После убийства эсерами В.К. Плеве и назначения на пост министра внутренних дел князя П.Д. Святополк-Мирского, казалось, можно было надеяться, что идея организации съездов земских деятелей, созревшая в либеральных общественных кругах, не встретит со стороны правительства прежнего непримиримого к ней отношения. 8 сентября 1904 года председателем Московской губернской земской управы Ф.А. Головиным было созвано Организационное бюро земских съездов, на заседании которого было решено провести в Москве 6–7 ноября 1904 года съезд земских деятелей, где предстояло рассмотреть вопрос об общих условиях государственной жизни и желательных в ней изменениях.
1 ноября, за пять дней до съезда, когда уже были оповещены земские и городские деятели, а значительная часть их прибыла в Москву, было получено известие о том, что съезд не разрешен. Однако Организационное бюро решило проигнорировать правительственное запрещение и полулегально провести съезд в Петербурге. Его заседания начались 6 ноября 1904 года и продолжались в течение четырех дней. Они проходили на квартирах видных общественных деятелей И.А. Корсакова, А.Н. Брянчанинова и В.Д. Набокова. Председателем съезда единогласно был избран Шипов.
Ноябрьский съезд 1904 года оказался весьма представительным. В его заседаниях приняло участие 105 делегатов от 33 губерний. Это был цвет русского земства. Среди делегатов было семь князей, два графа, два барона, семь предводителей дворянства. Ноябрьский съезд и последующие за ним события явились важным этапом, отражающим, с одной стороны, углубляющуюся политическую дестабилизацию в стране, а с другой – дальнейшую дифференциацию в русском либерализме, приведшую вскоре к его расколу на два крыла – консервативное и радикальное. Либерал-консерваторы во главе с Шиповым, опиравшиеся на умеренную формулу: «Царю власть, народу мнение», оказались в меньшинстве.
Потерпев поражение на ноябрьском съезде, Шипов с группой единомышленников (князь П.Н. Трубецкой, князь В.М. Голицын, князь Г.Г. Гагарин, М.А. Стахович) разработали и предложили на суд общественности собственную программу реформ, изложенную в брошюре «К мнению меньшинства частного совещания земских деятелей 6–8 ноября 1904 года». Суть ее заключалась в следующем: во-первых, народное представительство «не должно иметь характера парламентарного, с целью ограничения царской власти, но должно служить органом выражения народного мнения, для создания и сохранения всегда тесного единения и живого общения царя с народом»; во-вторых, «народное представительство должно быть организовано как особое выборное учреждение – государственный Земский совет». В программе подчеркивалось, что «народное представительство должно быть построено не на всеобщем и прямом избирательном праве, а на основе реформированного представительства в учреждениях местного самоуправления, причем последнее должно быть распространено по возможности на все части Российской империи». В функции Земского совета входило: 1) обсуждение государственного бюджета; 2) рассмотрение законопроектов и отчетов по исполнению государственной росписи и деятельности ведомств; 3) возбуждение вопросов о необходимости новых законов или изменения старых; 4) право запросов министрам.
Однако эта умеренная программа преобразования государственного строя России не встретила поддержки ни со стороны Организационного бюро земских съездов, в котором руководящая роль принадлежала конституционалистам, ни со стороны либеральной общественности, труп-пировавшейся вокруг Союза освобождения и Союза земцев-конституционалистов.
Революция 1905 года разрушила надежды на мирное урегулирование конфликта между властью и либеральной оппозицией. Либералы вынуждены были отказаться от ожидания «эпохи великих реформ» и совершить тактическую переориентировку: от попытки уговорить правительство и царя провести реформы «сверху» к попытке убедить леворадикальные группы умерить свои требования и согласиться на совместные действия с либеральной оппозицией.
Между тем Д.Н. Шипов еще некоторое время сохранял надежду на то, что ему все же удастся убедить хотя бы часть земских деятелей в бесперспективности выдвижения радикальных требований, которые могут заставить правительство отказаться от намечаемых реформ и возвратиться на путь репрессивной борьбы с либеральной оппозицией. Вполне закономерно, что после издания Манифеста 17 октября 1905 года Шипов одним из первых согласился принять участие в переговорах с премьер-министром С.Ю. Витте о формировании нового состава правительства.