Перемирие 1559 г. пагубно сказалось на ходе Ливонской войны. Во время неожиданной передышки ливонские власти предприняли ряд дипломатических акций для укрепления своего международного положения. Глава ливонской пропольской партии Г. Кетлер 31 августа 1559 г. заключил соглашение в Вильне с Сигизмундом II Августом, согласно которому тот принимал Ливонский орден в свою «клиентелу и протекцию». В качестве залога Кетлеру пришлось уступить юго-восточную часть Ливонии. 15 сентября под королевский протекторат вступил и рижский архиепископ, потерявший надежду на поддержку Дании. 17 сентября под давлением Кетлера престарелый магистр ордена Фюрстенберг отказался от должности в пользу этого энергичного сторонника ливонско-польского сближения. Конфликт в Ливонии разрастался. Под протекторат датского короля Фридриха II 26 сентября того же года перешел эзельский епископ, который передал остров Эзель (Сааремаа) брату короля герцогу Магнусу.
Передышка, которую неосмотрительно дали Ливонии деятели Избранной рады, содействовала тому, что в войну оказались втянуты несколько европейских держав. Это непомерно осложнило позиции России и возбудило недовольство Ивана IV Адашевым и его друзьями. Избранная рада с ее программой движения на юг и восток должна была уйти с арены. К этому времени исчерпала себя не только ее внешне-, но и внутриполитическая программа. К 1559 г. прекращаются все сколько-нибудь заметные реформы во внутренней жизни России. Поводом для опалы А. Адашева послужила болезнь царицы Анастасии. Во время пребывания царской семьи на богомолье в Можайске (летом 1560 г.) пришла весть о поражении под Юрьевом. Тем временем крымцы напали и разорили Каширский уезд. Военные неудачи вызвали панику, Адашев настаивал на срочном возвращении царя в Москву. Во время этой поездки тяжело занемогшая царица почувствовала себя еще хуже. В начале августа 1560 г. она скончалась. В смерти царицы Грозный обвинил Адашева. По существу же дело было не только в этом. Адашев проявил излишнюю самостоятельность во внешнеполитических сношениях с литовскими представителями в конце 1559 г., о чем Ивану Грозному донес казначей окольничий Ф. И. Сукин. В начале 1560 г. Адашев был отослан в Ливонию, где вместе с И. Ф. Мстиславским возглавил летний поход, в результате которого был захвачен Феллин, резиденция бывшего магистра Фюрстенберга. Ливонская артиллерия досталась русским, а сам магистр был отправлен в Россию. Несмотря на этот успех, Адашев получил почетную отставку. Он был назначен воеводой в Феллин. Его ближайшего сподвижника Сильвестра тогда же отправили в Кирилло-Белозерский монастырь. Деятелей Избранной рады при дворе Ивана IV, сменили родственники умершей царицы Захарьины-Юрьевы.
Имя русского царя прославилось далеко за пределами России. Патриарх признал право Ивана Грозного на царский титул. Пышные богослужения по этому поводу предшествовали второй свадьбе царя 21 августа 1561 г., подобно тому, как венчание на царство предшествовало первой. Второй женой Грозного под именем Марии Темрюковны стала дочь кабардинского князя.
1561 год был годом внешнеполитических успехов России, Летом 1561 г. новый шведский король Эрик IV, которому только что присягнуло на верность дворянство Северной Эстонии, заключил перемирие с Иваном IV на 20 лет. Успешно продолжались действия на юге страны. В 1560–1561 гг. русские войска совершают набеги на Крым, которые вызывают опасения не только в Бахчисарае и Стамбуле, но и в Кракове. С Польским королевством и Великим княжеством Литовским отношения после безрезультатных переговоров в Москве с послами Сигизмунда II Августа в феврале 1561 г. остались враждебными.
Успешно развивались торговые контакты не только со странами Северной Европы, традиционными партнерами русских купцов (немцами, голландцами, датчанами), но и с новым контрагентом — Англией. С середины 1554 г. в Архангельск приходило ежегодно по 3–4 английских корабля, а в 1563–1567 гг. по 10–14 кораблей, В начале 60-х годов XVI в. Россия как бы обратилась лицом на север. Развитие торговых связей по Северной Двине вызвало прилив населения в северные города, которые именно тогда пережили период бурного и яркого расцвета.
Ливонская война, как и оборона южных границ России, требовала все большего количества артиллерии, войска нуждались в одежде и соли. Все это прибывало либо северным, либо северо-западным путем. Расположенный между этими двумя путями Великий Новгород использовал возможности для обогащения купеческой верхушки. А вместе с богатством крепли и свободолюбивые настроения «господина Великого Новгорода». Их питало и право полусамостоятельных отношений Новгорода с Ливонией и Швецией. Большую роль в управлении городом наряду с наместником играл и владыка. Сохранились пятикончанские старосты и другие органы старой администрации. Парадокс заключался в том, что идеи независимости Новгорода разделяли те из его жителей, которые сравнительно недавно стали «новгородцами».