Гонения на Церковь начались сразу же после Октябрьского переворота. Жестокость, проявленная к священникам, не поддается описанию. За один только 1918 год было казнено и растерзано около трех тысяч священнослужителей. С окончанием гражданской войны гонения, носящие стихийный характер, стали целенаправленными и планомерными. Особенно наглядно это проявилось в ходе так называемого «изъятия церковных ценностей», проходившего под предлогом помощи голодающим Поволжья. Но на деле это было просто ограблением Церкви и беспощадной борьбой с ней. В 1921 г. Декретом ВЦИК Всероссийский комитет помощи голодающим, возглавляемый Патриархом Тихоном, был распущен. В 1922 г. издан декрет, предусматривающий насильственное изъятие ценностей. В секретном письме «Товарищу Молотову. Для членов Политбюро» В. И. Ленин раскрыл истинную задачу проводимой кампании. «Именно теперь и только теперь, когда в голодных местах едят людей и на дорогах валяются сотни, если не тысячи трупов, мы можем… провести изъятие церковных ценностей с самой бешеной и беспощадной энергией… Чем большее число представителей реакционной буржуазии и реакционного духовенства удастся нам по этому поводу расстрелять, тем лучше». И покатилась волна кровавых столкновений, арестов и расстрелов. Работой по разрушению Церкви руководил специальный отдел ГПУ, во главе которого стоял чекист Е. А. Тучков. Уже в 1925 г. после кончины Патриарха Церковь возглавил Местоблюститель митрополит Петр. Он вскоре был арестован и выслан; в ссылке опять арестован и после 8-летнего одиночного тюремного заключения 10 октября 1937 г. расстрелян. В этом же году началось новое тотальное наступление на Церковь и верующих – 8 тысяч храмов было закрыто, 70 епархий ликвидировано. За годы советской власти пострадало свыше 300 архиереев – более 250 были казнены или скончались в заключении.
В числе жертв жестоких репрессий был священномученик Серафим. 25 апреля 1922 г., несмотря на его болезни и 65-летний возраст, «его приговаривают к ссылке в Архангельскую область за «котрреволюционную деятельность». Проведя около года в архангельской ссылке, святитель Серафим вернулся в Москву. Но уже в 1924-м его вновь арестовывают, теперь уже за организацию в 1903 г. прославления преподобного Серафима Саровского. Около месяца святитель Серафим просидел в Бутырской тюрьме и по личному ходатайству Патриарха Тихона, который ручался за его лояльное отношение к существующей власти, его отпустили, но выслали из Москвы.
Не имеющий пристанища, он был принят игуменией Арсенией в Воскресенский Феодоровский монастырь около Шуи. В 1927 г. он покидает гостеприимную обитель и возглавляет Ленинградскую епархию. В условиях жестоких и всесторонних стеснений церковной жизни государственными властями митрополит Серафим в основу своего пастырского служения положил благоговейное совершение воскресных и праздничных богослужений и вдохновенное проповедование в городских и пригородных храмах. По его словам, «пока совершается Божественная Литургия, пока люди приступают к Божественному причащению, дотоле можно быть уверенным, что устоит и победит Православная Церковь, что не погибнут во зле греха, безбожия, злобы, материализма, гордости и нечистоты русские люди, что возродится и спасется Родина наша. Поэтому паче всего думайте о хранении, совершении и непрерывном служении… Литургии. Будет она – будут и Церковь, и Россия». В 1933 г. отдавший все силы Ленинградской епархии 77-летний святитель Серафим подходил к концу своего архипастырского служения в качестве правящего архиерея. Телесные немощи владыки и все возраставшая ненависть к нему государственной власти в Ленинграде, делавшая весьма вероятным скорый арест святителя Серафима, побудили митрополита Сергия и Временный Патриарший Священный Синод 14 октября 1933 г. издать указ об увольнении владыки на покой.
Он вернулся в Москву и жил в загородной даче, недалеко от станции Удельная Казанской железной дороги. Последнюю черту его земного пребывания подвел кровавый 1937 год. Вышел приказ Ежова, в котором «церковники» были отнесены к антисоветским элементам. Начались массовые расстрелы и преследования православных христиан.
Незадолго до своего последнего ареста митрополит Серафим (Чичагов) говорил: «Православная Церковь сейчас переживает время испытаний. После этого будет столько священномучеников, пострадавших за веру Христову, сколько не помнит вся история христианства».
Арестованный сотрудниками НКВД в ноябре 1937 г., прикованный к постели 82-летний святитель был вынесен из дома на носилках и доставлен в Таганскую тюрьму в машине «скорой помощи» из-за невозможности перевезти его в арестанской машине. 7 декабря 1937 г. «тройка» НКВД по Московской области, уже вынесшая в этот день несколько десятков смертных приговоров, приняла постановление о расстреле митрополита Серафима.