Именно «эшелонированное отступление» Вюртембергского, заставившее французов продвигаться черепашьими шагами, взбесило Наполеона и привело его в столь сильное нетерпение, что он взял командование авангардом на себя. В тот вечер русский арьергард занял очередную оборонительную позицию за деревней Маркерсдорф. Когда Наполеон с боем пробивался через деревню, первый же залп русской артиллерии смертельно ранил его гофмаршала и ближайшего друга — Жеро Дюрока. Спустя четыре дня при Хайнау прусская кавалерия устроила засаду на проявивший неосмотрительность французский авангард под командованием генерала Мэзона и наголову его разбила. Как это уже случалось, подвиги союзного арьергарда дали их товарищам время для организованного отступления, но в последние десять дней весенней кампании 1813 г. они фактически добились гораздо большего. Перед Наполеоном предстала кавалерия союзников, сильно превосходящая его собственную, и невозмутимые русские арьергарды, подобные тем, что он преследовал в предыдущем году до самой Москвы, но так и не смог добиться своего. Наполеон не был бы человеком, если бы не содрогнулся при мысли о том, что ему придется возобновить ту же игру в мае 1813 г., имея при этом гораздо более слабую кавалерию. Арьергарду же союзников удалось полностью скрыть от Наполеона глубокие разногласия и потенциальный беспорядок, имевшиеся тогда в главном штабе коалиционных сил.
Разногласия были вызваны прежде всего тем обстоятельством, что союзники оказались перед очень сложными стратегическими дилеммами. Если вмешательство Австрии было действительно неизбежно, тогда приоритетная задача, возможно, должна была состоять в том, чтобы держаться границы Силезии с Богемией и готовиться к соединению с наступавшими силами Габсбургов. Однако если австрийцы запаздывали с помощью или вовсе оказывались не в состоянии помочь, подобный шаг мог стать роковым. Прусско-русская армия легко могла оказаться в ситуации, когда Наполеон обходил бы ее с восточного фланга и прижимал к границе нейтрального государства. Попытки остаться возле границы между Силезией и Богемией были по меньшей мере чреваты трудностями по части нахождения провианта, а также ставили под угрозу коммуникации, соединявшие части русско-прусской армии с территорией Польши, откуда к ним поступало все необходимое и подходили подкрепления.
Это стало проклятием для Барклая де Толли, 29 мая сменившего Витгенштейна на посту главнокомандующего. Многомесячные бои в сочетании с неумелым управлением Витгенштейна довели русскую армию до состояния замешательства, при котором корпуса, дивизии и даже полки были расстроены и изуродованы в результате переформирований и исполнения специальных заданий. Витгенштейн не знал даже точного местоположения своих боевых подразделений, не говоря уже об их численности. К концу мая в люди начали голодать. Чтобы решить все эти проблемы, Барклай избрал отступление за Одер в Польшу с целью реорганизации армии. Он обещал завершить эту реорганизацию в течение шести недель. Отступив к собственным базам снабжения, русские могли быстро решить задачу обеспечения армии продовольствием и восстановления ее структуры. Кроме того, в тот период времени на театр военных действий прибывали многотысячные подкрепления. В их числе были грозные дивизии Ф.В. Остен-Сакена, укомплектованные большим числом ветеранов, чем любые другие армейские части за исключением лейб-гвардии; превосходная 27-я дивизия Д.П. Неверовского; кавалерия П.П. Палена; а также многочисленные резервы, сформированные в России зимой 1812–1813 гг., счет которым шел на десятки тысяч. Многие тысячи бойцов должны были вот-вот снова вернуться в строй из госпиталей, и им требовалась некоторая передышка, чтобы вновь втянуться в ритм полковой жизни.
Однако, если принятое Барклаем решение и имело смысл в плоскости узко военных интересов России, то с политической точки зрения оно таило в себе взрывной потенциал. Для Пруссии этот шаг означал оставить Силезию и предоставить Наполеону возможность направить часть войск для отвоевания Берлина и Бранденбурга. Это решение могло бы сорвать планы вступления в войну Австрии — со всей очевидностью на ближайшее будущее, а вероятно, и навсегда. 31 мая, после того как известия о Баутцене дошли до Вены, ганноверский посол писал:
«…опасения императора [т. е. Франца I] относительно вторжения французов растут день ото дня. Возможно, они усиливаются вследствие беспокойства о том, как бы российский император не вышел из игры. Люди столь сильно напуганы, что боятся того, что если союзники будут оттеснены к Висле, через несколько месяцев Бонапарт получит подкрепление в виде новобранцев 1814 г., оставит 100-тысячный наблюдательный корпус напротив коалиции и обрушится с остальными силами на Австрию. Поговаривают, что для того, чтобы избежать этой беды, Австрия должна предпринять скорейшие шаги к началу мирных переговоров».