Царь Михаил принял верховную власть в момент, когда ее органы были разбиты событиями последних лет. Боярской думы не существовало. Вместо нее во главе дел управления стоял совет ополчения, с князьями Трубецким и Пожарским во главе. Организовавшись еще в Ярославле, этот совет взял на себя функции государственной власти, завязал отношения с иностранными державами, распоряжался делами внутреннего управления и, опираясь на Земский собор, сохранил значение временного правительства в первые годы по избрании царя. Ради умиротворения страны Земский собор примирился с боярами, слишком долго державшимися польского лагеря, но «кн. Мстиславский с товарищи» не участвовали в делах, пока не выяснились отношения между ними и царем. Но только на первых порах царь обращает свои требования и веления к Земскому собору; уже с начала апреля 1613 г. его указы идут к «боярам нашим, князю Ф.И. Мстиславскому с товарищами». Бояре, запятнанные в мнении широких общественных кругов изменой, вернулись к власти и стали во главе воскресшей Боярской думы. Дело примирения, начатое Земским собором, завершилось царской амнистией. Мы не знаем, в какой произошла она форме. Но можно предполагать, что царь обещал боярам не карать их опалами за прежнее и держать их в чести и достоинстве. По крайней мере, на такое предположение наводят смутные толки о какой-то «записи», взятой боярами с царя, близкой по содержанию к той, на которой некогда целовал крест царь Василий Шуйский, – записи, сулившей боярам, что государь не будет их казнить, «аще и вина будет преступлению их». Много споров было в нашей исторической литературе по вопросу об «ограничении» власти царя Михаила; но ни условия, в каких находилось боярство при его воцарении, ни характер источников, сообщающих о «записи», не дают оснований признать существование даже попытки такого важного политического новшества.
Примирение с боярами было естественным моментом политики «совета и соединения». Новое правительство сложилось вообще из личного состава, какой казался пригодным, без счетов с политическим прошлым отдельных лиц. Царь, вступив в управление, нашел центральную администрацию приказов уже восстановленной. Она образовалась из уцелевших в Москве обломков старых приказов и из новых, устроенных для ведения текущих дел при ополчении князя Пожарского. На работу в ней сошлись приказные дельцы, служившие прежде разным господам – и в Москве, и в Тушине. В то же время при дворе царском слагался свой правительственный кружок из родни и близких людей молодого царя и его семьи. Давние и широкие связи боярского дома Романовых давали возможность ввести на разные степени администрации своих доверенных людей. И еще во время «государева похода» из Костромы к Москве последовал ряд имевших этот смысл назначений на должности. Свойство, родство и простая близость к царствующему дому больше чем когда-либо стали основанием придворной и служебной карьеры. Развеянное погромами Грозного и Смутой старое боярство быстро заменялось новой знатью, иного типа и происхождения. Под ее верховодством постепенно и с трудом восстановлялась деятельность приказного управления.