Через несколько месяцев относительного спокойствия в июле 1875 года по соседству с Узгеном вновь вспыхнул мятеж под руководством Исхака Хасан-оглу, который взял имя Пулат-хан. Для подавления мятежников кокандский хан послал колонну войск под командованием одного из высокопоставленных представителей знати, Абдуррахмана Отобаши. Он перебежал 17 июля в Андижане к Пулат-хану и связал с ним судьбу. Это было началом распада власти. Повсюду войска, знать и местные предводители присоединялись к мятежу. Насреддин-бек, старший сын хана и правитель Андижана, перешел 19 июля на сторону мятежников. На следующий день к ним присоединился правитель Маргилана. В ночь на 21 июля дезертировал также младший сын хана Мухаммад Амин-бек во главе части ханских войск.
Присоединение к мятежу всех военных и местных властей быстро изменило характер повстанческого движения. Из народного восстания, направленного против жестокого и деспотичного суверена, мятеж превратился в сопротивление мусульманского населения под руководством правящей знати русским. Это было очевидное проявление воли народа сохранить Кокандское ханство с его структурой и обычаями. В течение нескольких недель мятеж превратился в священную войну.
В то время как всеми покинутый Худояр-хан бежал в Ташкент под защиту русских, к власти пришел его сын, Насреддин-бек. Он немедленно установил связь с Россией и 6 апреля был признан генералом фон Кауфманом сувереном. Однако, несмотря на это соглашение, война продолжалась. 9 августа войска мусульман осадили Коканд и попытались перекрыть дорогу на Ташкент. Русские решили, что этому пора положить конец, и фон Кауфман двинул войска в наступление на Коканд и захватил его 29 августа. 20 сентября Насреддин-беку навязали соглашение, положившее конец независимости ханства.
Однако Абдуррахман Отобаши продолжал сопротивление во главе многочисленных войск. 9 октября он овладел Кокандом. На освободившийся трон – поскольку Насреддин-бек бежал к русским, как прежде отец, – он посадил Пулат-хана. Затем мятежники осадили Маргилан и создали угрозу Намангану. Но 11 ноября произошло решающее сражение войск генерала М. Д. Скобелева с мятежниками при Балыкчи, и мятежники обратились в бегство. Через несколько дней Скобелев подверг обстрелу Андижан, заставив врагов отступить. После падения Андижана 9 января 1876 года мятежники сдались. Пулат-хан бежал в Уч-Курган, где его пленили 28 января солдаты Скобелева, и вскоре он был казнен в Маргилане. 19 февраля 1876 года Кокандское ханство было упразднено. Вместо него учредили Ферганскую губернию под управлением Скобелева.
Вторжение в Туркменистан
Еще не закончились операции в Коканде, когда царские войска начали наступление на Туркменистан. Через день после подписания договора с Хивой английская пресса сообщала, что новое русское наступление представляет угрозу независимости Афганистана, и потребовала от России заверений по этому вопросу и вопросу о Туркменистане. Российские власти с готовностью подтвердили заверения, содержащиеся в Декларации от 19 января 1873 года по афганскому вопросу: «Россия повторяет, что Афганистан не входит в ее сферу влияния». Однако она проявляла больше сдержанности по туркменской проблеме, поскольку, как заявил Горчаков, это зависит от отношения туркменов, которые «очень агрессивны».
В 1873 году войска под командованием генерала Н. Н. Головачева атаковали туркменов рода Йомуд и заняли туркменские деревни Хорезмского оазиса. После упразднения независимой Хивы была создана Закаспийская военная зона с двумя центрами – Мангышлак и Красноводск, – которая вошла в сферу командования армии Кавказа. Из нее совершались военные походы на туркменскую территорию. В 1877 году русские заняли Кызыл-Арват, а в 1879 году атаковали Гёк-Тепе, где войска генерала Лазарева потерпели серьезное поражение от туркменов рода Текке. Последствия этого поражения были катастрофичны для царского престижа за пределами империи. Поэтому на следующий год генерал Скобелев, возглавивший новый военный поход с целью разрешить туркменскую проблему, получил от царя строгие инструкции. Предписывалось ни при каких обстоятельствах не отступать от намеченного плана, «ни шагу назад, ибо это было бы признаком нашей слабости для Европы и Азии. Это воодушевило бы наших врагов на более дерзкие действия и могло бы стоить России гораздо дороже, чем весь поход».
Армия генерала Скобелева насчитывала более 11 тыс. человек и около 100 пушек. Решающим эпизодом кампании явился захват крепости Гёк-Тепе 12 января 1881 года после длительной и кровопролитной осады, который лишил туркменов всякой возможности сопротивляться. Через три дня отряд под командой полковника А. Н. Куропаткина овладел Ашхабадом. Через несколько недель предводитель туркменских племен на захваченной территории сдался Скобелеву.