Отвергая унию с Римом и избирая митрополита без санкции патриарха, русские иерархи вовсе не намеревались разрывать отношения с Константинополем: существовала надежда, что на смену патриарху-униату придет приверженец истинного православия. Но фактически с 1448 года Русская церковь стала автокефальной (т. е. независимой, самоуправляющейся). Это событие следует рассматривать в русле общеевропейской тенденции к «национализации» местных церквей, их обособления от вселенской церкви (соответственно католической или православной) и подчинения светской власти той или иной страны. Аналогичным образом галликанская церковь во Франции на основании Прагматической санкции 1438 года, а затем Болонского конкордата 1516 года получила в ряде вопросов автономию от папской власти и перешла под контроль короля. Еще радикальнее эта тенденция проявилась в ходе Реформации начала XVI в странах Центральной и Северной Европы, где монархи провозгласили себя главами соответствующих церквей.
В более широком плане все государства раннего Нового времени, включая и Османскую империю, опирались на религию, а их правители активно использовали лозунги защиты веры. Не стало исключением и Московское государство, которое с момента своего возникновения в середине XV века и вплоть до конца XVII столетия строилось как православное царство.
Русская митрополия, епархии которой охватывали всю страну, объективно была заинтересована в прекращении княжеских усобиц и укреплении политического единства. Возможно, некоторым иерархам был близок византийский идеал «симфонии» светской и церковной власти. Поэтому поддержка обладателя великокняжеского титула выглядела вполне осознанной политикой предстоятелей церкви, что, однако, не исключало проблемы выбора между претендентами на великокняжеский престол.
Рязанский епископ Иона был родом из Галичской земли, и поэтому неудивительно, что поначалу он ориентировался на галицких князей. В 1446 году он не только признал власть Дмитрия Шемяки, но и выполнил его деликатное поручение, бросившее тень на репутацию рязанского владыки: после ослепления Василия II он забрал из Мурома его детей, нашедших там приют под опекой оставшихся верными свергнутому великому князю бояр, и доставил их к Шемяке, который, несмотря на данные Ионой публично гарантии безопасности сыновей Василия Темного, отправил мальчиков в заточение к отцу в Углич. Однако вскоре растущая оппозиция Дмитрию Шемяке заставила рязанского владыку изменить свою позицию, и в последующие годы, как уже говорилось, он активно поддерживал вернувшего себе престол Василия II. Его лояльность была щедро вознаграждена: в декабре 1448 года собор епископов с одобрения великого князя избрал Иону митрополитом. До 1458 года его власть распространялась и на православные епархии Литвы, но после того, как киевским митрополитом стал униат Григорий (ученик Исидора), границы митрополии Ионы сузились до Московской Руси, что усилило зависимость владыки от великокняжеской власти.
Однако главным вкладом церковной иерархии в формирование российской государственности стали, конечно, не словесные громы и молнии в адрес Шемяки и его сторонников, а непосредственное участие митрополичьей канцелярии в выработке нового титула великого князя, главным элементом которого стало слово «господарь».
В описываемую эпоху наблюдалась явная «девальвация» княжеского титула. В домонгольский период этот титул был самодостаточен, и самые могущественные правители именовались просто князьями (хотя в посмертных летописных панегириках они могли награждаться эпитетом «великий»). Монгольские завоеватели санкционировали особый статус великих князей владимирских, считавшихся старшими среди князей Северо-Восточной Руси. Но со второй половины XIV века «великими» считались также тверские, суздальско-нижегородские и рязанские князья, а порой этот титул употреблялся и по отношению к смоленским и ярославским князьям. Иными словами, все князья, сохранявшие независимость от Москвы или Литвы и самостоятельно получавшие ярлыки в Орде, могли гордо именоваться «великими». В XV веке великокняжеский титул обесценился настолько, что его стали использовать для обозначения старшинства в том или ином княжестве: например, Новосильское княжение считалось «великим» по отношению к входившим в него Воротынскому и Одоевскому уделам.
В этой ситуации в Московской Руси получил распространение новый титул — «господарь». Само это слово было известно с древности: так обозначали хозяина, владельца имущества, холопов и т. д. Но с начала XV века его стали употреблять по отношению к князьям, подчеркивая их права как вотчинников, наследственных владельцев своих земель. Первый известный случай такого словоупотребления содержится в духовной грамоте (завещании) игумена Кирилла Белозерского (1427), основателя знаменитого северного монастыря, носящего с тех пор его имя: созданную им обитель Кирилл передавал под защиту и опеку «своего господаря» — князя Андрея Дмитриевича Можайского и Белозерского, на земле которого монастырь был построен.