный фрегат «Fort», 30-пушеч-ный корвет «Eurydici» и 12-пушечный бриг «Obligado» под флагом адмирала Фебврие-Депуанта.
По сравнению с союзными эскадрами на Черном и Балтийском морях эскадра Прайса была невелика, но и силы русских в Петропавловске были совсем ничтожны.
Весной 1854 г. в Петропавловск пришел 44-пушечный фрегат «Аврора», а затем 10-пушечный транспорт «Двина». После прибытия этих судов численность защитников Петропавловска составляла 1016 человек, в числе которых были матросы, гарнизон и добровольцы из местных жителей. На суше и на судах имелось 72 пушки.
Военный губернатор Камчатки контр-адмирал Василий Степанович Завойко приказал разоружить правый борт «Авроры» и «Двины» и поставить оба корабля у входа во внутреннюю гавань левым бортом. Дополнительно вход в гавань заграждали деревянные бочки на цепях. Орудия же правого борта были перетащены на береговые батареи. Всего защитники Петропавловска построили семь батарей.