Акцент на коммерческих вопросах, должно быть, дал понять российским дипломатам, что пункты послания, касающиеся подданства и альянса, были включены лишь как приманка с целью поощрения принятия торговых условий и, следовательно, не должны восприниматься всерьез. Но царь, осведомленный о внутренних проблемах Хивы и стремившийся к расширению империи, дал срочный ответ на инициативу хана в своем послании от 30 июня 1700 года. Игнорируя ссылку на торговлю, он пишет хану Исхак Ага Шаху Ниязу: «Мы, Великий Государь, наше царское Величество… в подданстве у нас… быть тебе повелели». К тому времени, когда Хива в 1703 году ответила на царское заявление, на троне воссел новый хан, и все разговоры о государственных связях и союзе с Россией, за исключением замечаний о мире и дружбе, были забыты. А содержание официального хивинского послания, как и ожидалось, сконцентрировалось на торговой политике.
В следующие 170 лет дипломатические отношения России с ханствами прошли тернистый путь. До середины ХГХ столетия царские чиновники безуспешно пытались заключить официальные договоры, в соответствии с которыми Россия увеличила бы свое влияние, если и не установила бы контроль над всей или частью юга Средней Азии.
Дипломатические отношения между Кокандом и Россией были иными. Потому что они начались с самым молодым (образованным в 1710 году) ханством только к концу XVIII столетия. В период между 1784 и 1796 годами предпринимались попытки завязать отношения с Ташкентом, городом в то время с населением около 10 тыс. человек. Он был включен в ханство в 1815 году. Несмотря на то что русский солдат убил кокандского посланника в 1812 году в Петропавловске, пока соперничество двух стран за контроль над Средним казахским жузом не усугубилось, их отношения не характеризовались враждой, о которой свидетельствовал долгий опыт отношений старых ханств с Россией.
Однако к 1830-м годам у кокандцев вызвали обиду отказы России принимать их дипломатов. Этому сопутствовали грабежи ташкентских караванов казахами, предположительно подчинившимися России, строительство русскими крепостей в горах Беш-Казлык (Каркаралы), а также на реке Каратал и отказ помочь борьбе Коканда с китайцами на востоке Бухарского ханства. Все это охладило желание Коканда установить дипломатические отношения с Россией. Хотя представители Ташкента и Коканда временами, например в период между 1836 и 1841 годами, пытались уладить разногласия, желая установить контакты с пограничными властями. С 1850 года Коканд почти постоянно находился в состоянии войны с Россией, защищая юг Средней Азии, пока не пал Ташкент, а нужда в дипломатических отношениях вскоре и вовсе отпала из-за распада ханства.
Ранние официальные договоры были ратифицированы властями России и Средней Азии ближе к концу независимого существования ханств. О первом из них удалось договориться с Хивой полковнику Г. И. Данилевскому, второй же договор организовал с Бухарой майор Н. П. Игнатьев. В первом договоре от 27 декабря 1842 года с Хивой Рахим Кули-хан (пр. 1842–1845) согласился прекратить открытую или тайную враждебную деятельность против России. Он также обязался избегать потворства или замыслов в отношении разбоя и грабежа российских подданных на казахских и туркменских равнинах или в Каспийском море, поставить вне закона захват русских пленников и предоставление убежища мятежникам (главным образом казахам с территории России), а также улучшить условия торговли и безопасности для русских купцов. Взамен Россия соглашалась только простить то, что назвала оскорблениями, унижениями и потерями в караванной торговле. Она также выразила готовность продлить прежние торговые соглашения.
Когда майор Игнатьев прибыл в Хиву через 16 лет, хивинцы не проявили желания соблюдать договор, заключенный Данилевским, заявив, что не располагают копией документа. Они отказывались заключить новое соглашение с Россией. В Бухаре русскому посланнику удалось уговорить эмира одобрить без изменений соглашение от 11 октября 1858 года, предусматривавшее освобождение Бухарой всех русских пленников, доступ в Амударью русских судов, временное пребывание в Бухаре русского торгового агента, а также улучшение условий торговли для русских купцов. Этот договор стал не более чем клочком бумаги. Эмир его полностью игнорировал, а дипломатические результаты каждой русской миссии следует оценить как равные нулю. Большие свиты, сопровождавшие Данилевского и особенно Игнатьева, вызвали подозрение у хивинцев, но им тем не менее удалось собрать много разведывательной информации, полезной для царской армии. Несколько обстоятельных описаний региона принадлежат военным руководителям этих миссий, а также входившим в них специалистам – В. В. Григорьеву, Т. Басинеру, П. И. Лерху, Е. Килевейну и К. В. Струве.