В этот период реальными организационными мероприятиями в Туркестанской губернии были территориальные изменения. Закаспийский регион, завоеванный между 1869 и 1885 годами, который подпадал вначале под юрисдикцию генерал-губернатора, был изъят у него и передан в ведение военного министра. В 1898 году организация Туркестанской губернии была полностью пересмотрена, частично, без сомнения, в результате амбициозного стремления генерала Куропаткина видеть себя фактическим наместником. На самом деле этот пост предназначался генералу С. К. Духовскому, и лишь через несколько лет Куропаткин стал наконец генерал-губернатором Туркестанского края. В результате была образована более обширная Туркестанская губерния, включавшая пять регионов: Сырдарьинскую, Ферганскую, Самаркандскую области, Закаспийский регион и Семиречье. Ташкент стал столицей всей губернии и Сырдарьинской области.
Степная губерния вновь была сведена к Акмолинской и Семипалатинской области. Между тем Тургайская и Уральская области управлялись раздельно и подчинялись министру внутренних дел. Наконец, Бухара и Хива сохраняли статус протекторатов. Территориальная реорганизация продолжалась до революции 1917 года, но всегда подразумевала угрозу аннексии Бухары, которая, однако, не реализовывалась.
В период между завоеванием и революцией 1905 года политика России в отношении Средней Азии может показаться неопределенной и нечеткой. Тем не менее в ней прослеживаются определенные принципы. Прежде всего Россия стремилась не сближаться с покоренными народами, но держать их в покорности. Они не были русскими подданными и, как инородцы, не привлекались на военную службу. Другими словами, не допускалось их смешивание с русским населением, даже временно.
Старый Ташкент, около 1890 г.
Судебная и административная деятельность, по крайней мере на местном уровне, оставалась в распоряжении коренных жителей, и с чисто практической точки зрения – под контролем мусульманского духовенства. В Туркестанской губернии, в частности, российские власти предпочитали политическую линию фон Кауфмана, который игнорировал ислам и мусульманское общество. Политическое устройство основывалось на определенном принципе: управлять населением без вмешательства в его дела и прежде всего упрощать механизм колониального господства.
И все же одно весьма отчетливое различие между югом региона и большей частью казахской равнины становится очевидным. Сознавая силу ислама, российские власти просто игнорировали его. На казахской равнине, где население сравнительно недавно было обращено в ислам, царские чиновники стремились уничтожить структуру традиционного общества и подорвать влияние местной власти. Постоянной перекройкой казахского региона и рассеянием племен по нескольким районам российские власти надеялись расчленить существующие государственные образования.
Однако такая политика, очевидно, не дала положительных результатов, и события после 1905 года подтвердили это. В 1886 году в материалах, собранных по запросу В. П. Наливкина, значилось заявление генерала Н. И. Гродекова, отмечавшего, что Россия провалила свою политику в Казахстане. Ислам, по его словам, быстро распространялся среди кочевников. Одним из признаков этой тенденции, приведшей к неудаче России, было желание кочевников отказаться от традиционного права и принять мусульманское право (шариат). В конце концов, признавал Гродеков, влияние традиционных старейшин едва ли пострадало от русских.
Если в первые годы присутствия в Средней Азии российские власти активно занимались решением проблем функционирования собственной администрации, то вскоре им стало ясно, что игнорирование проблем местного населения едва ли возможно. Местные жители, ожидая улучшения и изменения условий своей жизни, постепенно стали реагировать на колониальные методы правления, произошедшие социальные и экономические перемены. Так, около 1880 года азиатский регион стал осознавать свои национальные и даже социальные проблемы. С этого времени Россия не могла игнорировать ислам.
Предпосылки конфликта
В течение нескольких лет во всей Средней Азии сохранялось определенное спокойствие. Создавалось впечатление, что местные народы покорились своей судьбе или что Россия располагает достаточной мощью, чтобы усмирить их. В казахских степях старая знать истощила силы на серию кровавых выступлений против завоевателей в период между 1783 и 1870 годами, наиболее мощным из которых было повстанческое движение султана Кенесары Касымова. Местные старейшины больше не могли прилагать серьезные усилия для объединения племен и сопротивления русским.