Караван с оружием от Маллисона добрался до Бухары в марте, и весь следующий год Ташкент лихорадило от донесений о сотнях британских военных инструкторов в ханстве, хотя единственным основанием для этих донесений было присутствие двух индийских сержантов, отвечавших за доставку оружия и остававшихся в Бухаре до конца 1919 года. Прибытие этого оружия весной 1919 года тоже дало Ташкенту почву для нескончаемого потока слухов о дополнительных поставках оружия в Бухару от британцев, из Афганистана и из Ашхабада. На самом деле, хотя эмир увеличил свою армию до 30 000 человек, готовясь отразить возможное возобновление русской агрессии, современного вооружения и боеприпасов у него было так же мало, как в прошлом. Подарок Маллисона не повторился, и ни Афганистан, с марта по июль 1919 года занятый войной с Британией, ни Ашхабад, которому после ухода британцев в марте едва хватало сил, чтобы защищать себя, не желали или не могли помогать Бухаре.
В начале 1919 года дополнительной причиной для беспокойства в Ташкенте стала концентрация в Бухаре антикоммунистических беженцев, включая басмачей из Ферганы и Осипова, бывшего военного комиссара Туркестана и лидера неудавшегося январского восстания в Ташкенте. Бухара игнорировала требования Ташкента выдать всех беглецов, как предписывал договор в Кизыл-Тепе. Ташкент, в середине апреля снова оказавшийся отрезанным от Европейской России благодаря захвату Дутовым Актюбинска, расположенного на дороге Оренбург – Ташкент, и большому наступлению Колчака в направлении Волги, был не в силах заставить ее подчиниться.
Вывод британских войск по приказу, отданному в феврале, закончился 1 апреля и изменил баланс сил в Закаспийской области в пользу коммунистов. В мае они начали свое постепенное финальное наступление в сторону Каспийского моря и 23-го снова захватили Мерв. С 13 по 17 мая Ашхабад предпринимал отчаянные попытки остановить это наступление, отправив отряд в обход основных сил красных, чтобы осадить находившуюся у них в тылу крепость в Керки. Полагая, что бухарские власти будут сотрудничать с осажденными, советский гарнизон крепости занял город, а затем, пробивая осаду, обнаружил, что заблокирован войсками эмира. 10 июля совместная русско-бухарская комиссия договорилась о перемирии между гарнизоном и беком Керки, и 19-го последние остатки ашхабадских соединений были изгнаны из сельских районов бекства Керки, хотя осада продолжалась еще как минимум месяц.
Пока длился кризис в Керки, русско-бухарские отношения достигли низшей точки со времени кампании Колесова. В июне эмир Алим снова потребовал вывода советских войск из ханства и передачи железнодорожной зоны под бухарский контроль. 20 июня первое советское посольство, отправленное в Афганистан, по дороге из Ташкента через Амударью в Кабул было дважды обстреляно, едва миновав Керки, и потеряло двух человек убитыми и по меньшей мере 18 человек ранеными. Российский представитель в ханстве выразил гневный протест, не возымевший никакого заметного эффекта, в то время как посольство вернулось в Чарджоу и затем отправилось через Мерв в Герат. Урегулирование кризиса в Керки не существенно снизило напряжение. Уже 2 сентября русские почувствовали, что нужно принимать более серьезные предосторожности при транспортировке войск по Центральноазиатской железной дороге от Закаспийской области до Актюбинского фронта, чтобы какой-нибудь неприятный инцидент между этими войсками и местным населением не послужил для эмира поводом начать ожидаемую атаку на Ташкент. Военные поезда были опечатаны, чтобы никаких солдат не было видно, и расстояние от Чарджоу до Каттакургана приходилось проходить без остановок и по возможности ночью.