Противники Таджуддина обвиняют его в первую очередь в аморальном поведении – пьянстве и даже наркомании. Но гораздо важнее обвинения, связанные с его идейной позицией. Таджуддин заявляет, что шариат не должен быть ни в коем случае нормой права, но лишь внутренним законом мусульманина («шариат должен быть в сердце»). Он утверждает, что многовековое пребывание мусульман в составе России – для них не зло, а благо, и что, то «как сейчас живут в Иране или Судане никак не может быть для нас образцом». В своем выступлении на Всемирном русском соборе в декабре 1999 г. он говорил, что «Святая Русь – и для российских мусульман значимое понятие». Таджуддин занимает экуменическую позицию – он ратует за взаимное сближение «авраамических религий» и постоянно стремится к укреплению контактов с РПЦ.
Экуменические ориентации Таджуддина и стремление сделать ислам «современным» объективно отражают мировоззрение значительной части российских мусульман, получивших европейское образование и принявших многие западные ценности.
В начале 1990-х годов сопротивление Таджуддину в Башкирии возглавили имамы башкир Н. Нигматуллин и татарин Н. Аширов. В созданный по их инициативе в 1992 г. ДУМ РБ муфтием был избран Нигматуллин, а его заместителем Аширов. С самого своего возникновения ДУМ РБ занял гораздо более радикальную теологическую и политическую позицию, чем ЦДУМР, в первую очередь благодаря Аширову. Если Нигматуллин был скорее витриной для привлечения башкир в ДУМ РБ, то реальное руководство муфтиятом концентрировалось в руках Аширова. Идеологически ДУМ РБ ориентируется на мусульманские страны Ближнего Востока (БВ). Лидеры ДУМ РБ считают утверждение шариата в общественной жизни недостижимым идеалом. А. Бибарсов, заместитель муфтия с 1997 г., заявил в интервью автору этих строк: «Как мусульманин я не могу быть против шариата. В Саудовской Аравии – шариат, а ведь Саудовская Аравия – это рай. Но я понимаю, что в современных российских условиях внедрение шариата практически невозможно». Аширов сумел установить тесные контакты с мусульманскими организациями в странах БВ. В беседе с нами в 1996 г. он признавался, что получает от них финансовую помощь.
В первой половине 1990-х годов ДУМ РБ привлек к преподаванию в своих учебных заведениях несколько десятков преподавателей из стран БВ. В русле контактов с мусульманскими организациями этих стран в Башкирии появлялись и проповедники.
В отличие от Таджуддина, стремящегося установить как можно более тесные отношения с РПЦ, ДУМ РБ имеет с ней лишь чисто формальные, протокольные контакты, инициированные властями. Таджуддин обвинял лидеров ДУМ РБ в распространении политического и религиозного экстремизма, национальной вражды и связях с ваххабитами. В свою очередь, ДУМ РБ в долгу не оставался, обвиняя Таджуддина в аморальном поведении, сервилизме перед российскими властями, экуменизме, «обновленчестве» и даже в масонстве.
Возрождение ислама среди башкир в значительной степени носит не самостоятельный, но подчиненный национально-политическим целям характер. Большинство мусульманского духовенства и в ЦДУМР (до 90%), и в ДУМ РБ (около 70%) – татары, что является причиной подспудных внутренних трений. Во главе ДУМ РБ – башкир Нурмухаммат Нигматуллин, что до сих пор помогало предотвращать межэтнические трения в ДУМ РБ, однако на бытовом уровне конфликт постоянно тлеет.
Националистические башкирские партии и движения, крупнейшее из которых – Башкирский национальный центр «Урал» (БНЦ), в первые годы после перестройки придавали громадное значение возрождению ислама, как фактора, обеспечивающего сохранение и сплачивание башкирской нации. По инициативе и на деньги БНЦ на башкирский язык был переведен Коран (1994), а также было издано много другой религиозной литературы на башкирском языке. В конфликте ЦДУМР с ДУМ РБ националы поддержали ДУМ РБ, как организацию республиканскую, независимую от «центра», продолжающую традиции БДУ. Глава БНЦ Марат Кульшарипов в личной беседе с автором сказал: «Мы – плохие мусульмане по сравнению с татарами, но мы верны исламу больше, чем татары». Действительно, здесь при низкой религиозности не было массовых обращений башкир в православие. В этом националы видят залог национального единства.
Со второй половины 1990-х годов БНЦ и другие башкирские национальные организации начали терять интерес к исламу, становясь все более светскими. Тем не менее ДУМ РБ сумел в первую очередь остаться религиозным объединением башкир. Общины, признающие авторитет ДУМ РБ, в основном концентрируются в районах с преобладанием башкирского населения, а ЦДУМР – татарского.
В 1992–1994 гг. ДУМ РБ на волне движений за суверенитет Башкортостана, а также башкирского национального возрождения и стремления очистить ислам от российско-советских влияний триумфально вытеснял ЦДУМР: повсюду общины ЦДУМР переходили под эгиду ДУМ РБ, ДУМ РБ в эти годы пользовалось поддержкой властей и общественности. Но постепенно ситуация начала меняться.