Амр приказал местным властям построить мост через большой канал у Калйуба и двинулся на север к Атрибу (Банха ал-Асал, ныне Бенха). Другой мост через Нил, построенный у Бабалйуна, должен был преграждать движение судов, на которых могли быть переброшены войска для удара ему в тыл. Для охраны моста должно было оставаться значительное прикрытие.
Продвижение армии Амра в сложных условиях Дельты, пересеченной многочисленными большими каналами, облегчалось помощью присоединившихся к нему коптов. Среди присоединившихся были не только фанатичные противники официальной церкви, но и какие-то представители местной знати со своими отрядами.
Феодор оценил опасность, вышел из Александрии и двинулся наперерез Амру, чтобы не допустить его в район Саманнуда, где господствовали «синие», склонные к компромиссу с завоевателями и где мусульмане могли рассчитывать на поддержку населения. Авангарду правительственных войск удалось опередить Амра и, несмотря на отказ милиции Саманнуда присоединиться к войскам и сражаться с арабами, нанести ему поражение, используя многочисленные каналы как оборонительные рвы. Амр был вынужден отступить к Бусиру и укрепиться там.
Успех правительственных войск заставил некоторых перебежчиков задуматься о своем будущем и судьбе близких и покинуть войско Амра. Не совсем ясно, как после этого Амр мог дойти до Димйата, где потерпел неудачу и в отместку пытался сжечь урожай на полях. Разлив Нила заставил его отойти на исходную позицию и возобновить осаду Бабалйуна.
Как мы видим, отношение египтян к арабам было неоднозначным, так же, по-видимому, как и отношение арабов к египтянам. С одной стороны, мы читаем, что Амр «арестовывал византийских магистратов, сковывал им руки и ноги цепями и деревянными колодками, он вымогал много денег, удвоил налог с крестьян и заставлял доставлять фураж для лошадей; он совершал бесчисленные насильственные деяния»; с другой стороны, часть египтян, измученная религиозными преследованиями, отказывалась сражаться с мусульманами и даже помогала им разыскивать и уничтожать византийских солдат. Конечно, не все эти люди руководствовались одинаковыми мотивами и не все занимали активную позицию. Для многих было достаточно того, что, согласившись платить дань победителям, они получали возможность жить, не опасаясь гонений за веру, которым они подвергались в течение десяти лет. Сохранилось сообщение о письме Вениамина, обращенном к пастве с призывом помогать арабам. Вряд ли прямой смысл послания был именно таков, но явно с приходом арабов он мог вздохнуть свободно. Конечно, копты не встречали арабов как освободителей от византийского гнета – одна чужая власть над ними сменялась другой, но она в это время хотя бы не касалась их религиозных убеждений.
Осада Бабалйуна затянулась на семь месяцев. Арабы с помощью местных мастеров соорудили камнеметные машины (манджаник) и обстреливали город; других осадных приспособлений у них не было, и о штурме стен такой высоты не приходилось и думать. В арабских преданиях об осаде можно найти рассказ о том, как аз-Зубайр ибн ал-Аввам, приставив лестницу к стене, первым взобрался на нее, с горсткой храбрецов бросился к воротам с криком «Аллах велик!» и открыл их. Мусульмане ворвались в город, и ал-Мукаукис запросил мира. Подобных рассказов о взятии городов в арабских исторических преданиях немало, и подавляющее большинство из них является всего лишь фольклорным шаблоном.
Шел пятый месяц осады города, когда в Константинополе произошли большие перемены. На тридцать первом году царствования от горячки скончался император Ираклий (11 февраля 641 г.), оставив после себя соправителями двух сыновей: Константина (от первого брака с Евдокией) и Ираклиона (от брака с Мартиной, своей двоюродной сестрой). Такое соправление не обещало ничего хорошего. Эти две жены и их сыновья принадлежали к разным группировкам, к тому же духовенство считало брак с двоюродной сестрой кровосмешением, а сына от этого брака – незаконнорожденным. Константинопольский патриарх Пирр провозгласил императором Константина III. Константин вызвал из Египта Феодора, чтобы выяснить обстановку, и стал готовить флот для высадки.
Весть о смерти Ираклия и отзыве главнокомандующего не могла не повлиять на волю гарнизона к сопротивлению. К тому же у осажденных кончались припасы, и начиналась эпидемия. Комендант гарнизона или высшие светские и духовные власти вынуждены были начать переговоры о сдаче. В памяти участников событий с арабской стороны смешались переговоры с Киром осенью предыдущего года с переговорами о сдаче; всюду византийскую сторону представляет ал-Мукаукис, который к тому же превращается в защитника интересов коптов в ущерб византийцам. Но Кир в это время, как мы уже знаем, был далеко от Египта, а кто-то из городской верхушки, зашифрованный под именем ал-Мукаукис, ведший переговоры, мог и в самом деле больше печься об интересах коптов, чем византийского гарнизона.