В 1964 году Левада защищает докторскую диссертацию «Социологические проблемы критики религии» и становится самым молодым в стране доктором философских наук. В 1967 году на факультете журналистики начинает читать первый в советское время курс лекций по социологии (в конце 1968-го выходит их ротапринтное издание), который обрывается в ноябре 1969-го. После резкой критики партийных органов и обсуждения книги в Академии общественных наук при ЦК КПСС, в котором участвовали практически все партийно-философские начальники и будущие «отцы-основатели» отечественной социологии (единственным, кто выступил в защиту Левады, был Б.А. Грушин), Ю.А. Леваду лишают только что присвоенного звания профессора (ему вернут его только в 1991 году) и права преподавания, выносят строгий выговор «по партийной линии», но оставляют на работе.
Внутренний круг проблем, которые вставали перед Ю.А. Левадой, был связан с поиском, во-первых, средств анализа природы и специфики советского тоталитаризма, а во-вторых, альтернативных по отношению к советской идеологии и репрессивной практике коммунистического господства ценностей и представлений, могущих быть основанием для иной социокультурной организации общества и человека. Без альтернативной ценностной позиции невозможно дистанцироваться от повседневной реальности с ее стереотипами, иллюзиями, предубеждениями и мифами, а без проработанной теоретической рамки нельзя «взять их в скобки» и вести анализ не только институциональных структур тоталитарного господства, но и их признания людьми, принятия как основы социального порядка в подобном «обществе-государстве». Поэтому разработка такой концептуальной системы категорий стала для Левады важнейшей задачей, условием внутренней свободы, которая открывалась в познавательной деятельности.
Общее движение в среде думающих людей начала – середины 1950-х, переживших первые годы после смерти Сталина и хрущевской «оттепели», было ограничено рамками действительности – «несколько очеловечить нашу жизнь, несколько ее гуманизировать, рационализировать, придать ей похожий на нормальный вид» (Ю.А. Левада). Круг идей очерчен ранним Марксом с его просвещенческим и эмансипационным потенциалом, новомирской литературой, появлением «либералов» в партийном руководстве, допускавших использование некоторых инструментов и методов западных социальных наук для оптимизации задач управления. Но Левада, в отличие от своих коллег, участников Московского логического кружка (М. Мамардашвили, А. Зиновьева, Б. Грушина, Э. Ильенкова, Г. ГЦедровицкого), довольно рано отошел от марксизма как парадигмы объяснения, хотя не отказывался от того, чтобы отслеживать то влияние, которое эта идеология (и заданная ею антропологическая модель) оказывала на социальную жизнь.
В то время (первая половина 1960-х) его интересовали истоки гуманистической этики и культуры: он искал ответы на вопрос, как возможно само появление идей, ценностей и представлений, ставших основой формирования современного общества – антипода советского тоталитаризма. Именно в это время молодой Левада пишет статьи о П. Тейяре де Шардене, А. Швейцере, рецензирует книгу Чарльза Сноу о «двух культурах». Но в отличие от обычного для «школьных» философов подхода («истории идей», влияния их на культуру и образование), Левада рассматривает подобные ценности, идеи, моральные представления не только как результат секуляризации трансцендентных оснований человеческого существования, но и как специфический элемент социальной системы, включая и институты социализации, идеологизации, легитимации социального порядка, т. е. в контексте механизмов воспроизводства и поддержания интеграции общества. Занятия этими материями шли одновременно с освоением имеющихся социологических теорий социальных процессов и социальных форм, в которых «живут» эти экзистенциальные и религиозные проблемы, т. е. исследование социальной структуры, институтов, коммуникаций, массовой культуры. Отсюда – особый интерес к «социальной природе религии» (как называлась одна из его книг), к мифологическому сознанию, ритуалу, традиции – с одной стороны; к массовому усредненному человеку, идеологии, фашизму, типам социальной личности – с другой. В отличие от структуралистов и последователей культур-антропологов (и тех, кто ими занимался в СССР, – Е.М. Мелетин-ского и др.), левадовский разбор принципиальной структуры и функций мифа (истории, традиции) всегда был соотнесен с системой власти. А это значит, что миф, история, традиции рассматривались им как важнейшие компоненты конструкции «вертикальных» институтов, т. е. таких, которые легитимированы сакральными представлениями, а значит, включены в социальную организацию религиозного и идеологического воздействия на массы.