Сергий остался один в лесу, пробыл там более года, подвергаясь чрезвычайным лишениям, опасностям быть растерзанным зверьми, страдая от видений, неразлучных с мукою подобного уединения. Между тем сделалось известным, что в таком-то месте в лесу спасается труженик, начали приходить к нему монахи один за другим, и строили около него кельи. Они служили в деревянной церкви заутреню, вечерню и часы, для литургии приглашали по временам соседнего священника, а через несколько времени убедили Сергия принять игуменство над ними, угрожая разойтись, если он не согласится. Сергий, после долгих отказов, был рукоположен в священники и назначен игуменом от Переяславского епископа Афанасия. Так положено было начало Троицко-Сергиевского монастыря.
Сначала ново-основанный монастырь был крайне беден; в нём было всего двенадцать братий и, по скудости средств к содержанию, более этого числа братии не допускалось…
… Игумен, однако, строго запретил ходить и просить милостыню и постановил правилом, чтобы все жили от своего труда или от добровольных, невыпрошенных даяний. Сам Сергий показывал собою пример трудолюбия: пёк хлебы, шил обувь, носил воду, рубил дрова, во всём служил братии, ни на минуту не предавался праздности, а питался хлебом и водою. Чрезвычайно крепкое и здоровое телосложение способствовало ему переносить такой образ жизни… Вместе с тем он был строг и к другим, требовал от братии такой же суровой жизни, какую вёл сам. Через несколько времени, однако, положение монастыря улучшилось. Молва о святой жизни Сергия и его братии расходилась всё более и более…
При княжении Донского о Сергии знали уже в Константинополе, и патриарх Филофей прислал ему крест, параменид, схиму и грамоту на введение общежития. С этих пор Троицкий монастырь сделался общежительным.