Я опять начал голодовку протеста и голодал много дней. Несмотря на это, меня заставляли стоять в углу, но я скоро падал на пол от истощения. У меня начались ярко выраженные зрительные и тактильные галлюцинации, сменявшие одна другую. То мне казалось, что по комнате бегают желтые цыплята и я ловил их. То я видел себя стоящим на краю огромной впадины, в которой расположен целый город, ярко освященный электрическими фонарями. Я ясно чувствовал, что под рубахой на моей спине извиваются змеи.
От меня неуклонно требовали признания в шпионаже, но в ответ я только просил указать, в пользу какого государства я шпионил. На это ответить, конечно, не могли. Допрос конвейером продолжался тринадцать суток, и не раз меня водили под водопроводный кран, из которого обливали мою голову холодной водой».
В. Ф. Войно-Ясенецкий попытался перерезать себе височную артерию, но это не удалось, стал пилить себе горло ножом – чекист вырвал нож… Потом пребывание 8 месяцев в областной тюрьме… Били сапогами, чтобы признался в каком-то шпионаже.
В место ссылки – село Большая Мурта, расположенное в 110 км от Красноярска, владыка Лука попал в марте 1940 года и был назначен хирургом в районную больницу. Жил в небольшой каморке, питался впроголодь. Особенно его угнетало отсутствие церкви в этом селе. По словам врача Б. И. Ханенко, «все его звали «отец Лука». Внешне суровый, строгий, он был справедливым и человечным. Вставал в 5 утра, молился перед иконой. Перед операцией крестился, крестил больного и приговаривал: «Все, что от меня зависит, обещаю сделать, остальное – от Бога».
С первых дней Великой Отечественной войны В. Ф. Войно-Ясенецкий буквально «бомбардирует» начальство всех рангов с требованием предоставить ему возможность лечить раненых. По воспоминаниям И. М. Назарова, бывшего начальника Енисейского пароходства, он отправил Калинину телеграмму следующего содержания: «Я – епископ Лука, профессор Войно-Ясенецкий, отбываю ссылку в поселке Большая Мурта Красноярского края. Являюсь специалистом по гнойной хирургии, могу оказать помощь воинам в условиях фронта и тыла, где мне будет доверено. Прошу ссылку мою прервать и направить в госпиталь. По окончании войны готов вернуться в ссылку. Епископ Лука».
30 сентября 1941 г. ссыльного профессора перевели в г. Красноярск для работы консультантом в многочисленных госпиталях, имевших более 10 ООО коек. Начальство отнеслось к Валентину Феликсовичу настороженно – все-таки ссыльный поп. С первых же дней работы в красноярских госпиталях он трудился самозабвенно. Много оперировал, все свои силы и знания отдавал обучению молодых хирургов и, как всегда, тяжело переживал каждую смерть. Питался плохо, часто не успевал даже получать продовольствие по своим карточкам.
Бескомпромиссное и ревностное служение Богу и людям, его смиренное перенесние всех тягот и мук возвело владыку Луку на высоту святости. Будучи в ссылках, он не оставлял своего врачебного долга, совмещая пастырскую и медицинскую деятельность, спасая души и тела людей. В середине 1942 года срок 3-й ссылки закончился. Он был возведен в сан архиепископа и назначен на Красноярскую кафедру; в 1946 году за его труд «Очерки гнойной хирургии» ему была присуждена Сталинская премия, большую часть которой он перечислил детям, пострадавшим во время войны. С 1946 года – он глава Крымской епархии, продолжает также свою врачебную и педагогическую деятельность.
После смерти И. В. Сталина в 1954 г. в печати появились постановления ЦК КПСС по идеологии, имеющие антирелигиозную направленность, началось новое гонение на Церковь. Его возглавил Н. С. Хрущев, который обещал народу показать по телевизору последнего попа. И в это время владыка Лука произносит проповедь в церкви о Торжестве православия, рассказывает прихожанам об основах православной веры.
В 1956 г. архиепископ Лука полностью ослеп. Он продолжал принимать больных, молясь об их выздоровлении, и его молитвы творили чудеса.
Антирелигиозная пропаганда усиливалась, повсюду стали закрываться действующие храмы. Исповедник слова Божия святитель Лука всячески этому противился, шла постоянная «война» с уполномоченным по делам Русской Православной Церкви по Крымской области, где он состоял архиепископом.
«Не бойся, малое стадо! ибо Отец ваш благоволил дать вам Царство» (Лк. 12, 32)… Вы, вы, все вы, слушающие меня, – это малое стадо. И знайте, и верьте, что малое стадо Христово непобедимо, с ним ничего нельзя поделать, оно ничего не боится, потому что знает и всегда хранит великие слова Христовы: «Созижду Церковь Мою, и врата адовы не одолеют ея» (Мф. 16, 18). Так отвечал на враждебную позицию властей верный своей вере профессор. Так он проповедовал слово Божие и ободрял своих прихожан.
Немощный слепой старик, вынужденный прибегать к помощи посторонних, дух которого был не сломлен, оставался всегда опасен для властей.