Выйдя из «Союза 17 октября», Шипов одно время принимал участие в создании нового политического объединения – Партии мирного обновления, костяк которой составляли хорошо ему известные умеренные либералы – граф П.А. Гейден, И.Н. Ефремов и Н.Н. Львов. Лидеры новой партии выступали против правительственного произвола, настаивали на мирном разрешении конфликта между властью и обществом. «Осуждение произвола и насилия, от кого бы они ни исходили, – вспоминал Шипов, – легло в основу вновь образуемой партии».
Однако уже в скором времени учредителям партии пришлось убедиться в том, что их надежды объединить достаточное число лиц, которым дорого было мирное преобразование государственного строя, неосуществимы. Шипов, выставивший свою кандидатуру на проводившихся по новому закону выборах в III Думу, оказался слишком либеральным и не только не был избран депутатом, но и не попал в число выборщиков губернского избирательного собрания. Это было последней каплей, переполнившей чашу его терпения. На этот раз он принял окончательное решение вообще отказаться от политической деятельности и вновь сосредоточиться на земской работе. Но и участие в работе губернского земства, и деятельность в Московской городской думе уже не приносили ему должного удовлетворения, и Шипов принял решение о сложении с себя полномочий земского гласного.
В феврале 1911 года Шипов принял предложение М.И. Терещенко стать управляющим «Товарищества братьев Терещенко» по производству сахара с окладом 30 000 рублей в год. Оставив детей в Москве, Д.Н. и Н.А. Шиповы переехали в Киев. Можно предположить, что Шипов возвратился из Киева в Ботово в начале Первой мировой войны. Здесь он завершил работу над мемуарами «Воспоминания и думы о пережитом», которые вышли в свет в московском издательстве Сабашниковых уже после большевистского переворота.
Закончив работу над мемуарами в мае 1918 года, Д.Н. Шипов переехал в Москву. Известно, что в первой половине 1918 года было создано несколько оппозиционных большевикам подпольных объединений, в том числе и Всероссийский национальный центр, созданный тремя влиятельными членами ЦК кадетской партии – Н.И. Астровым, В.А. Степановым и Н.Н. Щепкиным. В руководящее ядро Центра ими был приглашен и Д.Н. Шипов, который с ноября 1918 года по апрель 1919-го, после отъезда на Юг многих основателей Центра, исполнял функции председателя московского отделения.
При непосредственном участии Шипова была разработана и принята программа, включавшая следующие пункты: «борьба с Германией, борьба с большевизмом, восстановление единой и неделимой России, верность союзникам, поддержка Добровольческой армии, как основной русской силы для восстановления России, образование всероссийского правительства в тесной связи с Добровольческой армией и творческая работа для создания новой России, форму правления которой может установить сам русский народ через свободно избранное им народное собрание».
Национальный центр энергично занимался разработкой законодательных проектов по всем отраслям государственного управления (экономике, финансово-кредитной системе, железнодорожному транспорту, рабочему, аграрному и национальному вопросам). «Национальный центр, – писал Н.И. Астров, – полагал, что недостаточно сломить большевиков, но одновременно необходимо создать условия, обеспечивающие быстрое восстановление нормальной жизни в опустошенной большевиками стране».
Однако с весны 1919 года деятельность Национального центра стала все менее удовлетворять Шипова. Совещания Центра, отмечал Котляревский, «казались ему достаточно академическими и бесплодными… В разговорах с членами совещания Шипов больше ссылался на свое здоровье, но не скрывал и своих разочарований».
Согласно имеющимся в нашем распоряжении материалам ЦА ФСБ, Шипов первый раз был арестован Московской ЧК в ночь с 29 на 30 августа 1919 года и был конвоирован в Бутырскую тюрьму. Однако имеющихся в распоряжении ЧК материалов было явно недостаточно для начала крупномасштабного расследования, и 19 сентября Д.Н. Шипов был освобожден из тюрьмы.
В ночь с 21 на 22 октября Шипов был вновь арестован, но на этот раз Особым отделом ВЧК, был конвоирован во внутреннюю тюрьму Особого отдела ВЧК на Лубянке и помещен в общую камеру размером в шесть аршин, где сидело восемь человек заключенных. Никаких обвинений ему предъявлено не было. Три раза (25 октября, 1 и и ноября 1919 года) Дмитрий Николаевич обращался с заявлениями в Президиум Особого отдела ВЧК с просьбой ускорить рассмотрение его дела. Так, в своем заявлении от н ноября он писал: «Я остаюсь в полном неведении о причинах моего задержания, ввиду этого прошу Президиум на основании 2 пункта декрета ВЦИК об амнистии сделать распоряжение о моем освобождении, приняв во внимание: мою старость (68 лет), мое болезненное состояние и сильно развивающийся упадок сил за время моего заключения. Дальнейшее задержание меня грозит подорвать окончательно мое здоровье и мою работоспособность».