В начале 1998 г. были обнародованы планы интеграции ЮКОСа и ВНК с контролируемой Б. Березовским и Р. Абрамовичем «Сибнефтью» в единую компанию ЮКСИ. Создаваемая компания с объемом добычи около 100 млн тонн стала бы первой в России и вошла бы в число мировых лидеров. При этом предполагалось, что управление ЮКСИ будет осуществлять команда М. Ходорковского. Весной было объявлено о начале юридических процедур по слиянию, однако уже летом 1998 г. процесс был прекращен. Причины срыва проекта ЮКСИ для внешнего наблюдателя не ясны до сих пор. Его инициаторы в середине 1998 г. как о важнейшем факторе говорили о различии корпоративных культур ЮКОСа и «Сибнефти» и невозможности интеграции управленческих команд.
Кризис, начавшийся после 17 августа 1998 г., наиболее сильный удар нанес по финансовой составляющей ИБГ. Банк «Менатеп», похоже, был сразу же признан безнадежным. Часть его бизнеса, в том числе практически вся филиальная сеть, была переведена в дочерний банк «Менатеп Санкт-Петербург». Основными акционерами банка «Менатеп Санкт-Петербург» стали структуры, аффилированные с ЮКОСом, и ЗАО «Сигма-Газ» – санкт-петербургская «внучка» «Газпрома». При этом пакет ЮКОСа был несколько больше газпромовского, но несколько меньше контрольного. (Председателем совета директоров банка стал первый заместитель председателя правления «Газпрома» П. Родионов.) Другая часть бизнеса и активов была сконцентрирована в «Доверительном и Инвестиционном банке», который входил в ИБГ с 1996 г. Оба бридж-банка не только пережили кризис, но и оказались весьма успешными. Уже в начале 2000 г. они входили в тридцатку крупнейших российских банков.
Для самого «Менатепа» была выбрана стратегия его достаточно быстрой ликвидации (по выражению А. Зурабова, в тот период занимавшего пост председателя правления, политика «постепенного сведения пассивов и активов к нулю»). В середине мая 1999 г. Центральный банк РФ отозвал у «Менатепа» банковскую лицензию, а в начале июня по его инициативе была начата процедура банкротства, которая уже во второй половине года перешла в завершающую стадию – конкурсное производство.
Представляется, что после 17 августа 1998 г. единственной реальной задачей ИБГ, связанной с «Менатепом», было решение проблемы возврата кредитов, полученных банком на Западе для покупки ВНК. Они были выданы под залог акций ЮКОСа, и в конце 1998 г. кредиторы согласились урегулировать отношения путем перехода залога в их собственность. В целом иностранцам было передано чуть больше 30% акций ЮКОСа, при этом контрольный пакет остался у ИБГ. Необходимо отметить, что такое решение для иностранных банков-кредиторов было вынужденным. Фактически оно было продиктовано ЮКОСом и хотя нанесло определенный ущерб репутации последнего, но отнюдь не сделало его «персоной нон грата».
С осени 1999 г. начали производиться выплаты частным российским вкладчикам «Менатепа». Была также объявлена программа выкупа акций «Менатепа» у частных российских акционеров с оплатой частично деньгами, а частично акциями ЮКОСа (по данным менеджеров ИБГ, на конец 1999 г. было выкуплено около 80% таких акций).
После 17 августа 1998 г. доминирующая роль в ИБГ окончательно перешла к ее нефтяной составляющей. Тем более что ЮКОС и ВНК, получившие существенный выигрыш от девальвации рубля (а впоследствии и от начавшегося роста мировых цен на нефть), развивались во второй половине 1998 г. и в 1999 г. вполне успешно.
В 1999 г. началась реализация программы перевода предприятий ЮКОСа и ВНК на единую акцию, заявленной еще в конце 1997 г., но прерванной после августа 1998 г. Перевод осуществлялся в стандартной для всех российских нефтяных компаний форме обмена акций «дочек», принадлежащих миноритарным акционерам, на акции самого ЮКОСа. Однако здесь компания встретила жесткое противодействие международного «инвестора-стервятника» К. Дарта, приобретшего в период ваучерной приватизации блокирующие или близкие к ним пакеты акций «Юганскнефтегаза», «Самаранефтегаза» и «Томскнефти». Конфликт с К. Дартом в 1999 г. был одной из важнейших проблем для ИБГ. Однако в декабре он был разрешен в ее пользу. К. Дарт продал свои акции, причем цена, судя по всему, оказалась значительно ниже той, на которую он рассчитывал. Единственное отрицательное последствие конфликта – остракизм, которому примерно год подвергался ЮКОС на российском фондовом рынке (см. ниже).