Вспоминая свое последнее занятие в императорском дворце, посвященное событиям Великой французской революции, Стасюлевич писал: «Я убеждал его (Николая Александровича. – Н.Х.) не верить, что в революции нет ничего, кроме дурных страстей… просил его усвоить себе великую истину, что стремление к свободе есть не результат праздной мысли философов, но потребность физиологического развития общества; что задача правительства состоит в том, чтобы делаться все более и более излишним, и тогда само общество найдет для себя такое правительство необходимым… Обвиняют общество, говорил я, что оно не хочет признавать действительных условий жизни и мечтает о небывалом, одним словом, страдает утопией будущего; но и правительство часто не хочет признавать действительных условий и старается управлять обществом на основании отживших условий и, следовательно, страдает утопией прошедшего. Обе утопии происходят от невежества…»
Стасюлевич был удален от наследника престола за «неблагонамеренность» в результате «подземных интриг» недоброжелателей, связанных с III отделением. Не ко двору пришелся Стасюлевич и в Петербургском университете. Там он пытался реализовать свои идеи по общественному переустройству вместе с другими членами кружка молодых профессоров (К.Д. Кавелиным, В.Д. Спасовичем, А.Н. Пыпиным, Б.И. Утиным), выступавших за демократизацию системы высшего образования – автономию университетов, свободу студенческих организаций, равные права женщин. В 1861 году в знак несогласия с действиями властей (жестокая расправа с участниками студенческих волнений и временное закрытие Петербургского университета) Стасюлевич и его единомышленники подали в отставку. Их поступок, шедший вразрез с вековыми традициями «непротивления начальству», был расценен верхами чуть ли не как преступление. Несмотря на сочувствие опальным профессорам нового министра народного просвещения А.В. Головнина, ни одному из пяти оставшихся не у дел «возмутителей спокойствия» так и не удалось больше никогда возвратиться к любимой преподавательской работе. «Снизу считают нас ретроградами и почти что подлецами, а сверху на нас смотрят чуть не как на поджигателей, – делился грустными размышлениями Стасюлевич в письме к другу в июне 1862 года. – Теперь люди благоразумные, попавшись между двумя фанатизмами, без сомнения, отойдут совершенно в сторону и составят, так сказать, партию воздержания».
Оказавшись не у дел, Стасюлевич, полный сил и энергии, тем не менее не оставлял надежды на возможность оказывать посильное влияние на преобразования в сфере народного образования. Поначалу он сосредоточился на реализации своего давнего замысла: под влиянием работ французского историка О. Тьерри создал и опубликовал оригинальную трехтомную хрестоматию «История средних веков в ее писателях и исследованиях новейших ученых» (1863–1865), четырежды переиздававшуюся до 1917 года и не утратившую своего значения до сих пор. Эта книга включает в себя, помимо сжатого изложения событий, обширные цитаты из источников, трудов историков, биографические и библиографические сведения и т. д. Хрестоматия Стасюлевича, сразу же получившая многочисленные одобрительные отзывы учителей, была ориентирована на развитие творческой самостоятельности и свободы мышления учащихся, знаменовала собой качественный прорыв в российской традиционной методике преподавания, страдавшей формализмом.
В 1866 году Стасюлевич завершил еще один крупный научный проект – издал монографию «Опыт исторического обзора главных систем философии истории». Высоко оценивая значение этой книги, известный историк Н.И. Кареев замечал, что Стасюлевич «один из первых дал русской публике связное изложение целого ряда историко-философских теорий и притом в такое время, когда и в других литературах почти ничего не было в подобном роде…».
Стасюлевич – сторонник идеи неизбежности исторического прогресса, взгляда на историю как на «продукт человеческого разума». Он анализирует две наиболее распространенные теории мирового исторического развития – «вечного исторического круговращения» и «вечного исторического прогресса», солидаризируясь с приверженцами последней: «Прошедшее в истории человечества есть только постепенное поднятие его на новую высоту… Прошедшее никогда не повторяется; человек должен в каждую эпоху жить своим умом, открывать новые средства против нового зла; а следовательно, изучать беспрерывно две великие природы – природу внешнего мира и природу собственного духа: в них заключены секреты настоящего и будущего». Возражая противникам идеи закономерности развития человеческого общества, Стасюлевич замечал: «Над нашей головой висит и под нашими ногами копошится множество случаев, но мы, тем не менее, продолжаем строить дома и жить в них, имея уверенность, что сумма уже изведанных нами законов природы достаточна, чтобы не бояться случаев… Теории наук суть такие же жилища нашего духа, как дом служит убежищем для тела; быть может, эти теории шатки, но шатки и наши дома; а между тем нельзя перестать их строить…»