В развернутом виде предложения В.П. Кочубея по совершенствованию системы управления были изложены в записке «О положении Империи и мерах к прекращению беспорядков и введению лучшего устройства в разных отраслях, правительство составляющих» (1814). В этом документе он признавал необходимость заимствования отдельных элементов системы управления в развитых странах Европы. Для приведения отечественной системы управления в соответствие с европейскими аналогами в первую очередь нужно было реализовать принцип разделения властей на «законодательство, управление и судоведение». Целесообразность данной меры подтверждалась историческим опытом стран с разными культурными традициями. По словам Кочубея, с небольшими вариациями принцип разделения властей действовал во Франции, Англии и даже в Турции, что подтверждало его применимость, «какова бы ни была форма правительства».
Отсутствие в России разделения властей усиливало тенденцию к чрезмерной бюрократизации всего государственного аппарата и осложняло взаимодействие между Государственным советом, Комитетом министров и Сенатом, деятельность которых имела множество точек пересечения. Предельно четкое разграничение функций различных государственных органов способствовало бы повышению оперативности их работы, а главное, по словам В.П. Кочубея, могло бы в условиях, когда «Государь есть глава всех трех частей правительства», оградить его «от обмана и верных ошибок».
Обладая многолетним опытом работы в Министерстве внутренних дел и Комитете министров, а также участвуя в заседаниях Государственного совета и Сената, В.П. Кочубей настаивал на том, чтобы предельно четко определить сферу деятельности каждого из этих органов власти. В записке на имя императора он предлагал провести реформу системы государственного управления на следующих основаниях: 1) «…сохранить Государственный совет, предоставя ему исключительно дела законодательные, коих то: новые законы, учреждение толкования законов, определение росписи доходов и расходов государственных»; 2) Сенат становится исключительно высшей судебной инстанцией, без каких-либо дополнительных административных полномочий; 3) высший административный орган исполнительной ветви власти – Совет министров, его основная задача – координация действий всех министерств, подготовка предложений по усовершенствованию российского законодательства императору и Государственному совету.
В целом положительно оценивая работу министерств после повышения в 1810–1811 годах личной ответственности министров, В.П. Кочубей писал о появлении новой негативной тенденции: усложнение порядка делопроизводства привело к излишней бюрократизации исполнительной ветви власти. Для предотвращения этого положения он предлагал упразднить или объединить близкие по своим функциям министерства. Целесообразным представлялось, например, слияние Министерства полиции и Министерства внутренних дел, Министерства народного просвещения и Министерства духовных дел, Министерства финансов и Государственного казначейства. Кроме этого, снижение темпов бюрократизации системы государственного управления, видимым проявлением которой стало повсеместное распространение «ненужной и многочисленной переписки», могло быть достигнуто за счет унификации и упрощения официального порядка делопроизводства. Общей целью всех предложений В.П. Кочубея было создание оперативно действующей и экономичной системы управления.
Как и многие представители образованной части российского общества периода царствования Александра I, Кочубей размышлял о необходимости установления в России Конституции. Основой его рассуждений стал тезис о невозможности в силу масштаба страны, ограниченности времени и способностей одного человека, даже если он хорошо подготовлен к исполнению обязанностей монарха, единолично управлять Российской империей. В декабре 1814 года, размышляя над проблемой, «как действительно Государю обнять все отрасли управления…», он убеждал российского самодержца в ошибочности распространенного в кругах консервативного дворянства суждения о том, что император всеми делами обязан управлять единолично. Именно «естественная» невозможность одновременно отслеживать разнообразные по своей направленности процессы во внутренней и внешней политике требовала создания системы обратной связи власти и общества. Признание важности формирования такой системы предопределило постановку вопроса о возможности заимствования опыта европейского конституционализма.