В апреле 1918 г. Никифорову арестовали в Таганроге по приказу Военного комиссариата УССР. Отряд был разоружен, а Марусю специально созданная Судебная комиссия судила за разгон Советов в Елизаветграде и самовольное наложение контрибуций на население. Но она была оправдана, получив поддержку командиров многих отрядов, Федерации анархистов Таганрога и местной организации левых эсеров1667
. В ее защиту выступил Антонов-Овсеенко. Следственная комиссия в составе 3 большевиков, 2 анархистов и 2 левых эсеров признала вину Маруси недоказанной1668. Выяснилось, что в Таганроге нет свидетелей преступных действий подследственной и все сведения носят косвенный характер1669. Кроме того, среди тех, кто передавал комиссии данные о злоупотреблениях, было немало «пьяных матросов» из мародерствующих отрядов, по своему поведению подходивших под те же, если не более суровые, пункты обвинения1670. Через три дня Марусю освободили на поруки федерации анархистов, а ее отряду вернули часть оружия и имущества, большая часть которого, по словам Никифоровой, уже была разграблена бойцами других революционных частей1671. Она утверждала, что было расхищено и имущество четырех коммун, эвакуировавших из Украины под защитой ее бойцов1672. В результате обыска в эшелоне Никифоровой «ничего подозрительного не нашли – ни дорогих вещей, ни товару, ни денег»1673. Вскоре, по инициативе недовольных оправданием Маруси руководителей КП(б)У была создана следственная комиссия под руководством Г. Пятакова. Но она просуществовала недолго и не успела завершить следствие, хотя Пятаков и утверждал, что при повторном обыске были обнаружены большое количество сахара, слиток серебра, множество драгоценностей, серебряных изделий, дорогие ткани1674. Впрочем, что в данном случае означает «множество» и «большое количество», Пятаков не сообщает.После освобождения Никифорова входила в штаб, руководивший обороной Таганрога. До 8 мая ее отряд вел оборонительные бои с немецкими войсками на Дону1675
. Кроме того, они отбили несколько станиц у белых1676. В мае, в ходе 8-дневных боев у станицы Кагальницкой отряд Никифоровой был почти полностью уничтожен, а Маруся тяжело ранена1677. Затем она выехала в Царицын, где уже началось разоружение прибывавших с Украины отрядов, а оттуда в Саратов1678. Эту информацию подтверждает и А. Чубенко, впоследствии адъютант Н.И. Махно, утверждавший, что вместе с Марусей добирался от Таганрога до Царицына1679. Существует версия, что в Царицыне Маруся объединилась с отрядом Петренко, приняв участие в вооруженном конфликте между ним и царицынскими Советами1680. Однако достоверность этой истории вызывает сомнение в силу того, что она не всплыла в ходе суда, состоявшегося в Москве 21–23 января 1919 г. Ведь собрать показания против Маруси, участвуй она в царицынских событиях, было бы несложно. Но представитель царицынских военных властей, давший показания, свидетельствовал в пользу Никифоровой, а не против нее.20 июня 1918 г. Маруся была обнаружена в Саратове и вместе с А. Гладким-Гурскайненом арестована чекистами1681
. Ее перевезли под конвоем в Москву. Никифорова и Гладкий протестовали и на разных станциях призывали матросов освободить их1682. 9 августа Следственная комиссия Московского ревтрибунала начала расследовать ее дело1683. Одновременно анархисты начали кампанию в защиту Маруси. Во второй половине августа – сентябре в Московский ревтрибунал были переданы заявления деятелей анархистского движения – П.Д. Турчанинова, А.А. Карелина, А.М. Авсеева, В.С. Бжостека и П. Резникова. Среди ходатаев были известные военные деятели В.А. Антонов-Овсеенко и К.И. Калнин1684. До 21 сентября 1918 г. Маруся находилась в Бутырской тюрьме, затем была освобождена под поручительство Антонова-Овсеенко и Карелина1685. При этом оба настаивали на ее реабилитации от обвинений1686. После освобождения из Бутырок Маруся вышла замуж за Витольда Бжостека, анархиста, впоследствии погибшего вместе с ней. Спустя месяц на I Всероссийском съезде анархистов-коммунистов она выступила с докладом о ситуации на Украине. Съезд принял решение вынести протест против ее ареста, утверждая, «что она предана суду только потому, что ее нагло оклеветали»1687.