В отличие от современной гомеопатии, он рекомендовал пользоваться только неядовитыми растениями. Предпочтение отдавал деревьям исходя из их полезности в быту человека, поскольку полезными сделал их Творец. В фармакологию Л. М. Чичагова входят лекарства «…из сосны, ладана, березы, бука, орешника, граната, дуба, клена, лавровишни, мирра, рододендрона, тополя, рябины, туи, финиковой пальмы, эвкалипта, ясеня, японской камфоры, лавра, кальмии, чилибухи, других деревьев». Из кустарников он использовал «…бруснику, бузину, гамамелис, гелониас, гидрастис канадензис, жасмин, индийский плющ (фитоллака), кондуранго, лаванду, ломонос, паслен сладкогорький, перец стручковый, пижму, руту душистую, хвойник (эфедра), хлопчатник и хмель». Применял он и травы: «…арнику, васильки, ветреницу луговую, грудышник горький (игнация), зверобой, ирис, кактус, коготки, очанку (теукриум), подлесник (азарум), ромашку, тысячелистник, щавель, алое (сабур).
По его мнению, «люди должны были бы пользоваться теми средствами, которые произрастают в той же местности, где они живут». Главным лекарством своей фармакологии он сделал препарат из сосны, который назвал БАЗИС. Из минеральных источников он использовал только серу, известь и минеральные воды.
Если лекарство подобрано правильно, то больной получает моментальное облегчение. Оригинальным в системе Л. М. Чичагова является применение лекарств для диагностики.
«Мои средства безвредны, предлагаются в малых дозах и действуют динамически, а не механически». «Этот проверочный прием дает мне возможность действовать, иногда, после допроса больного, прямо переходить к нему, не теряя времени на выслушивание и выстукивание и, конечно, я почти всегда узнаю истинную причину болезни безошибочно».
«Для контроля диагноза с помощью лекарства врач должен: 1) обладать специфическими средствами для всех органов, некоторых полостей и болезней; 2) точно изучить свойства своих лекарств: 3) лекарства должны действовать быстро… Подобный проверочный диагноз я ввел давным-давно в мою систему лечения и для всех болезней, так как все мои лекарства обладают специфическими свойствами».
Л. М. Чичагов разрабатывает концепцию ПРЕДОХРАНИТЕЛЬНОЙ МЕДИЦИНЫ. Он утверждает, что «предрасположение к известной болезни, без которого люди никогда не заболевают, есть ничто иное, как скрыто существующая болезнь, сопровождающаяся расстройствами кровообращения».
Он утверждал, что можно лечить небольшим числом лекарств, действие которых тщательно изучено, предполагал, что «…число используемых лекарств будет сокращаться», допускал применение максимум двух гомеопатических лекарств последовательно. Особое внимание уделял дозировке и схемам приема лекарств.
Л. М. Чичагов применял проверку своего диагноза с помощью лекарств, которые давались непосредственно в ходе консультации больного и вызывали моментальное улучшение состояния пациента.
В «Медицинских беседах» Л. М. Чичагова содержится подробное описание всей системы лечения – приготовление и показания к применению лекарств растительного происхождения, указание по лечению ряда заболеваний, а также по каждому лекарству сделан критический разбор литературы с использованием народных лечебников, рукописных источников монахов-знахарей.
В конце XX в. имя Л. М. Чичагова становится известным в российских медицинских кругах. Ценность медицинской системы лечения Чичагова особа актуальна в наши дни в связи с ухудшением экологической обстановки, возросшими психоэмоциональными перегрузками, потерей духовных ориентиров. Многие современные врачи разделяют его идеи, создают лечебные кабинеты и пропагандируют его систему лечения. Московскому отделению Российского гомеопатического центра присвоено имя святителя Серафима в знак признания его вклада в развитие гомеопатической медицины.