План организационных мероприятий на занятых территориях был разработан лишь к 1867 году. Дебаты в Степной комиссии продолжила новая комиссия, которую назвали «специальным комитетом». В нем председательствовал военный министр, который вновь выдвинул на обсуждение и разобрал до мелочей рекомендации 1865 года. С точки зрения территориального деления комитет предложил создание Туркестанской губернии, освобожденной от опеки Оренбурга, и высказался за присоединение южной части Семипалатинской области к ее первоначальным регионам – Семиречью и Сырдарье.
Комиссия выдала две политические рекомендации: сконцентрировать гражданскую и военную власть в руках военных властей, которые должны были нести ответственность за регион, и вернуть местные дела неполитического характера в ведение традиционных элит, которые должны продолжить свою обычную деятельность. Впоследствии генерал-губернатора наделили значительными полномочиями, учитывая удаленность завоеванной территории. Ему предоставили полную свободу действий в отношении соседних стран, исполнении регионального бюджета, установлении налогов и предоставлении привилегии в принятии российского гражданства. Он даже располагал правом казнить или миловать местных граждан.
11 июля 1867 года царь подписал указ о создании Туркестанской губернии. Военные чины, призванные осуществлять административную власть в регионе, были объявлены 14 июля. Генерал Крыжановский, генерал-губернатор Оренбургской области, возражал против решений комиссии, членом которой состоял. Он доказывал, что опасно предоставлять полную административную автономию региону, столь удаленному от столицы империи и столь изолированному от нее пустынями. Более того, он полагал, что крайне нецелесообразно разрушать единство командования в регионе казахских степей.
Район степей был преобразован в следующем году в соответствии с рекомендациями Степной комиссии. 21 октября 1868 года создали три новых центра: Уральск, Тургай и Акмолинск. В Акмолинске, относившемся к Туркестанской губернии, это не вызвало инцидентов. В Уральске и Тургае же преобразования 1868 года стали поводом для крупных антироссийских мятежей, что положило конец порядку, сохранявшемуся с 1822 года. Они окончательно похоронили власть и привилегии местной аристократии. Племенные мятежи приобрели масштабы священной войны, и, чтобы подавить их, потребовалось вмешательство армии. Через несколько месяцев вновь вспыхнуло восстание казахских племен региона Мангышлак, где русские деревни атаковали более десяти тысяч повстанцев. Пока шло завоевание, Туркестанская губерния также подвергалась территориальным изменениям. В 1868 году земли, изъятые у Бухары, образовали Зеравшанский округ, а земли, изъятые у Хивы пятью годами позже, стали военной зоной в районе Амударьи.
Устройство губерний
В Средней Азии территориальная организация была создана такая же, как в России, – область, уезд, участок, – но вся власть там принадлежала военным. Наряду с российской властной вертикалью и учреждениями было позволено функционировать местным юридическим и политическим институтам. Российское командование осуществляло контроль над процедурами выборов и назначений судей, которые избирались населением на три года. Но по делам, не затрагивающим интересы российских подданных или политику, решения выносились согласно стандартам прошлого. И за исключением тех случаев, когда подсудимый сам требовал юрисдикции российского военного суда, чиновники России не вмешивались. В сельской местности предусматривались выборы старца (аксакала), получающего жалованье, на три года. На практике же он почти всегда, как и в прошлом, назначался исходя из его принадлежности к элитной группе. Несколько деревень (кишлаков) объединялись в административную единицу под названием волость и были представлены ассамблеей избирателей, по одному от пяти семейных хозяйств. Это позволяло выбрать волостного главу и судей. Те же принципы действовали в стойбищах кочевников.
Фактически русское вмешательство в дела местных учреждений было весьма ограниченным. В течение продолжительного времени местные и российские власти сосуществовали на весьма свободной основе. Когда российская администрация брала на себя надзор за местными назначениями, система давала сбои. Люди избирались по принципу близости к российским властям и мнимого влияния на них. Быстро развились соглашательство и коррупция. Недостатки такого взаимодействия не замедлили проявиться. Генерал фон Кауфман раньше всех понял, что необходимы реформы. По его мнению, следовало укреплять российскую власть в Туркестанской губернии. С этой целью он составил план, который не был реализован. Губернию сотрясли скандалы, в них были замешаны его ближайшие соратники, такие как генерал Головачев. Преемник фон Кауфмана генерал Черняев попросил правительство послать комиссию по проверке Туркестанской губернии.