Видя себя, по словам летописца, «отвсюду обидима и от всех наругаема и поносима, зане (ибо. —
Теперь уже чаша весов склонилась на сторону Василия Темного. На Рождество его отряды вместе с тверскими воеводами взяли Москву, а 17 февраля 1447 года сам великий князь триумфально въехал в свою столицу. В течение нескольких лет Дмитрий Шемяка еще пытался сопротивляться, но взятие в январе 1450 года его оплота — хорошо укрепленного города Галича — поставило точку в длившейся четверть века династической войне. Галицкий князь укрылся в Великом Новгороде, но «рука Москвы» настигла его и там: в 1453 году он внезапно скончался, как сообщают летописи, — от «лютого зелья», или «отравы».
На завершающем этапе династической войны большую поддержку Василию Темному, наряду с московскими боярами и служилыми людьми, оказало духовенство. Как уже было сказано, именно по настоянию церковных иерархов Дмитрий Шемяка выпустил своего пленника из заточения в Угличе, а совершенное кирилловским игуменом освобождение Василия II от данных им клятв развязало ему руки для дальнейшей борьбы за престол. Более того, в декабре 1447 года епископы, архимандриты и игумены — члены собора русской митрополии — направили послание Шемяке с обличением его вины перед великим князем Василием Васильевичем и призывом покаяться и под страхом церковного отлучения выполнить все пункты заключенных им со «старейшим братом» договоров. Сохранились также грамоты митрополита Ионы начала 1450‐х годов в Вятскую землю (владение галицких князей) с требованием покориться великому князю Василию.
Для того чтобы понять позицию духовенства и персонально митрополита Ионы, решительно ставших в конце 1440‐х годов на сторону Василия II, нужно взглянуть на положение Русской церкви после смерти в 1431 году митрополита Фотия. Его преемник был назначен константинопольским патриархом только через несколько лет: им стал смоленский епископ Герасим. Осенью 1433 года новый митрополит прибыл в Смоленск, а в Москву не поехал, поскольку, как заметил по этому поводу псковский летописец, «князи руския воюются и секутся о княженьи великом на Руской земли»: действительно, это был самый разгар борьбы Василия II с Юрием Звенигородским и его сыновьями. Летом 1435 года Герасим трагически погиб: он был казнен литовским великим князем Свидригайлом по обвинению в заговоре.
Следующий митрополит, грек Исидор, прибыл в Москву в апреле 1437 года, в момент относительного затишья в междоусобной войне. Вскоре он отправился в Италию на собор, посвященный вопросу о соединении (унии) католической и православной церквей. Греки надеялись таким путем спасти свою гибнущую под натиском турок империю. Поэтому они проявили уступчивость в догматических вопросах, и в начале июля 1439 года на соборе во Флоренции уния была заключена. Исидор, ставший убежденным сторонником и проповедником унии, вернулся в Москву в марте 1441 года. Когда он во время литургии в Успенском соборе помянул первым не патриарха, а папу Евгения IV и зачитал с амвона папскую буллу о соединении церквей, это вызвало возмущение русского духовенства и великого князя. По распоряжению Василия II Исидор был арестован и заточен в Чудовом монастыре. Спешно собранный церковный собор обвинил его в «латынстве». В сентябре 1441 года Исидору удалось бежать из заточения (вероятно, с молчаливого согласия властей, поскольку погони за ним не было); через Тверь и Литву он добрался до Рима. С тех пор в течение семи лет русская митрополия, по выражению того времени, «вдовствовала», т. е. оставалась вакантной. Только в декабре 1448 года на соборе русских епископов был поставлен новый митрополит — им стал рязанский владыка Иона.