Первые 12 лет своей жизни Мигель провел на родной асьенде, расположенной в районе Бахио — обширной области в долине реки Лермы и к северу от нее.
В описываемую эпоху большая часть Бахио входила в состав провинции Гуанахуато, славившейся богатейшими серебряными рудниками. Самым крупным из них был знаменитый рудник «Валенсиана», дававший значительную долю добычи серебра в колонии. Для развития горнодобывающей промышленности Гуанахуато немалое значение имело то, что асьенды, ранчо, индейские селения Бахио в изобилии снабжали горняцкие поселки хлебом, мясом и другими продуктами. Земля в этих местах исключительно плодородна. Из окрестных лесов доставлялись строительные материалы и топливо. Многолюдное население обеспечивало постоянный приток рабочей силы на рудники. Провинция Гуанахуато являлась в то время наиболее густо заселенной частью вице-королевства и одной из самых «индейских» провинций Новой Испании. Все здесь создавалось подневольным трудом индейцев.
Товарищами игр Мигеля были братья и индейские ребятишки — дети пеонов, работавших на асьенде. Постоянно соприкасаясь с индейцами, мальчик рано узнал об их тяжкой доле, полном бесправии, повседневных заботах и нуждах, о невыносимых условиях изнурительного труда на полях и рудниках. Он видел вопиющий произвол помещиков, надсмотрщиков, королевских чиновников.
Мигелю не исполнилось и десяти лет, когда после очередных родов умерла мать, оставив мужа с четырьмя малолетними сыновьями на руках. Заботу о сиротах взяла на себя одна из теток, а вскоре дон Кристобаль привел в дом вторую жену. Отец уделял большое внимание воспитанию детей и, не жалея времени, много занимался с ними. Но самое большее, что было ему под силу, это научить мальчиков читать и писать. Стремясь продолжить образование Мигеля и его братьев, он решил определить их в какое-нибудь учебное заведение. Можно было с этой целью отправить сыновей в провинциальную столицу Гуанахуато, но дона Кристобаля смущало то обстоятельство, что Гуанахуато являлся преимущественно экономическим и административным, а не культурным центром. Поэтому он предпочел старинный Вальядолид главный город соседней провинции Мичоакан, где имелось несколько учебных заведений, славившихся по всей Новой Испании.
В 1765 г. Мигель и Хосе Хоакин поступили в вальядолидскую иезуитскую семинарию Сан Франсиско Хавьер. Там на протяжении ряда лет преподавал известный своей просветительской деятельностью историк-иезуит Франсиско Хавьер Клавихеро. Правда, братья Идальго уже не застали его в Вальядолиде, но традиции, заложенные Клавихеро, в семинарии продолжали сохраняться.
Мигель и Хосе Хоакин учились с увлечением. Однако их занятия вскоре прервались. В связи с изгнанием иезуитов из Испании и ее владений в июне 1767 г. были закрыты и учебные заведения иезуитского ордена в Новой Испании. Юношам пришлось вернуться домой, в Сан-Диего-Корралехо. Но уже в октябре того же года отец отвез старших сыновей в вальядолидский колехио (училище) Сан Николас, основанный еще в первой половине XVI в. епископом Васко де Кирогой.
Вскоре по возвращении в Вальядолид братья оказались очевидцами кровавой расправы с восставшими индейцами. 85 человек были публично казнены на городской площади, сотни подверглись телесному наказанию. Это жестокое зрелище произвело ужасное впечатление на 14-летнего Мигеля.
В колехио Сан Николас изучались риторика, логика, этика, латинская грамматика и литература, сочинения Аристотеля и Фомы Аквинского. Сверх обязательной программы Мигель занимался иностранными языками — итальянским, французским, а также индейскими — нахуа и тарасканским. Впрочем, усиленные учебные занятия и строгие правила внутреннего распорядка не мешали ему весело проводить время, как и полагалось школяру. В ученические годы он стал увлекаться музыкой. Товарищи любили способного, общительного юношу.
По окончании курса обучения Мигель вместе с Хосе Хоакином и группой сверстников в марте 1770 г. отправился для сдачи экзаменов в Мехико. Этот город, выросший на месте разрушенной и сожженной испанскими завоевателями древней столицы ацтеков Теночтитлана, показался 17-летнему юноше, привыкшему к провинциальной тиши, частицей какого-то неведомого мира. Пышное великолепие старинного кафедрального собора и роскошного дворца вице-короля, пестрые толпы людей на шумных улицах и площадях, разнообразные заморские товары в многочисленных торговых рядах и лавках — все поразило воображение юного провинциала. К тому же Мехико являлся крупнейшим культурным центром страны. Местный университет, основанный в середине XVI в., был древнейшим на Американском континенте. Еще раньше здесь возникла первая в Западном полушарии типография и было положено начало книгопечатанию.