Омские политики и военные уговаривали Колчака остаться в Сибири, принять пост военного министра правительства Директории. И он после долгих раздумий согласился. Бывший председатель Совета министров омской Директории Серебренников так вспоминал о своей первой встрече с адмиралом:
Монархически настроенные офицеры и генералы с огромным трудом терпели сибирское правительство. Ничего удивительного в этом нет, если вспомнить, что эсеры, составлявшие основу омской Директории, до этого охотно убивали царских министров. Поэтому в головах бывших офицеров императорской армии все чаще и чаще стали появляться мысли о необходимости установления военной диктатуры. Но кого выдвинуть в диктаторы? Генерал Алексеев мертв, генерал Деникин популярен, но находится слишком далеко. В результате выбор заговорщиков пал на Александра Васильевича Колчака. 18 ноября 1918 года переворот состоялся, члены правительства были арестованы. Весьма символично, что 18 ноября 1799 года Наполеон сверг Совет пятисот, начав править Францией единолично. Впрочем, сам Колчак об этой исторической параллели даже не задумывался.
В Советском Союзе потом много писали о том, что заговорщиков поддерживали союзники, которые уже обо всем договорились с Колчаком. Однако документов, подтверждающих это, так до сих пор и не найдено. Как нет и свидетельств того, что адмирал принимал активное участие в заговоре. Сам он впоследствии на допросах отрицал свою причастность. Так или иначе, но власть вручили Колчаку, произвели его в полные адмиралы и провозгласили Верховным правителем России. В своем обращении к гражданам страны новоявленный диктатор писал:
Уже потом, в эмиграции, бытовало мнение, что выдвижение Александра Васильевича в верховные правители России было роковой ошибкой антибольшевистских сил: дескать, Колчак осенью 1918 года не обладал таким влиянием, требовавшимся для победы в Гражданской войне. Бывший военный министр Временного правительства Гучков, сделавший все возможное для полного развала фронта в 1917 году, писал:
Безусловно, это крайнее мнение. Но ведь и другие лидеры русской эмиграции считали, что Колчак как полководец и тем более политик мало соответствовал отведенной ему роли. Барон Будберг, близко знавший адмирала, к примеру, вспоминал:
Самой популярной в рядах борцов с большевизмом была мысль о нейтралитете армии. Народ сам должен был определить будущее устройство России. Для этого планировалось созвать Учредительное собрание. Но не то, которое, по выражению Александра Васильевича, запело «Интернационал» и было разогнано матросом.