Но война продолжалась. В сентябре русские войска разгромили китайцев и заняли район между Великой китайской стеной и рекой Ляохэ, называемый Ляоси. 18–19 сентября русские заняли Шанхайгуань. Тем не менее всю осень 1900 г. обстановка в Ляоси была напряженной. 6 ноября Е.И. Алексеев докладывал А.Н. Куропаткину: «…нападения китайцев на наши небольшие посты и проходящие команды показывают, что умиротворение страны еще не наступило». Но Алексеев не видел еще в действиях китайцев начавшейся партизанской войны. В ноябре—декабре продолжались диверсии и нападения, жители китайских деревень пытались обороняться и не впускать проходившие русские войска. Русские при этом несли существенные потери.
26 октября начальником Южно-Маньчжурского отряда был назначен генерал-лейтенант Церпицкий. После занятия Ляоси внимание отряда было направлено на восточную часть Ляодуна. Занятие города Фынхуанчен, расположенного на пути в Корею, стало первоочередной задачей.
Для наступления в Ляояне был сформирован отряд под командованием генерала Штакельберга. В отряд вошли 6 рот пехоты, 3 казачьи сотни, 1 эскадрон кавалерии и 8 орудий. 14 ноября, преодолев заснеженные горные перевалы, в Фынхуанчен вступил передовой конный отряд полковника Артамонова. Китайские войска спешно покинули город, спрятали в горах оружие и пушки и разбежались. На следующий день даотай лично встретил у городских ворот генерала Штакельберга с основными силами. Вскоре русский отряд покинул город и направился к морю, а власть в городе осталась у даотая, получившего грамоту, разрешавшую ему оставаться в прежней должности и иметь милицию в сто человек.
23 ноября отряд Штакельберга подошел к городу Дагушань, затем повернул на запад и занял город Сюянь. 28–30 ноября русские войска вернулись на КВЖД.
На восток от Мукдена двинулся отряд полковника П.И. Мищенко. Преодолев пять горных перевалов, отряд 26 ноября вошел в город Синцзин. Местные власти встретили Мищенко с почетом, преподнесли ему в дар 5 быков, 35 баранов, много риса и муки. По приказу из Мукдена местные власти распустили свои войска численностью 800 человек, но «китайские солдаты, прежде чем разойтись, разграбили и сожгли часть города, ранили фу-дутуна и несколько человек его конвоя». 5 декабря отряд успешно завершил экспедицию и вернулся в Мукден.
В конце 1900 г. русскими было организовано несколько карательных экспедиций, официальной целью которых был разгром шаек хунгузов. Подобные «экспедиции» проводились и в 1901 г. По Высочайшему повелению Николая II временем окончания боевых действий в Маньчжурии определялось 26 марта 1902 г.
После захвата Пекина интервенты несколько недель не могли выработать совместных требований к побежденным. Когда императорский эдикт 25 сентября 1900 г. оповестил о предании суду ряда сановников, виновных в поощрении восстания, об отстранении от должностей принца Дуаня и других, Германия потребовала, чтобы союзным державам было предоставлено решать, достаточно ли полон список наказуемых и соответствует ли мера наказания их «преступлениям».
4 октября 1900 г. французские представители предложили как базу для переговоров ряд основных пунктов, включавших: 1) наказание виновников восстания и убийств иностранцев; 2) запрещение Китаю ввозить оружие; 3) надлежащую компенсацию союзным державам, компаниям и частным лицам; 4) образование в Пекине постоянной охраны посольств; 5) срытие фортов Дагу; 6) военную оккупацию трех пунктов на дороге Пекин — Дагу, с тем чтобы эта дорога всегда была свободна для проезда посольств к морю и военных отрядов к столице.
Эта нота, так же как сентябрьская нота германского правительства, выдвигавшая еще более жесткие требования, была положена в основу при выработке совместных требований, обсуждение которых заняло свыше двух месяцев, отражая борьбу и противоречия между союзниками. Главным тормозом стало обсуждение количества китайских сановников, подлежащих казни в качестве «виновников», германский проект процедуры принесения Китаем извинений, постройка памятника Кеттлеру и т. д. В результате совместная нота держав была подписана в середине декабря 1900 г. и 22 декабря передана китайским представителям. До принятия китайским правительством выдвинутых державами требований иностранные оккупационные войска должны были оставаться в Пекине.
28 декабря из Сиани, где находилась императрица Цыси, было получено согласие на требования держав. Не желая удовлетвориться этим, иностранные представители потребовали документ с печатью богдыхана.
Выполнив эти требования, китайские представители, со своей стороны, обратились с просьбой подвергнуть конкретной детализации отдельные пункты объединенной ноты. Союзные державы согласились. Детальное обсуждение заняло более полугода.