Во время этой войны проблема Центральной Азии приобрела новое измерение в дополнение к защите границы. Новой опасностью представлялось конкурирующее английское влияние в этом регионе. Обеспокоенность тем, что Англия вытеснит Россию из Центральной Азии, возникла в 1830-х годах, когда в Бухаре и Хиве впервые появились английские представители. Однако в 1842 году Англия отозвала их после поражения в первой англо-афганской войне, а также после того, как двое английских агентов были подвергнуты пыткам и казнены эмиром Бухары. В 1854 году страхи Петербурга снова воскресли из-за действий турецких посланцев, которые пытались склонить центральноазиатские ханства к союзу с Портой (и косвенно Великобританией, покровительствовавшей султану) против России. Турецким планам помешала древняя вражда между местными державами. Но два года спустя Россию снова взбудоражили сообщения об английских агентах в Коканде, Хиве и среди туркмен. В 1850-х годах не менее тревожным фактом стало завоевание эмиром Кабула Дост Мухамадом, который с 1855 года был британским союзником, областей в Северном Афганистане, ранее подконтрольных Бухаре. В год, последовавший за окончанием Крымской войны, русские позиции еще больше ослабели из-за давления Британии на русского протеже Персию, которая была вынуждена оставить независимое государство Герат и предоставить коммерческие привилегии британским торговцам.
Храбрый молодой офицер полковник Н.П. Игнатьев, служивший русским военным атташе в Лондоне, в ответ на эти события предложил усилить русский политический контроль на Амударье. Он подчеркивал дипломатические и экономические преимущества таких действий: только в Азии у России была надежда успешно бороться с Англией, и только в Азии русская промышленность и торговля успешно конкурировали с промышленностью и торговлей других европейских государств. В 1858 году Игнатьева отправили в Хиву и Бухару, чтобы попытаться урегулировать разногласия с этими странами и усилить русское влияние в ущерб британскому. Одновременно с этим знаменитый ориенталист Н.В. Ханыков был послан в Афганистан, чтобы убедить афганских князей, что Россия «желает не ослаблять ханства, а по возможности усилить их. Мы хотим доказать им, что наши собственные интересы требуют создания бастиона, противостоящего британскому стремлению к завоеваниям». Но ни одна из этих дипломатических миссий не смогла решить проблему соперничества России и Британии в Центральной Азии. В январе 1860 года Петербург снова получил донесения об усилении британского влияния и англо-афганского давления на Бухару.
Два сделанных в 1861 году персональных назначения подготовили почву для возобновления российского продвижения в сторону оазисов Центральной Азии. Д.А. Милютин был назначен военным министром, а Игнатьев, который к тому времени стал генералом, получил должность директора Азиатского департамента Министерства иностранных дел. Оба были ярыми сторонниками военных завоеваний в Центральной Азии. Решение возобновить наступление было принято неожиданным образом. В конце 1861 года новый генерал-губернатор Оренбурга А.П. Безак предложил незамедлительно объединить Сырдарьинскую и Новосибирскую пограничные линии и оккупировать Туркестан и Ташкент. План Безака обсуждался в марте 1862 года и еще раз в феврале 1863-го специальным комитетом, куда входили министр финансов М.Х. Рейтерн, Горчаков, Милютин, Безак, Игнатьев и бывший директор Азиатского департамента Ковалевский. В результате возражений Рейтерна, с которыми был согласен Горчаков, предложение Безака положили под сукно, несмотря на мягкую защиту Милютина. Чтобы убедить консервативного императора и правительство, требовалось нечто более сильное, чем слова. Комитет смог санкционировать только разведывательные экспедиции для изучения региона между конечными точками двух пограничных линий.