Рахимов неизменно выступал за «не только равное, но и ровное отношение ко всем конфессиям» в республике. Принятие республиканского «Закона о свободе совести и вероисповедания в Республике Башкортостан» (1998) может рассматриваться как вызов федеральным властям, так как он устанавливал равенство религиозных организаций и равное отношение к ним со стороны органов власти, в нем также не было деления на «традиционные и нетрадиционные» религии. Однако А. Муратшин резко выступал против всех антисектантских выпадов в прессе, старался выдерживать равновесие всех конфессий, например помогал общинам Свидетелей Иеговы и Новоапостольской церкви в приобретении зданий и земли. В интервью автору в 2004 г. А. Муратшин утверждал, что «лучший способ плодить экстремизм и конфликты – это загонять религиозные организации в угол. Все должны получить юридический статус и помещение для собраний и богослужений, после этого можно и спрашивать». Выражая официальную позицию властей республики, А. Муратшин осуждал попытки властей ориентироваться на какую-либо одну религиозную организацию, в частности заигрывание федеральных властей с православием. Кроме того, республиканские власти Башкортостана (в отличие от районных властей) обычно не препятствовали миссионерской деятельности протестантских церквей в республике.
С другой стороны, республиканские власти выступали резко против присутствия религиозных организаций в учебных заведениях, государственных учреждениях и общественно-политической жизни республики. От них ждали лишь церемониального благословения в торжественных случаях. Одной из форм такого церемониального участия в жизни республики стало развитие сельских центров национальной культуры. В соответствии с решением М. Рахимова все народы, проживающие в республике, имеют по одному национальному селу. В этих национальных селах развиваются фольклор, народные промыслы, народная культура, традиционные формы хозяйствования. Один или два раза в год в национальных селах проводятся имеющие общереспубликанское значение этнические праздники. Для русских таким селом является Николо-Берёзовка (170 км от Уфы). В этом селе ежегодно проводится «величественное» (по словам архиепископа Никона) празднование Николы Вешнего, в котором православная епархия играет ведущую роль. Та же ведущая роль достается ей на празднованиях в украинском, чувашском и мордовском селах.
Несмотря на лояльность и прямую материальную поддержку «традиционных» религий, Рахимов жестко ограничивал публичное пространство, в котором могла присутствовать религия, в том числе и ислам. Мусульманское (как и любое другое) духовенство не имело доступа в учебные заведения и в большинство государственных учреждений. Рахимов опасался, что широкое участие религии в жизни республики может взорвать межнациональный и социальный мир.
Ислам в Башкирии – религия двух этносов: башкир и татар. Башкиры (как и родственные им казахи и ногайцы) – этнос не слишком религиозный, среди них меньше практикуется отправление религиозных обрядов и следование моральным и бытовым предписаниям ислама. Среди башкир в неизмеримо большей степени сохранились пережитки язычества (тенгрианство). Возрождение ислама в Башкирии совпало с началом процесса национального возрождения башкирского народа и обострением противоречий между башкирской и татарской общинами республики. За годы перестройки число мечетей выросло более чем в 30 раз, открылись средние и высшие учебные заведения.
Тем не менее процесс религиозного возрождения в Башкирии сопровождался серьезными и разнородными конфликтами внутри исламской общины. Наиболее существенен конфликт, связанный с противоречиями между Талгатом Таджуддином (председатель Центрального духовного управления мусульман, верховный муфтий России. –