В документе подробно расписаны обязанности епископов, священников и монахов. При посвящении в духовный сан священники должны были приносить присягу, обязывающую защищать, не щадя своих сил, права и прерогативы, принадлежащие Высшему Самодержцу.
Также им предписывалось вести записи о том, как прихожане исполняют религиозные обязанности, посещают службы и исповедуются. От них требовалось зачитывать с амвона указы, приносить клятвы верности государству и регистрировать рождения, браки и смерти. Короче, священники были духовными администраторами и низовыми агентами самодержавного государства.
Когда епископы обратились к Петру с просьбой позволить им избрать другого патриарха, император швырнул на стол «Духовный Регламент» и крикнул: «Вы просите патриарха, вот вам духовный патриарх. А противомыслящему сему (он вынул кортик и ударил по столу) вот вам булатный патриарх!»
Свои слова император подкрепил тем, что направил в помощь обер-прокурору группу «фискалов», чтобы проверить, исполняет ли Синод в точности возложенные на него функции. Характерно, что фискалов называли «инквизиторами».
Но исполнение инквизиторской функции предписывалось не только им. Указ от 17 мая 1722 года гласил: «Если во время исповеди кто-то сознается духовному отцу в несовершенном, но задуманном преступлении, особенно измене или мятеже против Самодержца или Государства, или в злоумышлении против чести и здоровья Самодержца и его семьи, и при этом не раскается… тогда духовник должен не только воздержаться от отпущения грехов, но и немедленно сообщить в соответствующее место».
Под «соответствующим местом» понимался Преображенский приказ. Священников, не сумевших исполнить требуемое, предупреждали, что «как соучастники в преступлении они будут подвергнуты телесному наказанию и сосланы на галеры или, если дело серьезное, казнены».
Таким образом, священники включались в ряды фискалов. На положении паствы отразилась и еще одна тенденция, имевшая место на протяжении XVIII века: церковная иерархия постепенно брала под контроль назначение приходских священников. Раньше место обычно переходило по наследству; в ином случае его занимал тот, кого избирали прихожане. Согласно «Духовному Регламенту» священник, чтобы претендовать на приход, должен был закончить семинарию. Кандидатов, удовлетворяющих требованию, не хватало, но все же документ давал больше власти епископам, в ведении которых находились семинарии епархий и которые могли проверять компетентность кандидатов. На практике наиболее удобным было назначать сына предыдущего священника. Почти все дети церковнослужителей посещали семинарии, так как Петр принял решение лишить избыточное духовенство статуса и перевести тяглые сословия (время от времени сам император и его преемники даже проводили для таких несчастных обязательные наборы в армию).
Выборы приходских священников постепенно уходили в прошлое или проводились исключительно «лучшими горожанами», избранными для этих целей консисториями, административными органами епархий. И только в западных регионах, подверженных влиянию католической и униатской церкви, как средство укрепления веры сохранялась и поощрялась прежняя традиция. В конце концов, в 1797 году выборы приходских священников были отменены Святейшим Синодом. Признаком ослабления контроля прихожан над материальными ресурсами прихода стал постепенный переход к назначению сверху церковных старост, отвечавших за расходование средств. Такое уменьшение роли паствы оказалось роковым следствием церковных реформ Петра I, так как ослабляло связь между общиной и церковью, а в конечном итоге — между общиной и государством. В 1868 году Иван Аксаков так комментировал это: «Есть прихожане, но нет прихода в подлинном смысле этого слова; люди регистрируются в церкви, но эти люди не составляют церковного братства в подлинном и первоначальном значении этого термина».
Неудивительно, что активная и беспокойная натура Петра не могла смириться с «сонной» — на его взгляд — жизнью монахов. В отличие от Генриха VIII, он не закрыл монастыри, но попытался их дисциплинировать, чтобы использовать в качестве «богоугодных» заведений. Монастыри должны были давать приют инвалидам, нищим, ветеранам армии. Для того чтобы заставить их выполнять отведенную роль, Петр лишил монастыри всех доходов, назначив каждому монаху и монахине строго фиксированное денежноматериальное содержание, но лишь при условии строгой дисциплины и выполнения предписанной благотворительной работы. Прием новых послушников ограничивался: мужчины до тридцати лет и женщины до пятидесяти в монастыри не допускались. Хотя в основном монахи владели грамотой, им запрещалось писать что-либо без разрешения начальства и даже хранить в кельях перо и бумагу, так как «ничто так не нарушает монашеского спокойствия, как бесполезное писание». Нарушителей запрета удаляли из монастырей.