После гибели первого командующего Тихоокеанским флотом вице-адмирала С.О. Макарова и назначения его преемником вице-адмирала Н.И. Скрыдлова — 17 апреля 1904 г. — все корабли на Дальнем Востоке были сведены в 1 — ю эскадру флота Тихого океана под командованием вице-адмирала П.А. Безобразова. Одновременно на Балтике началось формирование 2-й эскадры флота Тихого океана, командующим которой назначили контр-адмирала З.П. Рожественского. Однако стройная на первый взгляд организация управления флотом была искажена последствиями неудачного хода боевых действий. Так, ни Н.И. Скрыдлов, ни П.А. Безобразов не смогли попасть в осажденный Порт-Артур и оказались во Владивостоке, где к этому времени было всего три больших корабля. Главнокомандующий всеми морскими и сухопутными силами на Дальнем Востоке (наместник) которому в оперативном отношении подчинялся командующий флотом, на практике непосредственно руководил эскадрой в Порт-Артуре, «временно» вверенный контр-адмиралу В.К. Витгефту.
Руководство командующего флотом 2-й эскадрой Тихого океана было чисто условным, так как её снаряжением на Балтике ведал вице-адмирал А.А. Бирилев, а план действий разрабатывал лично З.П. Рожественский, за которым сохранялся также пост начальника ГМШ.
27 сентября 1904 г. должность командующего 1-й эскадрой была упразднена, а в конце года — с гибелью броненосцев в Порт-Артуре — «сократили» и командующего флотом в Тихом океане. 8 мая 1905 г., с приближением 2-й эскадры к театру военных действий, Николаем II был вновь назначен командующий флотом в Тихом океане вице-адмирал А.А. Бирилёв. Но он добрался до Владивостока после Цусимской катастрофы, когда командовать стало нечем, и вскоре был отозван в Санкт-Петербург.
Таким образом, организационные преобразования военного времени явно запаздывали и не всегда соответствовали обстановке. Импровизации сказались и на службе штабов. Оперативные функции получили слабое развитие и во многом зависели от личности начальника военно-морского отдела. Состоявший на этой должности при С.О. Макарове капитан 2-го ранга великий князь Кирилл Владимирович не успел (или не смог) проявить себя в планировании морских операций. Гораздо успешнее в этой области работал в штабе Н.И. Скрыдлова капитан 2-го ранга Н.Л. Кладо, но плоды его работы в основном остались на бумаге из-за отсутствия в распоряжении командующего сколько-нибудь значительных сил флота. В то же время 2-я эскадра Тихого океана, фактически целый флот с огромным плавучим тылом, получила штаб весьма скромного состава. Так, его возглавлял не начальник штаба, а всего лишь флаг-капитан, не являвшийся первым заместителем командующего эскадрой. Штатной должности начальника военно-морского отдела не было, а исполнявший её флагманский штурман капитан 2-го ранга В.И. Семенов сознавал себя пассажиром, только догадываясь об оперативных планах З.П. Рожественского. Роль штабов, имевших при всех младших флагманах — начальниках отрядов обеих Тихоокеанских эскадр — сводилась, как правило, к руководству по отдельным специальностям и передаче распоряжений адмирала подчинённым командирам.
Глава VIII Боевая подготовка, оперативные планы и плавание кораблей флота
Стремление к единообразию боевой подготовки выразилось в появлении общефлотских руководящих документов. Среди них «Инструкция для изготовления корабля к бою», подготовленная в ГМШ в апреле 1900 г. «Инструкция» включала три раздела, посвящённые мобилизации, приготовлению корабля к бою перед выходом в море и боевой тревоге. Работа особой комиссии по комплектации офицерами судов флота (1900–1901 гг.) положила начало разработке типовых судовых расписаний, отвечавших новому уровню развития техники. В 1904 г. были утверждены очередные «Правила для составления судовых расписаний», которые впервые дополнялись «образцовыми» расписаниями для строившихся серийно броненосцев «Князь Суворов», крейсеров «Олег» и «Жемчуг». 96
В этих правилах исчезли многие архаизмы переходного периода, которые предусматривали участие машинистов и кочегаров в абордажном бою и многочисленные стрелковые партии для поражения противника из ружей и пистолетов.В 1901 г. учреждаются два переходящих императорских приза для кораблей эскадры Тихого океана и Черноморского флота за лучшую стрельбу из орудий. 21 приз был установлен для поощрения командиров и инструкторов Учебно-артиллерийского отряда.