Руководители молодого царя понимали всю трудность принятой на себя задачи. Неторопливый, с долгими стоянками поход государя к Москве дал возможность оглядеться и подробнее рассмотреть положение государства. К царю со всех сторон стекались жалобы и доношения о грабежах, насилиях и разорении от бродивших повсюду воровских шаек; не говоря уже об окраинах, центральные и северные области страдали от хищных набегов казаков и «литовских людей», оставшихся после ликвидации сил второго самозванца; в последней судороге разрухи эти шайки хлынули из разоренных местностей туда, где больше оставалось для них добычи, проникали под самую Москву и все дальше к северу. К царю являлись служилые люди, стрельцы и казаки, бить челом о жалованье, потому что им ни служить, ни жить не с чего. Москва оказывалась временами отрезанной от подвоза припасов, и в столице всяких запасов была большая скудость. Дворцовые земли и черные волости были разорены, расхищены и розданы в частные руки, денег и хлеба собирать было не с кого. Видя все это, царь с пути пишет собору с большими укоризнами: «Вы де нам били челом и говорили ложно всего Московскаго государства ото всех чинов людей, что всякие люди перестали ото всякаго дурна и учинились в соединенье, и междоусобная кровь крестьянская перестала литься»; царь требовал, чтобы собор изыскал средства для восстановления безопасности и порядка, «чтоб на Москве и по городам и по дорогам никому ни от кого грабежей и убивства не было»; требовал «полнаго приговора» о способах содержания военной силы и всяких служилых людей. Царь ожидал от Земского собора восстановления государственных средств и порядка, чтобы принять государство в свое управление. Руководители собора делали что могли, но всем собором били государю челом, чтобы он сам «шел к Москве вскоре»; в нем видели все тот необходимый центр, вокруг которого только и может сложиться правильная государственная работа. Не прошло двух месяцев со дня избрания, и соборное правительство уступило место царской думе, а Земский собор стал распадаться; отдельные элементы его потянулись к царю, и прежде всего московские служилые люди – стольники, стряпчие, дворяне большие, а за ними весь «из городов выбор» дворянский уже в апреле собрался при государе; иные разъехались по деревням. Постепенно ряд дел – назначение воевод, раздача поместий и др. – начинает вершиться государем в походе. Царское правительство вступало в управление. По прибытии царя в столицу – 2 мая – и особенно после царского венчания, которое состоялось 11 июля, обычный порядок казался восстановленным.
Крайняя трудность положения вызывала на чрезвычайные меры и чрезвычайные приемы действий. Значительны были внешние опасности и бедствия. На западных границах шли военные действия. Новгород Великий был в шведских, Смоленск и Северщина – в польских руках. Королевич Владислав продолжал титуловаться московским царем, и польское правительство не желало признавать царя Михаила. Надо было готовиться к борьбе за русские области и за свое международное положение, надо было создать силу для самозащиты и для наступления. Но всякая органическая работа была до крайности затруднена внутренним состоянием страны. Заруцкий с казаками, Мариной Мнишек и ее сыном от второго самозванца, Иваном, двинулся к югу. Из Москвы против него послали воеводу князя Одоевского, но Заруцкий, грабя по пути, ушел в Астрахань и засел там, собирая к себе «вольных казаков» и подымая на Москву волжских казаков, донцов и поволжских инородцев. Татары заволжские, ногаи, черемисы волновались и грабили русские области. Много казацких отрядов бродило по внутренним областям государства, а с ними и без них насильничали «воры, боярские люди и всякие безыменные люди». «Литовские люди» и казаки украинские кружили по стране, громя села и города; особенно много вреда причинил отряд наездника Лисовского. При попытке правительства восстановить сбор податей «чинилися сильны» жители городов и уездов, и приходилось иной раз признать, что навыки Смуты сказывались в поведении сборщиков, которые грабили и притесняли население. Экономический кризис, начавшийся в последние десятилетия XVI в., усиленный Смутой, продолжал нарастать и после ее политического завершения.
Исход второго десятилетия XVII в. был моментом наибольшего упадка хозяйственного благосостояния центральных областей Московского государства. Казна была пуста, хлебных и денежных запасов собирать было не с кого. Нужны были чрезвычайные усилия, чтобы одновременно восстановлять порядок и безопасность в стране и создавать средства, необходимые для этой работы.