В деловых бумагах нередко употреблялось слово «перевод», когда речь шла о расшифрованных письмах, и вспоминались «переводчики» – лица, которые занимались не только собственно переводом корреспонденции, но и ее расшифровыванием. В Посольском приказе, например, переводчиком польских писем был Голембовский. Он «переводил», т.е. дешифровывал письма, написанные тайнописью, которые приходили из Польши. П.П.Шафиров, посылая Головкину письма польских министров, писал: «А цифирь такая, чаю, есть у Голембовского».
Ключ к шифру вручали непосредственно тому лицу, с кем надлежало переписываться. Иногда части ключа могли пересылаться нарочными. Для этого их упаковывали в конверт, который опечатывался несколькими сургучными печатями. На конверте иногда писалось имя нарочного. Так, в 1709 году Я.В.Полонскому было поручено следить за движением войска бобруйского старосты и не допустить его соединения с корпусом шведского генерала Крассау. Я.В.Полонский был обязан применять шифр. «При этом посылаем к Вам ключ, – писал Пётр, – и ежели сей посланный здорово с им поедет, и о том к нам отпиши, дабы мы впредь нужные письма могли тем ключем писать и посылать».
Сообщения корреспондентов, полученные КИД, читались секретарями экспедиции при получении их с почты, написанные шифром разбирались ими или подчинёнными им нотариусом-регистратором, канцеляристом и копиистами. После этого секретари были обязаны, если президента и вице-президента в КИД не было, посылать эти реляции к ним домой, а во время заседаний КИД о них докладывать, записывать налагалемые на них резолюции и составлять в ответ рескрипты.
Эти рескрипты прочитывались на следующем заседании, причём согласно приказу от 5 апреля 1716 года и черновые их списки, и переписанные начисто подписывались всеми членами КИД и скреплялись секретарем. Потом текст рескрипта зашифровывался и направлялся в соответствующий адрес с курьером. Вся работа КИД была строго регламентирована. Вход в апартаменты КИД позволялся только лицам, которые там служили. Инструкция от 11 апреля 1720 года, в которой было установлено устройство КИД, заканчивалась предписанием, как хранить государственные печати и «цифирные азбуки».
Для сохранения письма в тайне применялись соответствующие охранные мероприятия. Так, письмо Петра I барону Георгу Бенедикту Огильви от 17 февраля 1706 года сопровождалось такой записью: «Февраля в 17 день цыфирью Реновою. А посланы в 22 день; замешкались за тем, что азбуку переписывали и в пуговицу вделывали. Посланы с маером Вейром».
Присылались в КИД такие азбуки в конвертах, которые опечатывались красными сургучными печатями, однако не государственными, а личными отправителей. Пересылали шифры довольно часто, ведь срок их действия был ограничен и документы, у которых закончился срок действия, направлялись в КИД.
Постоянно шифрованная переписка осуществлялась с дипломатическими представителями России за рубежом, в частности: при венском дворе – П.А. Голицыным, И.Х. Урбихом, П.И. Беклемишевым, А.П. Веселовским; при прусском дворе – с Альбрехтом Литом, а затем с А.Г. Головкиным. Специальные шифры для переписки с российским двором имели: А.А. Матвеев – посол в Англии, Голландии, Австрии; Б.И. Куракин – посол в Риме, Лондоне, Нидерландах, Ганновере, Париже, и много других дипломатов, чьи шифры сохранились.
Часто зашифровывались письма и коронованных корреспондентов – польского короля Августа II, прусского короля Фридриха, хотя чаще эту переписку вели министры и вельможи союзных государств: И.Ф. Арнштедт, Я.Г. Флеминг, польскую – Ян Шембек, А.Н. Синявский, К.Ф. Шанявский, С. Денгоф, датскую – Юст Юль. Переписка эта касалась вопросов международной политики, заключения союзных договоров и военных вопросов. Шифрованная переписка прусского короля находилась в руках его министра И.Г. Кайзерлинга. Существовала секретная переписка России и Молдавии. Известны шифрованные письма Михаила Раковицы, молдавского посланника Георгия Кастриота. Кратковременные дипломатические миссии также сопровождались вручением секретной «азбуки» лицу, которое следовало из России за границу.
Высший командный состав армии и флота также имел шифры для переписки с царём. Известны шифрованные письма Петра I к адмиралу Ф.М. Апраксину, фельдмаршалу Г.Б. Огильви, фельдмаршалу Б.П. Шереметьеву, фельдмаршалу-лейтенанту Гольцу и их шифрованные ответы. При этом Пётр І уделял большое значение качеству тайнописи. Так, царь с недовольством сообщал фельдмаршалу Г.Б. Огильви: «Цыфирь вашу я принял, но оная зело к разобранию легка».
В своей переписке корреспонденты использовали шифры, предназначенные для шифрования переписки на разных языках. В основном, в этот период применялись так называемые русские, немецкие и французские шифры, в которых как шифровеличины использовались буквы, слоги, слова, словосочетания соответственно русские, немецкие, французские. Пётр I особенно часто использовал французские шифры.