Паника, вызванная неудачей в начале боя с китайцами 5 июля, привела к массовым убийствам маньчжур по всей крестьянской округе. Сколько погибло, неизвестно, известно официальное число найденных и зарытых трупов. После указа по этому поводу К.Н. Грибского полицейские приставы сообщили в окружное полицейское управление, что всего в 8 волостях найдены 444 трупа. Больше всего было в Вельской — 136, Ивановской —117, Амурско-Зазейской — 83. Однако в уголовном деле отмечается; что это явно заниженные цифры. Например, по добытым сведениям, в Краснояровской волости вместо сообщенных 13 было выявлено 27 убитых. Убивали как во время паники и неразберихи, так и планомерно, по приказу сверху. Используя ситуацию, часто убивали купцов с целью грабежа. Имущество маньчжур либо просто растаскивали, либо продавали с аукциона, а деньги зачисляли в волостные суммы. Далеко не все крестьяне поддерживали убийства мирных маньчжур. Жители деревни Мазанова отказались воплотить приказ помощника краснояроского волостного писаря Простокишина убить охотника, пришедшего из тайги продавать мясо. Тогда он застрелил маньчжура сам, потом отправился в лес, изнасиловал и убил его жену и полугодовалого ребенка. Произведенное вскоре следствие по всем этим фактам пришло к выводу о «почти поголовном истреблении всех китайцев». Виновным следствие нашло пристава 4-го участка Амурского округа, титулярного советника Волкова, выполняющего в это время обязанности пристава 1-го, 2-го и 4-го участков. 6 июля он на представлении краснояровского волостного правления о порядке действия крестьянской дружины написал резолюцию: «Всех китайцев уничтожайте», копии были посланы сельским старшинам и по хуторам реки Селемджи.
Позднее он оправдывался, что пропустил слова «вооруженные», «хунгузы», но точно такие же распоряжения были отправлены и в другие волости. Будучи в Гильчине, пристав сам приказал убить двух китайцев-пастухов, а на запрос старосты деревни Жариковой, что делать с 15 арестованными маньчжурами, ответил: «по закону всех уничтожить», и тех расстреляли. Когда началось разбирательство, областные власти заявили, что им эти факты и приказы неизвестны. Следствие предъявило Волкову обвинение в превышении власти, приведшее к убийству 17 человек, и его дело вместе с делом Простокишина было передано 31 октября 1900 года мировому судье. Волков, оскорбленный таким поворотом дела, доносил в Хабаровск, что он выполнял приказы, и просил назначить расследование с целью наказания настоящих виновных. 7 августа 1902 года император по докладу министра юстиции «соизволил прекратить преследование» Волкова. Провинившийся был уволен со службы и подвергся аресту на военной гауптвахте на 2 месяца. Не обошлось без трагедий и на землях Амурского казачьего войска. Самая крупная из них произошла в станице Поярково, расположенной по Амуру ниже Благовещенска. 5 июля поярковский атаман вахмистр Коренев донес в войсковое правление Амурского казачьего войска, что в станице собраны 85 китайцев, 33 из которых сняты с парохода «Саратов», они ехали из Харбина в Айгунь. Среди них был китайский полковник, который вез много запечатанных пакетов, найдено также 3 пуда серебра слитками и фунт золота. Всех арестованных держали на барже под охраной. Председатель войскового правления полковник Волковинский сначала посоветовал отправить их за реку или уничтожить, если будут сопротивляться. После того как Коренев обратился за разъяснениями, Волковинский отправил такую телеграмму: «Нужно быть сумасшедшим и неразумным, чтобы спрашивать, что делать с китайцами, когда сказано уничтожить их, то и следует уничтожить без рассуждения». В этот же день, 7 июля, он приказал всем станичных атаманам: «Появлявшихся на нашей стороне китайцев уничтожать, не спрашивая указаний.» Все 85 человек в Поярково были расстреляны. Об этих событиях узнал иркутский прокурор, и было проведено расследование. Однако прокурор Благовещенского окружного суда пришел к выводу, что это убийство «является военным мероприятием».[50]
В ночь на 20 июля 1900 г. в районе Благовещенска на китайский берег был высажен русский десант в составе 16 пеших рот, сотни казаков и 16 пушек. Десант поддерживался артиллерийским огнем с пароходов «Селенга» и «Сунгари». Днем 20 июля русские заняли Сахалян, а 23 июля — Айгунь.