Нельзя сказать, что необходимость новой организации совершенно не сознавалась в Морском министерстве. Так, в марте-апреле 1901 г. этим важным вопросом занималась специальная «Комиссия для определения судового состава эскадр в тактическом отношении и для распределения судов флота по классам и разрядам согласно их боевого значения». 95
Председателем комиссии был вице-адмирал И.М. Диков, в её работе участвовали начальник ГМШ вице-адмирал Ф.К. Авелан, вице-адмирал Ф.В. Дубасов, контр-адмиралы Н.Н. Ломен, Н.А. Реунов, капитаны 1-го ранга A.M. Доможиров, А.А. Вирениус, A.M. Абаза, капитан 2-го ранга А.Г. Витте и капитан Н. Л. Кладо. Комиссия пришла к выводу, что флот должен подразделяться на эскадры, каждая из которых состоит из восьми эскадренных броненосцев, четырёх броненосных и восьми бронепалубных крейсеров, а также 16 эскадренных миноносцев. Эскадра, в свою очередь, включала две дивизии, а дивизия — две бригады. Бригада признавалась тактической единицей, способной вести самостоятельные действия (два броненосца, броненосный и два бронепалубных крейсера, четыре эскадренных миноносца). Для удобства управления в бою эскадра делилась на отряды броненосцев, крейсеров и миноносцев, на неё назначались пять флагманов-командующих и по два старших и младших флагмана на дивизию. Командующий флотом, состоящим из двух и более эскадр, поднимал флаг на отдельном корабле. Весь корабельный состав в зависимости от предназначения подразделялся на десять классов, а по степени боеготовности — на три разряда. Последнее было необходимым для обеспечения однородности состава отрядов в эскадре. Устаревшие корабли, канонерские лодки и малые миноносцы объединялись в отдельные отряды под командованием постоянных начальников.Предложения комиссии отвечали широкому уровню того времени и могли послужить основной для создания единой организации флота, подчинявшей её тактическим требованиям. Однако в полном объёме они реализованы не были. Если подразделение эскадры на отряды и отделения по классам кораблей, в силу сложившихся правил, ещё существовало на практике, то новая система назначения постоянных флагманов и командиров отрядов требовала изменения береговой структуры и увеличения штатов. Такое изменение казалось слишком радикальным и было произведено позднее с упразднением экипажной организации. Интересно, что мнение комиссии по составу эскадр почти без изменений принималось для выборки кораблестроительных программ накануне Первой мировой войны.
Отсутствие элементов постоянной боевой организации отрицательно сказалось на 2-й эскадре Тихого океана. Её подразделение во многом противоречило принципам, выработанным комиссией И.М. Дикова — в один и тот же отряд попали корабли разных отрядов, не подходящие по скорости хода и боевым качествам, отряд миноносцев не имел своего начальника, а отделения миноносцев возглавлялись старшими из командиров. Давление сложившихся представлений о строгом соблюдении старшинства офицеров при отсутствии штатных начальников также помешало создать целесообразные организационные формы и вызывало трения между командирами. Эти несообразности особенно ярко выглядели на фоне организации японского Соединённого флота, который ещё до войны был подразделен на три эскадры, каждая эскадра состояла из боевых отрядов кораблей одного класса и отрядов миноносцев во главе с соответствующими отрядными начальниками.
Запоздалое создание флота Тихого океана (9 февраля 1904 г.), конечно, не могло повысить реальную мощь морских сил России на Дальнем Востоке, но позволяло улучшить организацию управления. Командующему флотом полностью подчинялись оба военных порта, он получил и полноценный штаб флота во главе с контр-адмиралом. Впервые в состав штаба вошли начальники военно-морского и военного (по предложению С.О. Макарова) отделов. Первый специально занимался оперативными вопросами боевых действий на море, а второй — взаимодействием с армейским командованием. 10 мая 1904 г. также впервые была учреждена должность главного командира флота и портов и начальника морской обороны Балтийского моря, на ней был назначен вице-адмирал А.А. Бирилев.