Начиная с 1885 года, когда российские власти никак не могли прийти к единому мнению относительно управления в азиатском регионе, местное население периодически устраивало мятежи. Все восстания следовали одному образцу. Формально они были религиозными и превращались порой в настоящие священные войны, в ряде случаев их целью провозглашалось восстановление Кокандского ханства. Обычно их возглавляли религиозные лидеры, часто представители суфийских орденов, а войско формировалось из дехкан и городских ремесленников, чей жизненный уровень значительно ухудшился с развитием капитализма. Волнениям способствовали в значительной степени конкуренция русской промышленности, хаос в аграрных отношениях, обезземеливание дехкан и, наконец, вседозволенность администрации и русских в целом.
В конце XIX века российский этнограф Наливкин, отличавшийся знанием языков и обычаев Средней Азии и сыгравший позднее, в 1913 году, заметную роль в культурной и политической жизни региона, отмечал: «Скандалы с участием чиновников, разразившиеся в 1902 году, приоткрыли занавес, который скрывал обширное и грязное болото, и все же мне кажется, что эти административные эксцессы нигде не достигали столь гигантских размеров, как в Андижанском уезде к концу 90-х и около 1900 года».
Восстания конца XIX века, вызванные возмущением, ожесточением и крайней нищетой населения, были похожи друг на друга массовым, анархистским и спонтанным характером. Они не получали никакой внешней поддержки и с легкостью подавлялись, поскольку повстанцы пользовались лишь таким оружием, как палки и косы, и опирались лишь на свою веру.
Первое восстание, вспыхнувшее в 1885 году в Ферганской долине, возглавил Дервиш-хан-тюря – состоятельный земельный собственник, который служил свергнутому хану. Он поднял людей в районах Андижана, Оша и Маргилана. Видимо, его провозгласили ханом Коканда. Русские войска быстро подавили восстание и захватили в плен большое число мятежников, часть которых казнили. Однако предводителя восстания схватить так и не удалось.
В последующие годы дехкане периодически восставали против российских властей, выражая недовольство тем, что никакого решения не было предложено по земельной проблеме и особенно по вопросу заселения. Вначале подобные столкновения исчислялись десятками, затем сотнями. Порой они граничили по размаху с полномасштабными восстаниями, такими как Наманганское восстание 1891 года.
Однако наиболее значительное восстание в начале 1890-х годов произошло в городе. Начались холерные бунты, которые сотрясли Ташкент в 1892 году. Кризис породила эпидемия холеры, которая из-за ужасающей бедности мусульманского населения поразила старый город с гораздо большей свирепостью, чем европейские кварталы.
Чтобы выявить источник эпидемии, российские власти предприняли меры, которые глубоко уязвили чувства местных жителей. Ведь эти меры противоречили традиционным обычаям, связанным с исламом. Санитарные инспекции, которые проводили русские, спровоцировали острую реакцию, ибо местные мужчины не позволяли осматривать женщин. Но больше всего способствовали конфликту захоронения. В качестве мер предосторожности власти запретили хоронить умерших от холеры на старом кладбище, настаивая, чтобы захоронения производились на новом кладбище, вдали от города, без всяких траурных ритуалов, опасных во время эпидемии. Пострадавшие от эпидемии семьи продолжали тайком хоронить родственников на старом кладбище, а задержание тех, которые так поступали, вызвало взрыв общественного негодования. В этих причинах недовольства не было ничего, кроме глубокой ненависти к русским, ненависти, которая возрастала в ремесленных кварталах старого города. Бунтовщики допустили насильственные действия в отношении коменданта города полковника С. Р. Путинцева, разграбили служебные помещения и дом главы старого города Мухаммада Якуба Каримбердыева. После этого ремесленники, часть купцов и даже мулл, которые сыграли весьма активную роль в бунте, были арестованы.
Генерал Вревский, тогда губернатор Туркестанского края, сделал из этого вывод, что причина, по которой местное население утратило уважение к завоевателям, заключалась в ослаблении контроля со стороны властей. Однако проблема состояла не только в этом, она уходила корнями в российско-мусульманские отношения, в бесперспективность идей, которыми власти руководствовались в своих действиях. После нескольких лет общей апатии, последовавшей за завоеванием, русские столкнулись с вызовами по всей Средней Азии, поскольку российское присутствие противоречило самому фундаменту верований и обычаев, на котором произрастала местная жизнь и который российские власти, за исключением нескольких деятелей, таких как фон Кауфман или ученые Н. П. Остроумов и Наливкин, полностью игнорировали. В результате даже весьма полезные начинания казались местным жителям дьявольскими.