Первые мероприятия по реорганизации аппарата управления были предприняты Петром уже по возвращении из Великого посольства и касались местного управления. В январе 1699 г. в городах был введен принципиально новый орган управления — выборная земская изба, которая должна была ведать сбором налогов и исполнять судебные функции. Городское население, таким образом, выводилось из-под власти назначаемых из центра и управлявших уездами и уездными городами воевод, сама должность которых упразднялась, и получало органы самоуправления. Земские избы всех городов были подчинены находившейся в Москве Бурмистерской палате (позднее — Московская ратуша). Значение этой первой реформы заключается, прежде всего, в том, что с этого времени город рассматривался властью как самостоятельная административная единица, отделенная от сельской местности, а вся система управления приобрела четырехступенчатый характер: органы высшего управления — органы центрального управления — органы городского управления и органы территориального (местного) управления.
Дальнейшая реорганизация системы управления была напрямую связана с военными потребностями государства в условиях Северной войны. В связи с этим особое значение приобретала эффективность управления на всех уровнях властной вертикали. Однако в первые годы XVIII в. Петр явно не стремился осознанно к созданию новой системы управления, основанной на иных принципах. Находясь по большей части вне Москвы, он нуждался, прежде всего, в том, чтобы аппарат исполнительной власти был у него под рукой, и создавал новые учреждения там, где находился сам, не ликвидируя при этом старые. Новые учреждения получали преимущественно названия канцелярий, важнейшей из которых стала
В эти же годы царь перестает жаловать боярские чины и практически прекращается деятельность Боярской думы, на смену которой приходит
Постепенно, однако, компетенция Консилии министров расширялась, распространяясь на всю территорию страны, а в ее состав стали входить, прежде всего, руководители важнейших приказов. Петр со своей стороны, не превращая Консилию министров в формальное учреждение, а значит, не придавая ей определенный статус в системе политической власти, стремился упорядочить и бюрократизировать ее деятельность, в частности, повышая персональную и коллективную ответственность ее членов, заставляя их лично подписывать протоколы заседаний, «ибо сим всякого дурость явлена будет».
В первые же годы Северной войны достаточно быстро обнаружилась и неэффективность системы управления территориями по долгое время существовавшей схеме приказ — уезд. Уже в 1701 г. был создан особый административный округ вокруг имевших стратегическое значение Азова и Воронежа. В 1702–1703 гг. по мере завоевания Прибалтики в качестве самостоятельной административной единицы выделилась Ингерманландия, образованная на территории отвоеванной шведской Ингрии и части земель, ранее находившихся в ведении Новгородского приказа. Возглавивший управление Ингерманландией любимец и ближайший сподвижник царя
Реформа началась с декабрьского 1707 г. указа царя Ближней канцелярии расписать города страны по пяти центрам — Киеву, Смоленску, Казани, Азову и Архангельску. Города, находившиеся в 100 верстах от Москвы, соответственно приписывались к ней. Работа над уточнением росписи с участием самого Петра I и назначенных им губернаторов, объезжавших вверенные им территории, продолжалась на протяжении всего 1708 г. В ходе этой работы появилась и еще одна губерния — Сибирская. Наконец, в феврале 1709 г. был издан именной указ об образовании 8 губерний; немного позднее их число возросло до 10: из Казанской губернии выделились Нижегородская и Астраханская.