За неимением лучших целей греческие корабли занялись обстрелом турецких портов и прибрежных городов.
В начале мая 1897 г. боевые действия закончились. Грекам пришлось отступить, хотя соотношение потерь было в их пользу. Всего за войну греческая армия потеряла 832 человека убитыми и 2447 ранеными, а турецкая – 999 человек убитыми и 2064 человека ранеными.
4 июля 1897 г. был заключен мир, дававший Турции несколько квадратных километров греческой территории (северные проходы в Ларисскую долину) и контрибуцию в четыре миллиона турецких франков.
Крит же остался под контролем европейских держав. В октябре 1897 г. греки созвали нечто типа парламента Крита в городе Мелидоне и объявили об автономии острова. Этим же собранием был разработан критский национальный флаг: черный крест на белом поле с белым крестом на синем поле в кружке.
За боевыми действиями в Эгейском море пристально наблюдали все великие европейские державы. Русская эскадра постоянно присутствовала в восточной части Средиземноморья. Причем в нее входили не только крейсерские суда, но и мореходные эскадренные броненосцы. Так, весь 1897 г. флагманом нашей эскадры был броненосец «Николай I». В конце 1895 г. прибыли броненосцы «Сисой Великий» и «Наварин», оснащенные новейшими 12-дюймовыми пушками длиной в 35 и 40 калибров.
Во время пребывания русской эскадры у берегов Крита случился досадный инцидент. 3 марта 1897 г. в 10 милях от бухты Суда «Сисой Великий» проводил стрельбы из 12-дюймовых орудий по деревянному щиту. Стрельба продолжалась уже более часа, когда вслед за выстрелом из кормовой башни в ней раздался взрыв. Выскочив из боевой рубки, командир броненосца увидел лежавшую на носовом мостике броневую крышу башни, густой дым застилал ют корабля. Впрочем, с огнем удалось справиться за 5 минут, гораздо хуже дело обстояло с прислугой кормовой башни и находившимися на мостике. За это время 16 человек погибли и 15 получили тяжелые ранения (шестеро из них вскоре скончались). Все приборы и механизмы башни были разбиты, 15 броневых плит сдвинуты с места, а броневая крыша весом 7,5 тонны, перелетев через грот-мачту и дымовые трубы, рухнула на носовой мостик и значительно его повредила. Силой удара сбросило с тумбы 37-мм пушку, пострадали паровой катер, световые люки и стеньга.
17 марта броненосец прибыл в Тулон на ремонт, где его уже ожидала следственная комиссия Главного военно-морского судного управления под председательством капитана 1 ранга А.М. Абазы. В качестве эксперта комиссии в Тулон приехал известный специалист в области морской артиллерии полковник А.Ф. Бринк. Комиссия состояла из весьма квалифицированных специалистов, которые после глубокого и тщательного разбора обстоятельств трагедии определили причину ее возникновения.
Все началось с того, что при стрельбе испортился гидравлический механизм закрывания затвора и прислуга орудий перешла на ручной привод. Готовя левое орудие к очередному выстрелу, комендор М. Власов задвинул замок в гнездо, но не повернул до конца поршень замка. Вероятно, из-за сотрясения после первых выстрелов сместились подвижные части затвора, и комендор, считая, что он повернул рукоятку поршня до конца, на самом деле оставил замок открытым. Ошибку мог предотвратить командир башни лейтенант Пещуров, но он, занятый определением данных для выстрела и наводкой орудия, положился на квартирмейстера Е. Попова, который именно в этот момент спустился к заряднику.
Популярно говоря, катастрофа произошла из-за элементарного разгильдяйства команды.
В середине 1898 г. Турция сделала последнюю попытку утвердить за собой остров. В июле в Канею прибыл Джевад-паша, назначенный сначала генерал-губернатором, но вскоре смещенный на более скромный пост начальника турецких войск на Крите. Джевад-паша начал энергичные действия по восстановлению порядка и дисциплины среди турецких войск на острове. Однако неоднократные столкновения Джевад-паши с Советом адмиралов заставили султана в октябре 1898 г. отозвать его. При содействии адмиралов было организовано временное правительство острова.
В начале сентября 1898 г. в Кандии мусульманские фанатики и турецкие башибузуки учинили резню местных греков. Английский патруль, преградивший путь бунтовщикам и защищавший христиан, потерял одного офицера и тринадцать солдат убитыми и вдвое больше ранеными. Кроме того, были убиты английский вице-консул и несколько сотен христиан. Прибывшие из Суды корабли из-за свежей погоды не могли высадить десант. Мятеж удалось прекратить лишь угрозой бомбардировки Кандии. Английский адмирал вызвал с Мальты значительные сухопутные силы. По его требованию были выданы зачинщики и разоружены башибузуки.
Беспорядок в Кандии заставил европейские державы предложить Турции через своих представителей в Стамбуле эвакуировать турецкие войска. 19 октября с острова отошли первые транспорты, увозившие турок в Салоники.