Сестры ежедневно в определенные часы приходили за советом или наставлением к духовнику или к настоятельнице. Великая княгиня и о. Митрофан учили сестер, что их задача – не только медицинская помощь, но и духовное наставление опустившихся, заблудших отчаявшихся людей. Каждое воскресенье после вечерней службы в соборе Покрова Божией Матери устраивались беседы для народа с общим пением молитв.
По плану Елисаветы Феодоровны, обитель должна была оказывать комплексную, духовно-просветительскую и медицинскую помощь нуждающимся, которым часто не просто давали еду и одежду, но помогали в трудоустройстве, устраивали в больницы. Нередко сестры уговаривали семьи, которые не могли дать детям нормальное воспитание (например профессиональные нищие, пьяницы и т. д.), отдать детей в приют, где им давали образование, хороший уход, профессию.
В обители были созданы больница, отличная амбулатория, аптека, где часть лекарств выдавалась бесплатно, приют, бесплатная столовая и еще множество учреждений. В Покровском храме обители проходили просветительские лекции и беседы, заседания Палестинского, Географического обществ, духовные чтения и другие мероприятия.
Поселившись в Марфо-Мариинской обители милосердия и приняв монашеский постриг в 1910 году, Елисавета Феодоровна почти перестала ездить в Петербург – интересы ее были теперь далеко от интересов двора. Главным для нее было помогать бездомным и нищим. На это ушли все ее средства. Елисавета Феодоровна устраивала приюты для сирот, раздавала одежду, продукты, лекарства… Великая княгиня обходила ночлежки и больницы, чтобы своими руками оказывать необходимую помощь.
Одним из самых знаменитых мест обитания бедноты был Хитров рынок. Население его ночлежек состояло из тысячи бродяг, карманных воров, взломщиков, скупщиков краденого, беглых арестантов и уголовных преступников, скрывавшихся от полиции. Елисавета Феодоровна, сопровождаемая обычно лишь кем-нибудь из сестер Марфо-Мариинской обители, неутомимо ходила от одного притона к другому, собирая сирот. Потерявшие человеческий облик лица не пугали и не отталкивали ее. В каждом таком несчастном она видела образ Божий. «Подобие Божие может быть иногда затемнено, но оно никогда не может быть уничтожено», – говорила Елисавета Феодоровна. Все население Хитровки знало и уважало Великую княгиню. Не было ни одного случая, чтобы кто-либо из жителей ночлежек оскорбил или унизил ее.
Она старалась спасать детей Хитровки. Мальчиков, вырванных из Хитровки, она устраивала в общежития. Из одной группы таких оборванцев образовалась артель исполнительных посыльных Москвы. Девочек устраивали в закрытые учебные заведения или приюты, где также следили за их здоровьем и духовным ростом.
Елисавета Феодоровна создавала дома призрения для сирот, инвалидов, тяжело больных, находила время для их посещения, постоянно поддерживала материально, привозила подарки.
Об одном из бесчисленных свидетельств ее любви к страждущим вспоминают современники. Одна из сестер обители пришла из бедного квартала и рассказала о безнадежно больной чахоткой женщине с двумя маленькими детьми, живущей в холодном подвале. Великая княгиня сразу же заволновалась, немедленно позвала старшую сестру и приказала устроить мать в больницу для чахоточных, а детей взять в приют; если не найдется кровати, устроить больную на раскладушке. После этого сама взяла для детей одежду, одеяльца и пошла за ними. Она постоянно посещала больную мать до самой ее кончины, успокаивала, обещая, что позаботиться о детях. Великая княгиня надеялась, что созданная ею Марфо-Мариинская обитель милосердия расширится и будет процветать. Со временем она собиралась устроить отделения обители в других городах России.
Современница Великой княгини Нонна Грейтон, фрейлина ее родственницы принцессы Виктории, свидетельствует о Елисавете Феодоровне: «Она обладала замечательным качеством – видеть хорошее и настоящее в людях, и старалась это выявлять. Она также совсем не имела высокого мнения о своих качествах… У нее никогда не было слова «не могу», и никогда ничего не было унылого в жизни Марфо-Мариинской обители. Все было там современно, как внутри, так и снаружи. И кто бывал там, уносил прекрасное чувство».
В Марфо-Мариинской обители Великая княжна вела жизнь подвижницы. Спала на деревянных досках без матраса, тайно носила власяницу и вериги. Об этом рассказала в своих воспоминаниях подвижница Марфо-Мариинской обители Любовь. Привыкшая с детства к труду, Великая княгиня все делала сама и лично для себя не требовала никаких услуг от сестер. Она участвовала во всех делах обители как рядовая сестра, всегда подавая пример остальным.