В 1840-1850-х годах Иван Аксаков был еще «чистым и ярым западником» – об этом свидетельствует в своих записках А.И. Кошелев. Аксаков не разделял ни восхищения допетровской Русью, ни преклонения перед «особенностями» русского народа. Он слишком много повидал в российской провинции и желал не построения теорий, а конкретных практических улучшений действительности, в том числе отмены крепостного права и реформирования судебной системы. Славянофильские крайности старшего брата Константина нередко вызывали у Ивана иронию. Снимок Константина на дагерротип он, например, комментировал так: «Истый москвич с татарскою фамилиею и нормандского происхождения, в русском костюме XVII столетия, сшитом французским портным, изобретением западным XIX века, передал свои черты лица медной доске…»
В более серьезных спорах с братом Константином (заслужившим прозвище «передовой боец славянофильства») Иван Аксаков призывал прежде всего считаться с действительностью. А действительность иногда доводила его до отчаяния: «Ах, как тяжело, как невыносимо тяжело порою жить в России, в этой вонючей среде грязи, пошлости, лжи, обманов, злоупотреблений, добрых малых, мерзавцев, хлебосолов-взяточников, гостеприимных плутов – отцов и благодетелей взяточников… Вы ко всему этому относитесь отвлеченно, издали, людей видите по своему выбору только хороших или одномыслящих, поэтому вы и не можете понять тех истинных мучений, которые приходится испытывать от пребывания в этой среде, от столкновения со всем этим продуктом русской почвы. Там, что ни говорите в защиту этой почвы, но несомненно то, что на всей этой мерзости лежит собственно ей принадлежащий русский характер!»
В 1850-х годах славянофильство теоретика Константина казалось практику Ивану лишь отвлеченной теорией. И он критиковал «деспотизм теории над жизнью», как «худший из деспотизмов», поскольку попытки подчинить народ чуждой ему теории делают жертвами целые поколения. «Допетровской Руси сочувствовать нельзя, а можно сочувствовать только началам, не выработанным или даже ложно направленным русским народом, – но ни одного скверного часа настоящего я не отдам за прошедшее!»
Все это не помешало Аксакову выступить в 1852 году редактором славянофильского «Московского сборника» (с оговоркой в предисловии о том, что «не все участники сборника думают одинаково»). Сборник получил известность благодаря своей «честной физиономии», однако, поскольку в «мрачное семилетие» 1848–1855 годов «честные физиономии были непозволительны», вызвал недовольство одновременно и в III отделении, и в Главном цензурном комитете, и у министра просвещения.
В результате второй том сборника, где сам Иван Аксаков, вспомнив свой чиновничий опыт работы в Калуге, «отвалял на обе корки» губернское общество, просто не допустили к печати. Аксакову вообще запретили что-либо печатать и даже редактировать без разрешения Главного комитета цензуры. Впрочем, в 1853 году в Петербурге вовсю ходили списки аксаковских «сцен» «Присутственный день в Уголовной палате». Это был первый ручеек того потока самиздата, который хлынул в общество в последний год несчастной Крымской войны.
Крымская война застала Ивана Аксакова за изучением ярмарок на Украине: он выполнял поручение Русского географического общества. В 1855 году он вновь оказался на Украине – но уже казначеем и квартирмейстером Серпуховской дружины Московского ополчения. На недовольство отца и брата Константина он отвечал: «Вступать в ополчение не значит согласиться на разыгрываемую комедию, а значит изъявить готовность участвовать в опасностях, угрожающих России, чьей бы виной они ни были навлечены». Иван хотел, чтобы было что ответить совести, если она спросит: «Аты где был, когда решалась судьба Отечества?» Честный и работоспособный штабс-капитан Иван Аксаков поставил дело так, что красть в дружине стало невозможно. Впрочем, война уже перешла в стадию «странной», и ополчение дожидалось ее конца в составе гарнизонов Одессы и Бендер (лишь один раз Аксаков видел издали английский пароход-фрегат).
По окончании войны Аксаков вошел в комиссию князя В.И. Васильчикова, занимавшуюся «беспорядками» в продовольственном снабжении русской армии. Судя по письмам, даже у повидавшего много злоупотреблений Ивана Аксакова от подробностей «волосы дыбом становились». Он пришел к убеждению, что Севастополь должен был пасть хотя бы для того, чтобы «явилось на нем дело Божье, то есть обличение всей гнили правительственной системы». На этом закончилась служебная карьера Ивана Аксакова, дослужившегося до чина надворного советника, который «никаким награждениям не подвергался».