Способный учащийся по окончании начальной школы мог поступить в медресе Бухары или в аналогичные заведения Оренбурга, Семипалатинска, Хивы и других крупных городов. К середине XIX века в 180 медресе Бухарского эмирата обучалось почти 15 тыс. человек. Примерно в 1800 мактабах училось 150 тыс. детей. Хивинское ханство насчитывало в тот период 25 медресе. К концу века, по мере роста интеллектуального пробуждения, число медресе стало стремительно увеличиваться. Одна Бухара насчитывала 103 медресе. В Коканде в 1890 году 118 духовных заведений никогда не видели так много учащихся, а в Ташкенте было более 10 медресе, в Самаркандской области – 50, а в Сырдарьинской – 21.
Обучение в медресе длилось в течение 12 и более лет под руководством наставников из духовенства. По его окончании человек обладал знаниями тюркских языков Средней Азии, персидского и арабского литературных языков, а также основательной осведомленностью о творчестве великих поэтов, теологов, философов, историков и географов мусульманского мира. В основном выпускник мог стать учителем, секретарем при купцах, представителях знати или других деловых людях, управляющим вакуфов, судьей, или служащим, или представителем духовенства. В зависимости от особенностей своей личности, связей и некоторой удачи ему удавалось найти подходящее место, но, каковыми ни были его занятия, он в конечном счете почти наверняка становился лидером общественного мнения в сообществе. В этом отношении даже более уникальными, чем свидетельства Садриддина Айни об образовательных возможностях в Бухарском эмирате, являются его воспоминания об интеллектуальной жизни образованных мусульман Средней Азии.
Среди учащихся бухарских медресе Шариф-джан бесспорно принадлежал к немногим, кто прекрасно владел каллиграфией, в совершенстве знал языки и грамматику, а также любил и понимал поэзию. Он считался покровителем образования. Каждую неделю во вторник, среду и четверг, когда выдавались свободные вечера, дом Шариф-джана Махдума превращался в место встреч поэтов, книголюбов, рассказчиков забавных историй и остряков.
Мухаммад Шариф-джан Махдум (Садр-и Зийа) (1865–1931) являлся одним из благодетелей и учителей Айни. Сам Шариф-джан был учеником таджикского мыслителя, поэта, ученого, придворного астролога и дипломата Ахмада Махдума Калла (Дониш), посещавшего Россию в 1856, 1868 и 1870 годах. По примеру Ахмада Махдума Мухаммад Шариф-джан Махдум стал историком, поэтом и политическим деятелем. Его личная библиотека считалась одной из самых богатых в городе. Из многих прекрасных рукописей своей коллекции он составил в 1910 году антологию бухарской таджикской поэзии XIX века под названием «Тизкар-уль аш'ар» («Воспоминание о поэмах»). Он также написал обширные мемуары о политической и культурной жизни Бухары в конце XIX столетия. Он служил также судьей
На вечерах, устраиваемых в доме Мухаммада Шариф-джана Махдума, велись споры, выходящие за пределы литературы и искусства и касающиеся политических и социальных вопросов. Во время этих дискуссий юноши, например мирза Абдул Вахид Мунзим (1877–1934) и Айни, слышали критические высказывания в адрес политических мошенников в противоположность оценкам некоторых известных деятелей, таких как мирза Хаит Шахба, талантливый поэт, казненный в 1918 году в возрасте 70 лет эмиром за восхваление Февральской революции 1917 года. Мирза Хаит Шахба был много лет советником при дворе эмира Абд аль-Ахада, впоследствии назначавшего своего смотрителя