Лишились голов князь А. Б. Горбатый, герой казанского взятия, его 15-летний сын и тесть – окольничий П. П. Головин. Обезглавлен ранее разжалованный боярин князь С. В. Ростовский. Князь Дмитрий Шевырев посажен на кол, а князь Иван Кашин обезглавлен.
Опричнина началась на рубеже 1564 и 1565 гг., а уже весной 1566 г. царь объявил о прощении «опальных». Как будто головы можно было приставить обратно!Царь поставил митрополитом игумена Соловецкого монастыря Филиппа (в миру Федора Степановича Колычева).
В 1566 г. работал Земский собор. В то же время 300 челобитчиков, обратившихся к царю с жалобой на опричников, наказали, а троих – князя В. Пронского, И. Карамышева, К. Бундова
(участники Собора) казнили.Царь продолжал укреплять опричный корпус и следить за врагами. Один из родственников княгини Ефросиньи боярин П. М. Щенятев ушел в монастырь, но его оттуда забрали и заживо поджарили на большой железной сковороде.
В ходе расследования дела о заговоре Владимира Старицкого (1567—1570) опричники казнили 3200 человек. В 1569 г. Владимир Андреевич Старицкий был казнен вместе с женой и младшими детьми (два сына и две дочери); одновременно умертвили и его мать. Митрополит Филипп пытался увещевать царя. Бояр, входивших в свиту митрополита, забили насмерть железными палицами, водя их по улицам Москвы. Ближних людей конюшего Челяднина под личным руководством И. Грозного посекли саблями, а слуг и домочадцев согнали в сарай и взорвали с помощью пороха: погибло около 80 человек. 11 сентября 1568 г. были казнены старший боярин думы И. П. Челяднин-Федоров, окольничие М. И. Колычев и M. M. Лыков, боярин князь А. И. Катырев-Ростовский. С Челядниным погибло до 150 дворян и приказных людей и вдвое большее число слуг и холопов. Как бы мимоходом убили троих Хохолковых, Ф. И. Троекурова, Д. В. Ушатова и Д. Ю. Сицкого.
Царь не просто убивал. Он наслаждался и актерствовал. Конюшего И. П. Челяднина (высший чин в государстве того времени) одели в царские одежды и заставили сесть на трон. После язвительной речи царя опричники убили конюшего, выволокли труп из дворца и бросили в навозную кучу.В большинстве случаев никакого суда не было, смертные приговоры царь выносил заочно после тайного следствия. Людей убивали дома или на улице, оставляя краткую записку на трупе. Митрополиту Филиппу сначала прислали в кожаном мешке голову окольничего М. И. Колычева, его троюродного брата.
Ливонская война разоряла дворян и их крестьян. В 1568 и 1569 гг. были неурожаи, и к 1570 г. цены на хлеб поднялись в 5-10 раз. Началась чума, к осени 1570 г. охватившая 28 городов. От голода и эпидемии гибли сотни тысяч. Тысячи русских людей уводили в полон крымские татары.
Царь со своей бандой укрылся в Александровой слободе, превращенной в крепость. В начале 1569 г. крепость Изборск была сдана литовцам предателем, за что казнили непричастных к этому приказных людей, дьяков ряда приграничных городов.
Из Пскова выселили 500 семей и 150 семей из Новгорода. Вскоре царь закончил «дело» своего двоюродного брата Владимира Андреевича Старицкого: заставил выпить кубок с отравленным вином. Царь велел также отравить жену Владимира (двоюродную сестру А. Курбского) вместе с девятилетней дочерью. Погибли и слуги В. Старицкого.