Не меньшую опасность, по мнению царя, представляла и новгородская церковь. Великий Новгород, сохранивший пережитки удельных вольностей, казался все еще непокорным соперником Москвы. Фактическим главой Новгородской республики в свое время наряду с боярским советом был архиепископ. Несмотря на секуляризацию земель, политические позиции и идеологический престиж новгородского владыки, второго по значению церковного иерарха на Руси, оставались очень прочными. Свидетельством недоверия, которое испытывала центральная власть к новгородским архиепископам, является тот факт, что редко кому из них удавалось спокойно кончить жизнь на новгородской кафедре.
В конце XV в. в Новгороде в кругу архиепископа Геннадия была создана «Повесть о белом клобуке», согласно которой новгородский архиепископ рассматривался главой русской церкви. В феврале 1564 г. совместное заседание Освященного собора и Боярской думы рассматривает вопрос о «белом клобуке». Новгородская легенда получила московскую санкцию, но с существенными коррективами. Отныне белый клобук (митру) как знак высшей церковной власти должен был носить не только новгородский архиепископ, но и московский митрополит. Одновременно ликвидировалась и привилегия новгородского архиепископа пользоваться красным воском для утверждения своих грамот. Это право получили московский митрополит и казанский архиепископ. Митрополит, как глава русской церкви, упрочил свою власть над новгородским архиепископом. Это соборное решение подчеркивало незыблемость светской власти царя.
Соборное решение было утверждено только царем и царевичем Иваном. Владимир Андреевич при обсуждении вопроса о новгородской церкви не присутствовал — старицкие князья издавна слыли покровителями новгородцев. По-видимому, победа митрополита над новгородским епископом сопровождалась ухудшением отношений Грозного с удельным старицким князем.
Опасаясь готовящейся над ним расправы, за границу бежал князь А. М. Курбский, не расставшийся с традиционными представлениями знати о свободе отъезда от государя. Для Курбского, навлекшего немилость царя, отъезд был единственным шансом на спасение, трактуемым им как осуществление законного права выбирать любого государя и служить ему, единственной возможностью довести до сведения всех подданных критику в адрес монарха, что и было целью первого послания Курбского Грозному.
Со своих позиций защитника прав феодальной верхушки в централизующемся государстве князь Курбский выступил с резкой и разносторонней критикой царя. В послании старцу Вассиану Муромцеву он бичевал весь строй современной ему России, сокрушаясь «о нерадении же державы, и кривине суда и о несытьстве грабления чужих имений», о поддержке церковью любых начинаний царя. «Где тот святитель, — горестно восклицал Курбский, — возпрети царю или властелем о законопреступных… где лики пророк, обличающих неправедных царей?» Церковники собирают себе «великие богатства» и мучат «убогих братей» голодом и холодом. «Воинский чин» не имеет ни коней, ни оружия, ни даже пропитания. Наконец, «торговые люди» и земледельцы «безмерными данми продаваеми и от немилостивых приставов влачими и без милосердия мучими».5
Поэтому некоторые из них бегут из своего отечества, а другие продают детей в вечное рабство.Курбский, хотя и покинувший своего государя, все надежды на будущее России связывал лишь с ним, но державного властителя он призывал к смирению, правому суду и милосердию. В послании Вассиану Муромцеву слышатся отзвуки недавних публицистических споров: скорбные нотки Ермолая Еразма по поводу тяжелого положения «ратаев», нестяжательские сентенции Максима Грека (учителя Курбского), негодование Пересветова приниженностью положения воинников — напряженное раздумье мыслителей тех времен, когда Адашев и его сподвижники только приступали к преобразованиям. Однако времена Избранной рады ушли в прошлое. А защитник «великородных» «вельмож» аристократ Курбский, апеллируя к ее опыту, лишь противопоставлял «пресветлое православие» Стоглава деспотизму начала опричнины.