В отношении фабрично-заводской промышленности стратегической задачей правительства он считал создание благоприятных условий для проявления частной инициативы граждан. Так, например, в отчете о работе Министерства внутренних дел за 1802–1807 годы Кочубей предлагал «оставить частным видам промышленности сколь можно свободное течение, не стеснять их ни в выборе предметов, к коим они устремляются, ни в образе их производства и распродажи изделий». В противном случае, по его мнению, многие предприятия могут прийти в упадок, а их владельцы – к разорению. Одной из действенных мер по стимулированию промышленности и торговли, по мнению Кочубея, могло стать оказание необходимой финансовой поддержки гражданам, желающим заняться предпринимательской деятельностью. В 1803 году он предложил образовать в Государственном заемном банке ежегодно пополняемый из казны особый фонд, средства которого могли бы выдаваться в виде субсидий и займов частным лицам. В декабре 1814 года во всеподданнейшей записке «О положении империи и мерах к прекращению беспорядков и введению лучшего устройства в разных отраслях, правительство составляющих» он подчеркивал, что для оздоровления финансовой системы и экономического развития России в целом необходимо «прочное установление законов, служащих к основанию кредита».
Не менее важной задачей, стоящей перед российским правительством, В.П. Кочубей считал сокращение дефицита государственного бюджета и стабилизацию национальной денежной единицы. Непродуманная денежно-эмиссионная политика предшествующих царствований привела к снижению курса ассигнаций, что, по мнению В.П. Кочубея, значительно ухудшило положение российских предпринимателей. Отсутствие финансовых резервов у экономически активной части населения обусловило положение, при котором государство в течение длительного времени не сможет рассчитывать на финансовую поддержку частных лиц в форме каких-либо займов: по словам В.П. Кочубея, «по недостатку доверия к правительству неохотно частные люди вверят капиталы свои». Восстановление доверительных отношений между гражданами и государством в данном контексте представлялось необходимым и взаимовыгодным.
В сложившихся условиях В.П. Кочубей предлагал принять действенные меры по контролю над выпуском новых денежных средств и уменьшению государственных расходов посредством сокращения бюрократического аппарата и армии. В качестве одного из вариантов сокращения военных расходов в мирное время В.П. Кочубей поддержал проект создания военных поселений. В одном из писем А.А. Аракчееву он просил прислать ему «положение о военных поселениях», аргументируя свою просьбу следующим образом: «Успехи опытов воинского поселения не могут не быть приятны всем тем, кои, умея размышлять и зная государство, должны удостоверены быть, что без таковых или иных вспомогательных распоряжений нет никакой возможности содержать от 700 до 900 тысяч войска, всегда готового в продолжение долгого времени». Именно сокращение расходов государства, по мысли Кочубея, позволило бы правительству найти средства для поддержки экономически активной части российского общества. В связи с этим в процессе обсуждения в Государственном совете вариантов решения проблемы дефицита государственного бюджета Кочубей высказывался о нецелесообразности ежегодного повышения налогов и сборов. По его мнению, необходимо было провести детальный анализ расходной части главного финансового документа страны в целях исключения «излишних» затрат государства.
Важным аспектом экономической политики, оказывающим непосредственное влияние на темпы развития экономики страны, Кочубей считал внутреннюю и внешнюю торговлю. По его мнению, любые неоправданные ограничения свободы торговли замедляли движение капиталов в стране и накопление средств для строительства новых предприятий. Особенно важным для поддержания конкуренции, оказывавшей стимулирующее влияние на российских товаропроизводителей, Кочубей считал сохранение «свободного тарифа» во внешней торговле. Конечно, как и большинство современников, он признавал неразвитость российской экономики по сравнению с ведущими странами Европы, но полагал, что конкуренция – «естественное» средство обучения российских предпринимателей с наименьшими затратами производить более качественный товар. Не менее важным аргументом в споре со сторонниками политики протекционизма было утверждение о том, что при свободном тарифе возможны приток иностранных инвестиций и активное заимствование новых технологий.