Упорное и продолжительное военное сопротивление населения Казанского ханства, особенно татар и черемисов (мари и удмуртов), против господства России было жестоко подавлено. Жители Казани были убиты или выгнаны в деревни, а мечети города были разрушены; только маленькой группе татар дозволили жить в особой Татарской слободе. При этом татары потеряли свои города как экономические и культурные центры. Ханство было упразднено и включено в русскую уездную администрацию. В первые годы православная церковь, провозгласившая «священную войну» против мусульман, начала силой крестить татар. Это было основной причиной больших антимосковских восстаний в 1553–1557 годах, подавленных русскими войсками. Безопасность региона была обеспечена гарнизонами и засечной чертой против степных кочевников.
Однако, сопротивление татар и черемисов убедило правительство Ивана IV, что более умеренная и гибкая политика лучше служит достижению основных целей России – обеспечению порядка и экономической «прибыли» в регионе. В локальной администрации старые порядки сохранились, и в Москве был создан приказ Казанского дворца для управления всеми новыми территориями на Востоке. Привилегии и земли лояльной татарской аристократии, не убежавшей на восток, были им сохранены, и мусульманские мурзы были включены в ряды дворянства России. Правительство даже согласилось на то, чтобы татары могли владеть русскими христианскими крепостными. При этом русским дворянам, наоборот, было запрещено владеть нехристианскими крестьянами. Эти крестьяне также сохранили свои земли и платили ясак, татарский налог, уже не хану, а Московскому царю. Земли хана и убитых или убежавших аристократов перешли во владение русских помещиков, крестьян и монастырей или были розданы русским черным крестьянам, которые потом должны были платить за эти земли ясак. Доля русских в Среднем Поволжье постоянно росла и в южных, вновь осваиваемых частях, в начале XVIII века уже составила более половины населения13
.Уже через три года после завоевания Казани миссионерская политика была более чем на одно столетие приостановлена. Жители бывшего ханства оставались мусульманами или анимистами-язычниками. Только в XVIII веке «европеизированная»
Российская империя попыталась путем применения силы и материальных стимулов обратить восточных подданных в православие. Это удалось только в отношении большинства анимистов, да и то только формально, а большинство мусульман успешно сопротивлялось.
В отношении нерусского населения Казанского ханства применялась гибкая прагматическая политика с использованием трех элементов: сохранением статус-кво, кооперацией с нерусскими элитами и относительной веротерпимостью. Это служило примером и для других регионов Востока, которые стали частью России, – Астраханского ханства, Башкирии и Сибири. Так как в Сибири, за исключением узкой группы татар, не было землевладельческой элиты по русскому образцу, высшие слои сибирских этнических групп – начальники локальной администрации и ответственные за сдачу пушного ясака – не принадлежали дворянству. Управление Сибири лежало в руках Приказа Казанского дворца, а в 1637 году был учрежден особый Сибирский приказ. И в Сибири до времен Петра I шаманисты, мусульманские сибирские татары и бурятские ламаисты не подвергались христианизации14
.Аристократия кочевых или полукочевых башкир не была кооптирована в дворянство и сохранила широкую автономию, мусульманскую веру, а на юге до 30-х годов XVIII века даже некоторую независимость. Во времена XVII – начала XVIII века русские крестьяне поселились в юго-восточной Сибири (вместе с татарами и представителями других поволжских народов) и на южном Урале до границ степи. Так, в начале XVIII века русских и других некоренных крестьян в этих регионах было уже больше, чем представителей сибирских племен и башкир15
. Европейские (русские, татарские, чувашские и марийские) земледельцы начали вытеснять охотников и кочевников с их угодий и пастбищ. С этих пор борьба за землю между народами разного образа жизни стала постоянной темой истории Российской империи вплоть до кровавых столкновений в Казахстане в начале XX века.Чтобы обеспечить непрерывное поступление ясака, особенно пушнины, в казну, Московское правительство в своих наказах региональным воеводам указывало на то, что они должны относиться к нерусским Поволжья, Приуралья и Сибири доброжелательно и не применять силу. Однако, постоянное повторение таких указов говорит о том, что на практике местные власти и русские промышленники не придерживались этих указаний: Москва далеко, произвол и сила были в порядке вещей.
Прагматическая политика Российского центра на Востоке была под влиянием вестернизации на время приостановлена. Петр I и его наследницы видели задачу России на Востоке в цивилизационной миссии по примеру других европейских держав. «Дикие неверные» должны были быть приобщены к благам европейской культуры путем крещения. Одновременно Петр I продолжал прагматическую гибкую политику, но не на востоке, а на северо-западе империи.