В 1898 г., несмотря на отсутствие плана операций Балтийского флота на случай войны с Германией, было принято решение использовать Либаву в качестве передового пункта базирования новых крупных кораблей флота. В целях повышения боеготовности, по примеру Черноморского флота, зимой эти корабли находились в состоянии вооружённого резерва. 12-часовая готовность к выходу в море обеспечивалась постоянным пребыванием на борту одной трети команды.
Первыми в 1898/1899 гг. зимовали в Либаве броненосцы «Петропавловск», «Адмирал Ушаков» и мореходная лодка «Храбрый». В 1899/1900 гг. там базировались уже четыре броненосца — «Полтава», «Севастополь», «Адмирал Ушаков» и «Адмирал Сенявин». Такая дислокация кораблей в корне изменяла развертывание флота с началом боевых действий. В зимние месяцы обеспечивались как активные операции в южной Балтике, так и усиление эскадр в Средиземном море или в Тихом океане. Подобное было совершенно невозможно при базировании всего флота в замерзаемом на пять месяцев Кронштадте. В то же время корабли в Либаве при внезапном начале войны с Германией могли оказаться в ловушке: порт находился в опасной близости от границы, а отступление на север для соединения с эскадрой из Кронштадта было проблематичным из-за ледостава и превосходства в силах германского флота. Уже в 1900 г. Германия имела в кампании в европейских водах семь броненосцев, в том числе четыре эскадренных и три береговой обороны. Правда, русско-французский союз подавал надежду на частичное сковывание германских морских сил французской Северной эскадрой, которая насчитывала шесть эскадренных броненосцев. Однако в первые годы XX столетия германский флот быстро прогрессировал — в кампании 1904 г. Вильгельм II держал под вымпелами уже девять эскадренных броненосцев, два новых броненосных и шесть бронепалубных крейсеров. Фактическая же боеготовность российского флота на Балтике зимой 1904 г. не позволила даже отправить подкрепления на Дальний Восток.
Боеготовность Черноморского флота в целом была несколько выше, чем Балтийского. Его главные силы проводили зимнее время в вооружённом резерве в Севастополе. Четыре летних месяца четыре эскадренных броненосца с минными крейсерами, канонерскими лодками и миноносцами плавали в составе Практической эскадры. Ежегодно в кампании находились от 7,5 до 9 тыс. офицеров и матросов, около 3 тыс. из которых практиковались в Учебном отряде. Сменивший Н.В. Копылова главный командир Черноморского флота вице-адмирал С. П. Тыртов (1898–1903) не внёс ничего нового в тактическую подготовку эскадры, которая к тому же затруднялась из-за отсутствия быстроходных крейсеров. Эскадренные стрельбы, в том числе боевыми снарядами, выполнялись по береговым укреплениям. Периодически проводились совместные с армией маневры по сценарию Босфорской экспедиции: нападающая сторона при поддержке артиллерии броненосцев высаживала крупные десанты в районе Севастополя.
Своеобразные итоги отработки совместных действий с армией были подведены после сентябрьских маневров 1904 г. под руководством главного командира Черноморского флота вице-адмирала Г.П. Чухнина (1904–1906 гг.). В состав десантной экспедиции входили броненосный (шесть эскадренных броненосцев), крейсерский (два крейсера, мореходная лодка, транспорт, четыре миноносца), минный (два минных крейсера, одиннадцать миноносцев), транспортный (шесть транспортов) флоты и 3172 человека десанта при восьми орудиях из состава Одесского военного округа. Высадка производилась в районе Ялты и показала достаточно высокий уровень организации, достигнутый благодаря прежним маневрам и обеспечивший согласованные действия как армии и флота, так и флотских соединений между собой. На берегу высадкой распоряжался комендант побережья, определявший места высадки людей и вооружения. Перевозочные десантные средства — десантные боты и паровые катера — подчинялись командиру морского батальона. Вместе с тем, в отчёте была отмечена необходимость реорганизации всего «десантного транспортного дела» — устарелость и плохая конструкция ботов и катеров Военного ведомства при хорошей погоде затянули высадку более чем на 12 часов. При противодействии противника это могло привести к «полной неудаче десанта».
Отчёт содержал важный вывод: «В основание десантного дела необходимо положить принцип непрерывной и быстрой высадки». Для его реализации предлагалось построить специальные десантные понтоны, соединяющие транспорты с береговыми причалами, и моторные катера.