Идиллические отношения между царем и III Думой длились недолго. Согласно «Основным законам» Российской империи, внешняя политика, армия и флот находились под прямым контролем царя. Официально Дума не имела права вмешиваться в дела соответствующих министерств и не могла оказывать влияния на их деятельность. Однако сметы расходов на нужды этих правительственных учреждений утверждались Бюджетной комиссией, в результате чего она стала играть, как и во всяком парламенте, крайне важную, определяющую роль. И с этим вынуждены были считаться все министры. Перед рассмотрением в Бюджетной комиссии сметы расходов различных министерств тщательно изучались в соответствующих специальных комитетах. С помощью такой системы, то есть с помощью финансового контроля, осуществлявшегося Бюджетной комиссией, военное министерство и адмиралтейство, по сути дела, подпадали под контроль Думы. После русско-японской войны создание военно-морских сил приходилось начинать практически с нуля, а армию следовало коренным образом реорганизовать, увеличить и перевооружить в соответствии с техническими требованиями того времени.
Какого-либо твердого, устойчивого руководства над армией и флотом не существовало. Высшие эшелоны военной власти постоянно находились в стадии реорганизации. Большое количество разного рода военных ведомств возглавлялись абсолютно безответственными великими князьями, которые, как правило, обделывали, не обращая при этом ни на кого внимания, свои собственные делишки. В армии и на флоте служило немало способных и энергичных, военных специалистов, которые с энтузиазмом разрабатывали планы реформ, но были полностью бессильны претворить их в жизнь.
Став председателем комиссии Думы по вопросам обороны, Гучков постарался немедленно наладить связи с теми людьми в военном министерстве и адмиралтействе, которые проявляли заинтересованность в коренной реорганизации этих ведомств. Таким образом, Дума оказалась в самом фокусе всей деятельности по реорганизации системы обороны России.
Без сомнения, III и IV Думы сыграли очень существенную роль в подготовке России к войне 1914–1918 годов. Трезвомыслящие и деятельные люди в армии и на флоте ощущали твердую поддержку Думы, а Дума в свою очередь нашла в их лице сторонников в борьбе с придворной камарильей.
Такое сближение не осталось, однако, без должного внимания близких к царю лиц, которые ратовали за возвращение к абсолютизму.
Весной 1908 года во время обсуждения в Думе бюджета военного министерства Гучков в своей речи обратился к Великим князьям с призывом принести «патриотическую жертву», отметив, что Дума уже обратилась к народу страны пойти во имя защиты отечества на великие лишения. По сути дела, Гучков попытался убедить Великих князей отказаться от административной деятельности в армии, к которой они вряд ли подходили и при осуществлении которой демонстрировали лишь полную безответственность. Он обратился с такой просьбой, отдавая себе полный отчет в позиции военной администрации. Его речь, естественно, вызывала бурю возмущения в придворных кругах. Царица поспешила расценить ее и, вообще, всякое вмешательство Думы в военные дела как нападку на императорские прерогативы.
Ее подозрения еще больше укрепились после происшедшего через год в Константинополе переворота, в результате которого младотурки свергли султана. При дворе тут же приклеили к Гучкову кличку «младотурок» и с того времени стали рассматривать его как врага государства № 1.
Был смещен с поста военного министра специалист своего дела А. Ф. Редигер, работавший в атмосфере широкого сотрудничества с Думой. На его место назначили командующего Киевским военным округом генерала В. А. Сухомлинова, посредственного служаку, мало смыслящего в современном военном деле, который в соответствии с волей царя отказался от всякого сотрудничества с Думой.