Исследователи в целом справедливо утверждают, что Василий III продолжал политическую линию, намеченную его отцом. Вместе с тем были существенные различия в характере правления Ивана III и его сына. В годы объединения русских земель вокруг Москвы великокняжеское правительство стремилось консолидировать для этой цели усилия различных групп господствующего класса, оставляя практически нетронутыми их основные привилегии. Иное дело правительство Василия III, которое в обстановке завершения объединительного процесса начало решительное наступление на права феодальной аристократии.
Политическая линия Василия III, несмотря на отступления от нее в годы боярского правления, определила во многом и правительственные мероприятия Ивана Грозного.
В нашей литературе обычно подчеркивается, что политика Ивана IV отличалась, довольно резко, от курса его предшественников, и не обращается внимание на те черты, которые связывают ее с предшествующим правлением. Иван Грозный воспринял от отца главное — стремление подчинить великокняжеской власти уделы, обеспечить влияние на русскую церковь и добиться политического возвышения дворянства как основной опоры своей власти. Все эти три задачи он решал более настойчиво, но поставлены они были еще Василием III. Разгром Старицкого удела в годы опричнины, казнь митрополита Филиппа и продворянские мероприятия завершали начинания отца Ивана Грозного. В сходном направлении при Иване IV шла реорганизация государственного аппарата. Дьяки казны, дворца и Боярской думы составили основу новых приказных ведомств, которые стали строиться уже не по территориальному, а по функциональному принципу. Ограничение власти наместников, начатое при Василии III в ходе введения института городовых приказчиков, привело в конечном счете к падению системы кормлений. Развитие артиллерии и зарождение войска пищальников в дальнейшем дало стрелецкое войско и мощную артиллерию, сыгравшую крупную роль в Казанском взятии и Ливонской войне.
Даже опричнина, это самое оригинальное из детищ Ивана IV, имела корни в мероприятиях Василия III. Именно в первой трети XVI в. дворовое войско (великокняжеская гвардия) начинает обособляться от общегосударственного. Именно Василий III, создав Александрову слободу, сделал ее своей излюбленной загородной резиденцией. Даже поставление на престол Симеона Бекбулатовича имеет прецедент в попытке Василия III назначить себе наследником крещеного татарского царевича Петра. Если Василий III женился на Соломонии Сабуровой, то Иван IV выбрал себе в жены также представительницу старомосковской боярской фамилии — Анастасию Романову. Так же как Василий III ввел в Думу в качестве своего приближенного сравнительно незнатного любимца Шигону Поджогина, Иван IV сделал членом Ближней думы своего фаворита Алексея Адашева.
Попытка Василия III приблизить к себе Вассиана Патрикеева, использовать в государственных интересах вражду иосифлян с нестяжателями, чтобы ограничить всевластие церкви, нашла продолжение в сближении Ивана IV с Сильвестром и секуляризационных мероприятиях середины XVI в. Стремление Василия III особыми уложениями ограничить княжеское землевладение нашло продолжение в законодательстве его сына 50-х — начала 70-х годов XVI в. Крестоцеловальные и поручные записи по опальным князьям и боярам, смена двора у удельных князей и замена территории уделов были и в годы правления Ивана IV средствами борьбы с сепаратистскими тенденциями феодальной знати. Начатое еще Василием III строительство оборонительных крепостей на южном и восточном рубежах страны в годы правления Ивана IV переросло в сооружение на юге страны целых засечных черт.
Если Василий III еще только изредка в сношениях с отдельными странами именовал себя царем, то уже Иван IV был торжественно коронован на царство в 1547 г.
Иван IV стремился продолжить основные направления и внешней политики своего отца. Он окончательно присоединил Казань и Астрахань к Русскому государству в 50-х годах XVI в., построив предварительно на путях к Казани Свияжск (так же как Василий III построил Васильсурск перед казанским походом 1524 г.). Но вот Ливонская война Ивана IV находилась в прямом противоречии с внешнеполитическими устремлениями Василия III. Она окончилась неудачей по ряду причин, одной из них была та, что Ивану IV не удалось в отличие от его отца добиться окружения Великого княжества Литовского цепью союзных ему держав. Доже подготовленные браком Василия III с Еленой Глинской претензии их сына на литовско-польскую корону не были осуществлены отчасти из-за целой серии неудачных дипломатических шагов.